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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-27 21:03:51 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-27 21:01
恩,是直接在opt里的括号里加上这个词吗?cartesian这个词的意思什么?非常感谢您!

opt(calcfc,ts,noeigentest,cartesian)
你那个报错是典型的在冗余内坐标下优化的报错,cartesian改用笛卡尔坐标优化就没这问题。

PM6计算量已经很低了,再低就不是量化级别了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-27 21:14:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-27 21:03
opt(calcfc,ts,noeigentest,cartesian)
你那个报错是典型的在冗余内坐标下优化的报错,cartesian改用笛 ...

非常感谢!

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发表于 Post on 2016-5-27 21:21:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-27 21:03
opt(calcfc,ts,noeigentest,cartesian)
你那个报错是典型的在冗余内坐标下优化的报错,cartesian改用笛 ...

冗余内坐标,笛卡尔坐标,这两个坐标是什么意思?

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发表于 Post on 2016-5-27 21:30:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-27 21:03
opt(calcfc,ts,noeigentest,cartesian)
你那个报错是典型的在冗余内坐标下优化的报错,cartesian改用笛 ...

用pm6单纯优化一个结构是的输入文件的关键词是不是可以这样写#p opt Freq pm6
这是我以前用b3pw91方法优化结构的输入文件,然后我现在用pm6方法优化多个离子液体的输入文件的关键词按照你给我的过渡态的输入文件的关键词的形式是不是可以改成#p opt Freq pm6?

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发表于 Post on 2016-5-27 22:25:53 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2016-5-27 15:38
,不知道你还记得不,第二届sob老师的培训吧,最后一天,我坐在你的右边,

啊原来那是你

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发表于 Post on 2016-5-28 00:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-27 20:53
7月中旬预计还有一次科音的量化培训班你可以参加,所有基础知识和计算问题一扫而空。

北京的培训大概是去不了了。如果可以的话,希望Sob老师提供电子版讲义,谢谢!

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发表于 Post on 2016-5-28 01:17:10 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-27 21:21
冗余内坐标,笛卡尔坐标,这两个坐标是什么意思?

阅读:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 02:38:43 | 只看该作者 Only view this author
Lune 发表于 2016-5-28 00:42
北京的培训大概是去不了了。如果可以的话,希望Sob老师提供电子版讲义,谢谢!


电子版讲义无法提供
只有参加培训的人能获得纸质版讲义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 02:40:21 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-27 21:30
用pm6单纯优化一个结构是的输入文件的关键词是不是可以这样写#p opt Freq pm6
这是我以前用b3pw91方法优 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-28 10:30:07 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢。
我现在用PM6优化,觉得也挺难优化好结构,然后我就在想对于我这个几分子的大体系,刚开始先用PM6优化得到初始构型,然后再用比PM6精确的方法再算比如用HF,B3PW91,这样的话,我感觉也挺难算的,因为就算用PM6好不容易优化好了,然后再用精确的方法优化。然后又要优化好久,老是出错怎么办?

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发表于 Post on 2016-5-28 17:30:37 | 只看该作者 Only view this author

PM6优化L502错误

PM6优化6个离子液体时出现L502错误,怎么解决?
这是输入和输出文件

管理员:回复在1452楼

2-4-cat.gjf

10.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

2-4-cat.zip

72.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2016-5-28 17:33:51 | 只看该作者 Only view this author
你这漂浮在空中的硼原子算什么意思?这样显然电子结构很奇怪很难收敛



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 17:45:46 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-28 10:30
好的,谢谢。
我现在用PM6优化,觉得也挺难优化好结构,然后我就在想对于我这个几分子的大体系,刚开始 ...

HF烂得一塌糊涂,很多情况还不如PM6准。
如果你初始结构不好,你直接用B3PW91要用的步数更多。
你要算得动直接上DFT优化就完了,但你算不动。如果靠混合基组,把不重要的原子用3-21G重要的原子用6-31G*的话能算得动就直接上DFT。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 17:51:33 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-28 17:33
你这漂浮在空中的硼原子算什么意思?这样显然电子结构很奇怪很难收敛


他貌似本来是要算溴,8成是拷贝坐标时候把r弄没了
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发表于 Post on 2016-5-28 18:15:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 17:51
他貌似本来是要算溴,8成是拷贝坐标时候把r弄没了

(⊙o⊙)噢想起来了,之前那个一定要用ONIOM的那个

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