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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 22:00:50 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-31 15:56
我在想是不是关键词有问题,每次优化出来的趋势都是前期或者后期络合物,是不是关键词不是算过渡态的?


用TS关键词优化出来却是极小点是因为初猜结构不合理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 22:02:00 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-31 15:54
我这个是分子彼此之间通过氢键离得挺近,但是还是出现L1999错误,我现在都不知道咋办了, 我都算了几十个 ...

周围乱七八糟分子太多,很多离反应位点很远,根本就不会产生影响,去掉又降低耗时又避免难收敛
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发表于 Post on 2016-5-31 22:06:36 | 只看该作者 Only view this author

那么请教sob老师在freq的介绍里的It is also incorrect to compute frequencies for a correlated method using frozen core at a structure optimized with all electrons correlated, or vice-versa.的frozen core指的是什么呢?

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发表于 Post on 2016-5-31 22:15:28 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-5-31 22:06
那么请教sob老师在freq的介绍里的It is also incorrect to compute frequencies for a correlated method ...

冻核近似,即post-HF激发行列式的时候不动内层电子。总之就是freq和优化的级别必须严格一致。

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发表于 Post on 2016-5-31 23:39:34 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2016-5-31 23:48:47 | 只看该作者 Only view this author

求助,如何在Gaussian中使用amber力场?

如题。

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发表于 Post on 2016-5-31 23:51:18 | 只看该作者 Only view this author


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-1 01:41:15 | 只看该作者 Only view this author

写amber关键词就完了,先看手册
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发表于 Post on 2016-6-1 09:05:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 22:02
周围乱七八糟分子太多,很多离反应位点很远,根本就不会产生影响,去掉又降低耗时又避免难收敛

不能去掉,老师要我研究离子液体团簇催化的影响

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-1 09:08:06 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-1 09:05
不能去掉,老师要我研究离子液体团簇催化的影响

凭直觉就知道不可能产生影响,算也没意义
你也可以把那些离得远的离子坐标冻结住,没准收敛容易点,反正优化它们也没意义
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发表于 Post on 2016-6-1 09:34:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-1 09:08
凭直觉就知道不可能产生影响,算也没意义
你也可以把那些离得远的离子坐标冻结住,没准收敛容易点,反正 ...

我现在把它们都放在离活性位点近的位置用PM6优化,看能不能把这个过渡态给优化出来
这是输入文件

2-4-p6-ts1.9-1.gjf

12.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2016-6-1 09:36:07 | 只看该作者 Only view this author

多功能波函数程序是读取fchk里面的什么信息

多功能波函数程序是读取fchk里面的什么信息?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-1 11:17:57 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-1 09:36
多功能波函数程序是读取fchk里面的什么信息?谢谢


要说Multiwfn不要说“多功能波函数程序”
读取里面基函数、原子坐标、轨道系数等信息
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发表于 Post on 2016-6-1 11:26:50 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-1 09:34
我现在把它们都放在离活性位点近的位置用PM6优化,看能不能把这个过渡态给优化出来
这是输入文件

你好。请问你的反应物与生成物构型的差别大不大。我的计算生成物与反应物构型差别太大,过渡态中的那个原子跑的太远了,所以一直不能够收敛。你的这个感觉构型还行啊,你看看你的上面有没有Wrong number of Negative eigenvalues的错误,我遇到过这个错误,提示的也是L1999

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发表于 Post on 2016-6-1 11:30:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-1 09:08
凭直觉就知道不可能产生影响,算也没意义
你也可以把那些离得远的离子坐标冻结住,没准收敛容易点,反正 ...

我可以从3个离子液体用pm6优化开始。然后逐渐加离子液体的个数行不行?3,4,5,6,7。。。这样慢慢用PM6优化行吗?

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