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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 18:44:20 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-28 18:15
(⊙o⊙)噢想起来了,之前那个一定要用ONIOM的那个


ONIOM这个东西,没有点化学和理论计算的直觉、不搞懂底层思想,几乎一定会算来算去最后发现白折腾。用awkward来形容最合适。
初学者老以为ONIOM是降低耗时的神器不过脑子就用,其实ONIOM正是那种以初学者的浅薄计算经验和知识储备难以正确使用的方法。
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发表于 Post on 2016-5-28 19:57:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 17:45
HF烂得一塌糊涂,很多情况还不如PM6准。
如果你初始结构不好,你直接用B3PW91要用的步数更多。
你要算 ...

PM6-D3H4方法优化麻烦吗?用这个比用PM6优化好吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 20:35:32 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-28 19:57
PM6-D3H4方法优化麻烦吗?用这个比用PM6优化好吗?

用MOPAC,极方便
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发表于 Post on 2016-5-28 21:14:41 | 只看该作者 Only view this author

用这个程序弄好输入文件以后,怎么通过服务器进行作业的计算?

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发表于 Post on 2016-5-28 22:00:16 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b2.htm给出的校正因子的用法,是不是把ZPE校正因子直接乘在zero point correction数值上、fundamental校正因子直接乘在红外或者拉曼的横坐标波数上呢?
还有其他的用法吗?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 22:09:42 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-28 21:14
用这个程序弄好输入文件以后,怎么通过服务器进行作业的计算?


./MOPAC2016.exe [输入文件名]
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 22:11:24 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-28 22:00
Sob老师,请问http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b2.htm给出的校正因子的用法,是不是把ZPE校正 ...


都是乘在频率上的,没什么额外用法
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发表于 Post on 2016-5-28 23:27:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 22:11

都是乘在频率上的,没什么额外用法

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-29 10:55:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-5-29 11:18 编辑

Sob老师,在看您的大作《谈谈谐振频率校正因子》时,有点不大明白,向您请教一下:
1. 文中有如下文字
Zero-pointcorrection= A
Thermal correction to Energy= B
Thermal correction to Enthalpy= C   注意这一项不是ΔH,而是ZPE+ΔH
Thermal correction to Gibbs Free Energy= D
首先,在ZPE校正因子下得到ZPE(即A)。然后在熵校正因子下得到-T*S(即D-C)。之后在ΔH校正因子下得到ΔH(即C-A)。最终将这三个量加在一起,再加上高精度方法算的电子能量E,就得到了自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S
是不是说在计算的时候需要分成四部计算,分别加入scale=ZPE/entropy/enthalpy校正因子计算三遍得到较为准确的热力学校正量,然后再按照公式G=E+ZPE+ΔH-T*S来计算呢?有更简单的方法吗?

2. 前面所说的高精度方法算的电子能量E是不是单点能sp呢?就是论坛里面提到的需要用双杂化泛函计算最为准确的那个东西是吧?

3. 另外,前面所说的是针对小体系的吧,对于原子数略多的体系这么做比较麻烦,如果想得到相对较为准确的deltaG,是不是直接把H或S的校正因子加入关键词scale中而不考虑ZPE校正量就可以了呢?

4. 同一个分子的热力学校正和基频校正能否用不同过的数值(因为数值不一样)?


谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-29 19:29:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-29 10:55
Sob老师,在看您的大作《谈谈谐振频率校正因子》时,有点不大明白,向您请教一下:
1. 文中有如下文字Zero ...

1 是。想简单就自己写个脚本之类的,自动调用freqchk去做这些。如果连这也懒得弄,那就只能以降低精度为代价。

2 是

3 大小体系都一样。这跟原子数完全没关系,不管什么分子都得做这些过程。ZPE校正因子才是最关键的,如果你非要非要非要偷懒只用一个校正因子,那就用ZPE校正因子,结果总比你用焓升温/熵校正因子强,因为ZPE通常是热力学校正量的主导。

4 本来两种问题用的频率校正因子就是不同的。
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发表于 Post on 2016-5-29 22:20:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-29 19:29
1 是。想简单就自己写个脚本之类的,自动调用freqchk去做这些。如果连这也懒得弄,那就只能以降低精度为 ...

非常感谢Sob老师

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发表于 Post on 2016-5-29 23:05:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-29 19:29
1 是。想简单就自己写个脚本之类的,自动调用freqchk去做这些。如果连这也懒得弄,那就只能以降低精度为 ...

Sob老师,原本想按照您的方法计算一下我的体系的高精度的deltaG,结果才想到我用的是混合基组(6-31G(d)+ECP60MWB),请问这个情况如何才能做频率校正呢?
另外,适合做含有锕系元素的体系的高精度单点能的双杂化泛函都有哪些呢?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-30 00:54:15 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-29 23:05
Sob老师,原本想按照您的方法计算一下我的体系的高精度的deltaG,结果才想到我用的是混合基组(6-31G(d)+ ...

混合基组没有严格的频率校正因子,但你可以用大多数原子使用的基组的频率校正因子作为近似。

另一个帖子里回了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-30 08:57:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 00:54
混合基组没有严格的频率校正因子,但你可以用大多数原子使用的基组的频率校正因子作为近似。

另一个帖 ...

谢谢老师,看到了。

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发表于 Post on 2016-5-30 09:11:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 22:09
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PM6优化老出错,我是不是可以换用高斯里面的其它的半经验方法,比如AM1,PM3,这两种方法是不是比PM6精确度差点,更好优化我这个体系?

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