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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-27 15:59:22 | 只看该作者 Only view this author
【新手求助】我在超算平台上对一个自由基进行扫描,扫描后的文件看到normal termination,但是用gaussView打不开,提示说Failure reading oriented atomic coordinates line Number 8997,看了这个贴子http://bbs.keinsci.com/thread-14842-1-1.html,和我的情况很类似,但是我的gaussView版本就是GV6.0.16呀 ,请问还有什么别的解决办法吗?

bd8416d3eabbe73805789f8e94e45c2.png (36.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

bd8416d3eabbe73805789f8e94e45c2.png

569d23aa0da44896df6b472c3454d82.jpg (545.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2022-4-27 16:27:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lyy1 于 2022-4-27 16:33 编辑

请问一下老师,实验得到的红外光谱可以通过峰值判断产物有啥官能团之类的,那么通过计算得到的已知结构的红外光谱是用来看什么的,譬如氮气活化,老师说可以看看它的红外光谱图,那么它的光谱图是为了要看什么?如何分析计算得到的红外光谱呢?

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发表于 Post on 2022-4-27 17:02:15 | 只看该作者 Only view this author
joeson 发表于 2022-4-27 08:14
请问各位老师,我从表面上挖取了团簇,包含100个原子,由Si、H、Cl三种元素组成,想要用ORCA算下单点,这种 ...

只是算单点的话,先试试DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVP,如果算不动的话改用PWPB95-D3/def2-TZVPP
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-4-27 17:14:13 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-4-27 09:27
请问一下老师,实验得到的红外光谱可以通过峰值判断产物有啥官能团之类的,那么通过计算得到的已知结构的红 ...

对于氮气活化而言,假设N-N键没有完全断掉,那么计算红外光谱有这么几个作用:(1)帮助你确认实验上的哪个峰是对应于N-N键的,因为金属对N-N键的影响大小是未知的,N-N键的红外峰可能位移到任何地方,如果实验的峰很多的话根本不知道哪个峰是N-N键的;(2)帮助确认实验推测的活化产物是正确的,如果计算的谱和实验完全对不上,那很可能说明活化产物不是预期的结构。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-4-27 17:29:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-27 17:14
对于氮气活化而言,假设N-N键没有完全断掉,那么计算红外光谱有这么几个作用:(1)帮助你确认实验上的哪 ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2022-4-27 22:24:02 | 只看该作者 Only view this author
dier 发表于 2022-4-27 15:59
【新手求助】我在超算平台上对一个自由基进行扫描,扫描后的文件看到normal termination,但是用gaussView ...

路径不能有中文吧

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发表于 Post on 2022-4-28 00:18:05 | 只看该作者 Only view this author

不是这个原因呀,又修改路径试了一遍还是不行欸

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-28 05:42:52 | 只看该作者 Only view this author
joeson 发表于 2022-4-27 15:14
请问各位老师,我从表面上挖取了团簇,包含100个原子,由Si、H、Cl三种元素组成,想要用ORCA算下单点,这种 ...

没有额外的信息的情况下(体系具体结构、具体反应),一般性推荐用RI-revDSD-PBEP86-D4/def2-QZVPP。目前最新版Multiwfn可以直接产生这种任务的输入文件,看
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-28 05:45:06 | 只看该作者 Only view this author
dier 发表于 2022-4-28 00:18
不是这个原因呀,又修改路径试了一遍还是不行欸

上传压缩后的输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-28 05:46:04 | 只看该作者 Only view this author
本壁のペッチ 发表于 2022-4-27 12:21
谢谢,改为TZVP之后没有语法报错了。但是出现了以下报错:Atomic number out of range in AhlTZV。好像就 ...

Gaussian内置的def和def2基组涵盖的元素不全。自行去http://www.cosmologic-services.de/basis-sets/basissets.php下载定义使用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-4-28 09:12:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-28 05:46
Gaussian内置的def和def2基组涵盖的元素不全。自行去http://www.cosmologic-services.de/basis-sets/basi ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2022-4-28 09:46:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-27 17:02
只是算单点的话,先试试DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVP,如果算不动的话改用PWPB95-D3/def2-TZVPP

谢谢!

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发表于 Post on 2022-4-28 09:47:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-28 05:42
没有额外的信息的情况下(体系具体结构、具体反应),一般性推荐用RI-revDSD-PBEP86-D4/def2-QZVPP。目前 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2022-4-28 14:44:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-24 22:10
ALIE只适合判断什么地方容易电离,不能用来判断什么地方容易激发。
其实还是直接做个TDDFT计算最靠谱, ...

老师好,我用pbe1pbe/TZVP 泛函计算了这个分子的吸收光谱,得到了HOMO,LUMO和NTO74,NTO75轨道如下。可以看到在HOMO部分电子在羰基C4=O3部分没有分布,在LUMO轨道上就有了电子分布;而在羟基部分O1-H2无论是HOMO还是LUMO轨道都没有电子分布,这样可以解释实验中相比于羟基,羰基部分更容易被激发吗?

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发表于 Post on 2022-4-28 14:51:46 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2022-4-28 07:44
老师好,我用pbe1pbe/TZVP 泛函计算了这个分子的吸收光谱,得到了HOMO,LUMO和NTO74,NTO75轨道如下。可 ...

可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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