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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-14 20:19:16 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-4-14 09:32
老师好,我想请教一下,我在算一个反应机理,A+B=C 反应吸热 10kcal/mol,但是一直找不到过渡态结构,做了柔 ...

如果这个扫描的键长范围足够长就可以。无垒过程不要求放热,只要求过渡态不存在。
但是你这里有一个问题,双分子生成单分子能量一直上升的话,意味着你根本不可能优化出C的稳定结构。建议检查一下C的结构是不是有虚频,找到没有虚频的结构以后再做扫描
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-4-14 20:22:55 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,有两个结构略有不同(键角不同)的模型,能量相差1eV,我使用能量较高的模型做后续处理得到的结果是可以用的吗?

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发表于 Post on 2022-4-14 20:49:23 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想问下二聚体的构建是直接用GaussView等软件手动将两个分子靠近,然后再用Gaussian优化就行吗?想研究二聚体之间的相互作用,但不知道这样构建体系可不可以。

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发表于 Post on 2022-4-14 21:31:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2022-4-14 21:33 编辑
wzkchem5 发表于 2022-4-14 20:17
这是正常的,因为即便你画的是Int1,也不代表你的能量只是Int1自己的能量。比如在你这个反应里,你画的In ...

谢谢老师 那我这样画出来的能垒图是对的吗,中间省去了很多反应步骤,最后生成的Cat1能量不为0,为B-A,这个能垒图的绘制是正确的吗?最后的能量不为0是不是因为他还代表了产物的能量?

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发表于 Post on 2022-4-14 21:40:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-14 20:19
如果这个扫描的键长范围足够长就可以。无垒过程不要求放热,只要求过渡态不存在。
但是你这里有一个问题 ...

老师 C结构没有虚频,我在用C结构做柔性扫描的时候,扫描了两个键长Pt-H,O-H.步长0.02,步数80.想寻找的一个过渡态结构是Pt上的H和O上的H拉远,两个H结合生成H2.但是在扫描过程中发现Pt上H远离了,但是O上H一直不发生变化,一直保持在初始设定键长0.97哎,这是为什么呢?

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发表于 Post on 2022-4-14 21:49:21 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-4-14 14:31
谢谢老师 那我这样画出来的能垒图是对的吗,中间省去了很多反应步骤,最后生成的Cat1能量不为0,为B-A, ...

对的,虽然名字都是Cat1,但是代表的能量不一样
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-14 21:50:35 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-4-14 14:40
老师 C结构没有虚频,我在用C结构做柔性扫描的时候,扫描了两个键长Pt-H,O-H.步长0.02,步数80.想寻找的 ...

这种反应,扫描H-H距离,让H-H逐渐拉近,这样找到过渡态的概率大一些。
解离反应不一定非得扫断开的键,扫生成的键也可以。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-14 22:37:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-14 15:38
对,自旋多重度等于1时总是默认R,自旋多重度不等于1时总是默认U。如果需要做RO计算或者算开壳层单重态,才 ...

好的好的,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 03:11:32 | 只看该作者 Only view this author
xinyanli 发表于 2022-4-14 20:49
老师好,我想问下二聚体的构建是直接用GaussView等软件手动将两个分子靠近,然后再用Gaussian优化就行吗? ...

简单情况直接手动构建初始结构,复杂情况用genmer+molclus做二聚体构型搜索

genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 03:50:46 | 只看该作者 Only view this author
yydy 发表于 2022-4-14 20:22
老师你好,有两个结构略有不同(键角不同)的模型,能量相差1eV,我使用能量较高的模型做后续处理得到的结 ...

信息不充分,说清楚为什么这么干
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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sobereva 发表于 2022-4-15 03:11
简单情况直接手动构建初始结构,复杂情况用genmer+molclus做二聚体构型搜索

genmer:生成团簇初始构 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-4-15 09:39:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 03:50
信息不充分,说清楚为什么这么干

老师,你好,我的工作是在初始模型上找某种物种最稳定的构象,当时在选结构时,没有找到那个能量比较低的模型,现在工作快做完了,结果是现在有一个能量低的模型,我想问的是我的工作需要推翻重新做一遍吗?

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发表于 Post on 2022-4-15 10:14:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-14 21:50
这种反应,扫描H-H距离,让H-H逐渐拉近,这样找到过渡态的概率大一些。
解离反应不一定非得扫断开的键, ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-4-15 14:14:40 | 只看该作者 Only view this author
yydy 发表于 2022-4-15 02:39
老师,你好,我的工作是在初始模型上找某种物种最稳定的构象,当时在选结构时,没有找到那个能量比较低的 ...

如果差1kcal/mol另说,但是1eV肯定要重做了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-16 13:18:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2022-4-16 18:42 编辑

有Br和I取代基的有机体系怎么算NMR好呢,卤代的C nmr严重不准
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