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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-12 14:54:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 12:40
1 是。但你没必要固定原子坐标,直接写CBS-QB3=SP就完了,此时只做CBS-QB3的单点步骤

2 是

谢谢sob老师,我试试#p CBS-QB3=SP  。

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发表于 Post on 2022-4-12 15:22:00 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-4-12 14:39
谢谢!
从您给的公式推导了一下,如果要计算任意温度下的自由能变,公式为
delta G = RT ln(1000RT/P)  ...

你的公式对等温条件下从单位压强到某压强P的自由能变成立。
根据G的定义,有dG = -SdT + VdP
现在考虑等温过程,dT = 0, 故 dG = VdP, 代入pV=nRT, 有 dG = (nRT/P)dP,
两边积分,考虑压强从P1到P2的等温过程, delta G = nRT ln (P2/P1)
对于摩尔自由能变, delta G = RT ln (P2 / P1)
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-4-12 19:36:00 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我在拜读您的《Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比》一文中看到了“1-3-丁二烯”的例子,对比您给的计算文件,可以很容易得到占据pi轨道和sigma轨道。接着,我想要用这个方法得到非占据轨道中的pi反键轨道和sigma反键轨道,我先是把占据和非占据轨道定域化,选择了Multiwfn中的主功能19,选择2,然后进入Multiwfn主功能9,选择子功能6,得到的却还是占据轨道的结果,请问老师我哪里出错了呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 01:37:06 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2022-4-12 19:36
Sob老师好,我在拜读您的《Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比》一文中看到了“1-3 ...

Multiwfn的问题请在本帖1L提到的Multiwfn简单问题答疑专贴里问,或者在Multiwfn版块里单独发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-4-13 08:49:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 12:40
1 是。但你没必要固定原子坐标,直接写CBS-QB3=SP就完了,此时只做CBS-QB3的单点步骤

2 是

sob老师,再打扰您一下,我用G09进行CBS-QB3=SP计算显示如下的语法错误,请问这个方法是G16才可以使用的吗?谢谢老师。

-------------
#p CBS-QB3=SP
-------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p CBS-QB3=SP

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 14:04:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-4-13 08:49
sob老师,再打扰您一下,我用G09进行CBS-QB3=SP计算显示如下的语法错误,请问这个方法是G16才可以使用的 ...

G16才开始支持
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发表于 Post on 2022-4-13 14:22:54 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2022-4-14 09:48:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-22 16:07
可以先在真空里做片段组合波函数计算,再读取真空的总体波函数做初猜,做溶剂里的计算
不能严格证明,但 ...

好的收到,谢谢老师解答

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发表于 Post on 2022-4-14 10:33:26 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,CBS-QB3=SP计算结束的电子能量在此处“E(CBS-QB3)=               -463.007824”读取是不是就可以啦,固定坐标计算的电子能量为-463.007829,可以认为两种方法计算的能量相同吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-14 14:39:38 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-4-14 10:33
sob老师,CBS-QB3=SP计算结束的电子能量在此处“E(CBS-QB3)=               -463.007824”读取是不是就可 ...

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发表于 Post on 2022-4-14 15:30:40 | 只看该作者 Only view this author

开壳层计算中高斯文件设置自旋多重度为2,即使关键词是m062x也默认是用um062x吗?

请问各位老师,开壳层计算中高斯文件设置自旋多重度为2,即使输入文件关键词是m062x也默认是用非限制性的um062x吗?

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发表于 Post on 2022-4-14 15:38:34 | 只看该作者 Only view this author
对,自旋多重度等于1时总是默认R,自旋多重度不等于1时总是默认U。如果需要做RO计算或者算开壳层单重态,才需要人为指定
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-4-14 16:32:51 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请教一下,我在算一个反应机理,A+B=C 反应吸热 10kcal/mol,但是一直找不到过渡态结构,做了柔性扫描,没有最高点,能通过柔性扫描的曲线图,证明这步反应是一个无垒过程么,(我对无垒过程不是很了解,是一个反应没有过渡态,就说明这个反应是无垒过程么,还是说反应必须是放热的,才能说是无垒过程。)

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发表于 Post on 2022-4-14 20:06:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2022-4-14 20:11 编辑

老师您好我想请问一下能垒图相对能量的计算,这是简化的示意图
Int1为基准能量为0,加入了A生成Int2,相对能量为Int2-Int1-A
再产生了B,生成Int3,相对能量为Int3-Int1-A+B
这样计算是否有问题?
事实上在我的体系中,Int1是催化剂,Int3就是重新得到的Int1,按上述方法计算由于加入的A和产生的B能量不一样得到的Int3Int1)能量不为0 ,同一个结构在反应过程中能量不一致,是计算出问题了吗?

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发表于 Post on 2022-4-14 20:17:10 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-4-14 13:06
老师您好我想请问一下能垒图相对能量的计算,这是简化的示意图Int1为基准能量为0,加入了A生成Int2,相对能 ...

这是正常的,因为即便你画的是Int1,也不代表你的能量只是Int1自己的能量。比如在你这个反应里,你画的Int1其实代表Int1+A的能量,Int3其实代表Int3+B的能量,那这两个能量不一样显然是正常的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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