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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-16 20:25:20 | 只看该作者 Only view this author

请问在跑过渡态的时候一直不收敛怎么办呢

已经跑了300多个点了,一直都没收敛,这种情况应该怎么办呢

QQ图片20220416202411.png (12.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

这是能量曲线

这是能量曲线

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15107#
发表于 Post on 2022-4-16 20:55:13 | 只看该作者 Only view this author
谢谢

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发表于 Post on 2022-4-16 21:35:14 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 03:14:59 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2022-4-16 13:18
有Br和I取代基的有机体系怎么算NMR好呢,卤代的C nmr严重不准

C的NMR计算准确度原理上和是否含有卤代没明显关系
先尝试此文的级别
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623http://bbs.keinsci.com/thread-25918-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 03:30:27 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-4-16 20:25
已经跑了300多个点了,一直都没收敛,这种情况应该怎么办呢

用gview观看优化轨迹,别傻等着
如果最后结构已经没过渡态的样子,立马停了,重新摆初猜结构并且/或者调整关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-4-17 07:37:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:14
C的NMR计算准确度原理上和是否含有卤代没明显关系
先尝试此文的级别
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计 ...

pcSseg-1不支持I,I用什么基组好些,ecp没核感觉不好

圣诞刨坟忙

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发表于 Post on 2022-4-17 16:19:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:30
用gview观看优化轨迹,别傻等着
如果最后结构已经没过渡态的样子,立马停了,重新摆初猜结构并且/或者调 ...

sob老师,我的过渡态跑到迭代次数上限了仍然没有收敛,因为体系比较大,重跑比较耗时,我可不可以保留最后一帧结构,关键词不变重跑TS?或者是对最后一帧结构进行结构优化,这样子可行吗

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发表于 Post on 2022-4-17 17:01:53 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-4-17 09:19
sob老师,我的过渡态跑到迭代次数上限了仍然没有收敛,因为体系比较大,重跑比较耗时,我可不可以保留最 ...

应当手动检查最后一帧结构是否合理,如果合理,以最后一帧结构为初始结构重跑TS;如果不合理,以优化轨迹里最后一个合理的结构为初始结构重跑TS。
除非第二帧结构就不合理,否则任何情况下都不应该从第一帧重跑,一定是从之后的某一帧重跑。这个不仅适用于达到最大迭代次数的情形,也包括因为断电、任务被杀掉等原因没有跑完的情形。除了结构优化以外,SCF收敛等等也是一样的道理。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-17 18:11:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-17 17:01
应当手动检查最后一帧结构是否合理,如果合理,以最后一帧结构为初始结构重跑TS;如果不合理,以优化轨迹 ...

明白了,那chk文件可以沿用之前的吗?我在之前的CHK文件的基础上以最后一帧结构作为初始结构去跑了过渡态,发现一直出现gaussian界面出现了 proprities files  not found这之类的,而且感觉计算像是卡住了一样,几个小时out和chk文件都没变化,这正常吗

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发表于 Post on 2022-4-17 20:37:05 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,图中的反应可以发生吗?过渡态TS10与INT10的能量相差31.5 kcal/mol,感觉可能过不去,还有就是INT16作为产物,能量比反应物INT10都高,想让老师帮忙看一下这个反应可以进行吗?

cx-66.jpg (15.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

cx-66.jpg

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发表于 Post on 2022-4-17 21:14:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ionexchangeC 于 2022-4-17 21:17 编辑
kyuu 发表于 2022-4-17 07:37
pcSseg-1不支持I,I用什么基组好些,ecp没核感觉不好

不需要计算I的化学位移的话,用赝势没问题,def2系列即可
需要计算I的化学位移的话,可以考虑cc-pwCVTZ-DK(ORCA内有I的定义)或cc-pwCVTZ-DK3结合相对论计算

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发表于 Post on 2022-4-17 21:20:42 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-4-17 13:37
老师,您好,我想问一下,图中的反应可以发生吗?过渡态TS10与INT10的能量相差31.5 kcal/mol,感觉可能过不 ...

http://sobereva.com/506的方法自己判断,如果看不懂,截取这篇博文的原文来问。要不然即使会判断这个体系,以后换一个体系又不会了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-4-17 21:47:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-17 21:20
按http://sobereva.com/506的方法自己判断,如果看不懂,截取这篇博文的原文来问。要不然即使会判断这个 ...

老师,我这是双分子反应,120℃下进行的,由于INT10只是反应中的一个中间体,不知道INT10反应浓度,所以不知道该从哪里下手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 22:24:00 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2022-4-17 07:37
pcSseg-1不支持I,I用什么基组好些,ecp没核感觉不好

def2-TZVP
当前计算NMR的不是碘,碘用赝势完全没问题
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发表于 Post on 2022-4-18 00:47:52 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-4-17 14:47
老师,我这是双分子反应,120℃下进行的,由于INT10只是反应中的一个中间体,不知道INT10反应浓度,所以 ...

必须对浓度有数量级的估计,不需要多准,但是起码误差正负两个数量级以内的估计是得有的。如果你是和实验合作的,问实验那边能不能测INT10的浓度;如果不能测,但是你算了之前的步骤,那可以用计算数据估算,方法是按照一般方法判断哪些物种之间是快平衡,然后用Gibbs自由能算出对应反应的平衡常数,再用实验上已知浓度的物种和平衡常数来估算INT10的浓度。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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