简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

化小白 · 发表于 Post on 2022-4-18 10:12:55

wzkchem5 发表于 2022-4-18 00:47
必须对浓度有数量级的估计，不需要多准，但是起码误差正负两个数量级以内的估计是得有的。如果你是和实验 ...

老师，那我是不是先找到INT10的浓度，在利用Eyring方程计算得到INT14的浓度？然后再计算INT15的浓度，根据INT15的浓度计算TS10能垒下的反应速率？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-18 16:01:44

化小白发表于 2022-4-18 03:12
老师，那我是不是先找到INT10的浓度，在利用Eyring方程计算得到INT14的浓度？然后再计算INT15的浓度，根 ...

大概率不需要这么麻烦。如果不考虑之前反应步骤的话，大概率用TS10的自由能减去INT10的自由能然后套Eyring方程就行了。之所以说是大概率，是因为你也说了这里涉及双分子反应，你画的图里又没有体现出来哪些反应是双分子反应。对于涉及双分子反应的情形，必须把各个自由能都做浓度校正以后，再用我之前转的博文的方法判断应该谁减谁。
不过为了加深理解，建议你先按你这么说的一步一步算，不过不要急着代入实际浓度和自由能，等推出总反应速率的表达式以后，再看哪些变量可以消去。你会发现有很多物种的自由能和浓度可以消掉，对最后的反应速率根本没有影响。到时候你再看缺哪个浓度就算哪个浓度。这样推下来也可以加深你对那篇博文的方法的理解。推导方法参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956

Aristotler · 发表于 Post on 2022-4-19 10:23:43

请问：VMD语句中如何实现在某一固定z范围，完整显示需要的残基？我尝试用：z > 0 and z < 8.1 and same resname as {resname Ch} ，但Ch这个残基会被截断，无法完整显示，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 18:50:18

Aristotler 发表于 2022-4-19 10:23
请问：VMD语句中如何实现在某一固定z范围，完整显示需要的残基？我尝试用：z > 0 and z < 8.1 and same res ...

前头加上same resid as或same fragment as
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

1739140886 · 发表于 Post on 2022-4-19 21:23:56

两个输入文件在附件，是基本类似的体系，使用相同的基组（def2-SVPD）做单点计算，想得到偶极矩信息，但是1就可以顺利读取基组结束，但是2就报错：
End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /public/software/gaussian09/g09/l301.exe at Tue Apr 19 21:05:42 2022.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 21.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

请求指教

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-4-19 21:51:10

这不是个好习惯，两个文件末尾都应该至少放2行空行

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 22:47:45

1739140886 发表于 2022-4-19 21:23
两个输入文件在附件，是基本类似的体系，使用相同的基组（def2-SVPD）做单点计算，想得到偶极矩信息，但是1 ...

以命令行方式提交，输入文件末尾必须空至少两行

王若曦 · 发表于 Post on 2022-4-19 23:08:27

想求助一下为什么fchk转成chk文件后，做新一轮计算时为什么会出现这种错误啊？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 23:56:48

王若曦发表于 2022-4-19 23:08
想求助一下为什么fchk转成chk文件后，做新一轮计算时为什么会出现这种错误啊？

chk的路径没写对

tingfengting · 发表于 Post on 2022-4-20 09:29:27

老师们好，我最近计算铂配合物的磷光不对称因子需要用到磁跃迁偶极矩和电跃迁偶极矩，这几天学习了sob老师的磷光相关博文，Gaussian因为不考虑旋轨耦合，所以磁跃迁偶极矩和电跃迁偶极矩输出结果为0。又看了beefly老师做的Dalton程序示例，TDDFT的磷光计算输出结果中只有跃迁偶极矩，想请问一下这里的跃迁偶极矩指的是电跃迁偶极矩吗？
之后我在Dalton英文手册也没有查到磁跃迁偶极矩，那么还有没有其他方法能计算磷光的电、磁跃迁偶极矩呢？

1739140886 · 发表于 Post on 2022-4-20 14:42:18

sobereva 发表于 2022-4-19 22:47
以命令行方式提交，输入文件末尾必须空至少两行

感谢sob老师，我去试一下！！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-20 15:12:22

tingfengting 发表于 2022-4-20 02:29
老师们好，我最近计算铂配合物的磷光不对称因子需要用到磁跃迁偶极矩和电跃迁偶极矩，这几天学习了sob老师 ...

任何程序做激发态计算，只要只输出一个跃迁偶极矩，必然是电跃迁偶极矩。
ORCA可以算磁跃迁偶极矩

tingfengting · 发表于 Post on 2022-4-20 15:52:18

wzkchem5 发表于 2022-4-20 15:12
任何程序做激发态计算，只要只输出一个跃迁偶极矩，必然是电跃迁偶极矩。
ORCA可以算磁跃迁偶极矩

好的老师，太感谢了，我这就去查ORCA的手册

Aristotler · 发表于 Post on 2022-4-20 19:18:21

sobereva 发表于 2022-4-19 18:50
前头加上same resid as或same fragment as
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子

谢谢老师！！！

yyf · 发表于 Post on 2022-4-20 21:54:28

老师好，我最近刚开始学习二维红外光谱的计算，在看CONCEPTS AND METHODS OF 2D INFRARED SPECTROSCOPY这本书练习算例时有些问题，想请教一下。
（1）有些二维光谱计算时添加了带方向电场，添加电场要用内坐标或符号笛卡尔坐标。我在用GaussView建模时使用内坐标会改变分子与坐标轴的方向，请问老师该在用内坐标的时候保持分子与坐标轴的方向？或者怎么在保存gjf时使用符号笛卡尔坐标？
（2）我根据书中给的matlab脚本绘制二维红外光谱，开头脚本中通过红外强度转换为偶极子，两个振动模式的偶极子方向为一个x，一个y方向，这个方向与gaussian的坐标轴相同吗？想请问老师如何知道一个振动模式的偶极子方向？下面还有非谐的偶极子转换，采用的是书中的一个公式。
（3）量化基础班有怎么计算二维红外光谱的相关内容吗，自己学有些费力。
相关的计算文件和脚本我打包在了压缩包里，也有相应的图，感谢老师的指导！

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

G09 l301.exe错误终止

chk文件输入错误