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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-30 09:27:57 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-30 09:11
PM6优化老出错,我是不是可以换用高斯里面的其它的半经验方法,比如AM1,PM3,这两种方法是不是比PM6精确 ...


绝对绝对绝对不是精度差的方法就越好优化,从来没这说
不同半经验方法计算量都在同一级别的,收敛难度半斤八两,有好的干嘛不用好的
PM3和AM1不会比PM6更好。PM6报错是经验、技术上的问题
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发表于 Post on 2016-5-30 10:27:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 09:27
绝对绝对绝对不是精度差的方法就越好优化,从来没这说
不同半经验方法计算量都在同一级别的,收敛难度 ...

但是pm6优化过渡态老师出现l1999错误,结构要么是前期要么是后期络合物的结构的趋势,没有过渡态的趋势,怎么办啊?
还有什么比较好的方法可以较快得到优化好的初始构型?
这是输入文件,输出文件压缩后还是太大不能上传

2-4-ts1.7-1.gjf

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发表于 Post on 2016-5-30 11:21:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 09:27
绝对绝对绝对不是精度差的方法就越好优化,从来没这说
不同半经验方法计算量都在同一级别的,收敛难度 ...

对于我这个多个离子液体催化二氧化碳转化的体系,先用PM6优化得到初始构型,这里只需要优化过渡态就行了吧?前期及后期络合物是不是不用优化了?
再用得到的优化好的初始过渡态用DFT优化,再计算它的前期及后期络合物得到相应的能垒,这样的思路有没有问题?

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发表于 Post on 2016-5-30 16:03:58 | 只看该作者 Only view this author

PM3优化过渡态的输入文件

这是PM3的输入文件,帮忙看看关键词有没有错误,谢谢!

2-4-p3-ts1.gjf

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发表于 Post on 2016-5-30 17:29:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-29 19:29
1 是。想简单就自己写个脚本之类的,自动调用freqchk去做这些。如果连这也懒得弄,那就只能以降低精度为 ...

Sob老师,请问通过freqchk工具得到的数据和通过scale关键词计算得到的数据是一样的吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-30 20:25:52 | 只看该作者 Only view this author
请问在进行优化的时候如果固定了某些原子那么计算freq的时候要不要取消固定呢,是否取消有什么区别?

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发表于 Post on 2016-5-30 21:45:26 | 只看该作者 Only view this author
老师,计算ti8c12体系用opt freq b3lyp/6-311+g(d) geom=connectivity scf=(maxcycle=500,xqc) 方法和基组合适吗?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:09:21 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2016-5-30 21:45
老师,计算ti8c12体系用opt freq b3lyp/6-311+g(d) geom=connectivity scf=(maxcycle=500,xqc) 方法和基组 ...


一定要去掉可耻的maxcycle=500,这里专门批了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

其它没什么问题。但如果没特殊原因,没必要加弥散,否则耗时增加甚巨,对结果也没什么改进,还容易造成不收敛。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:10:23 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-5-30 20:25
请问在进行优化的时候如果固定了某些原子那么计算freq的时候要不要取消固定呢,是否取消有什么区别?

固不固定是对于几何优化而言的,freq没有固定原子的说法。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:10:37 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-30 17:29
Sob老师,请问通过freqchk工具得到的数据和通过scale关键词计算得到的数据是一样的吗?
谢谢老师

一样
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15whyhq 发表于 2016-5-30 16:03
这是PM3的输入文件,帮忙看看关键词有没有错误,谢谢!


没错。
这种简单问题就在简单量化答疑专贴里面跟帖提问就完了,没必要发新帖子。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:25:07 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-30 10:27
但是pm6优化过渡态老师出现l1999错误,结构要么是前期要么是后期络合物的结构的趋势,没有过渡态的趋势, ...

用PM6搞不定的体系,绝大多数情况你用DFT也同样搞不定
从输入文件一看就知道问题不在于方法,而在于基本的化学直觉不够,周围分子离中间反应的分子那么老远,显然没有意义。考虑理论方法前要先把计算模型弄合理。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:26:10 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-30 11:21
对于我这个多个离子液体催化二氧化碳转化的体系,先用PM6优化得到初始构型,这里只需要优化过渡态就行了 ...


没问题

但如果经验不足,猜不出合理过渡态的话,先优化出反应物和产物络合物结构作为参考去猜过渡态更合适。

明显感觉你对于简单小体系的反应的过渡态计算尚没有充分熟练,直接弄复杂体系想弄成功的难度太大。先多拿小体系练练。
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发表于 Post on 2016-5-31 07:40:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 00:10
固不固定是对于几何优化而言的,freq没有固定原子的说法。

Sob老师您好,那么如果对于有原子被固定的体系可以直接opt+freq吗,还是要分开进行?

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发表于 Post on 2016-5-31 08:31:21 | 只看该作者 Only view this author

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