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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-28 15:07:27 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-4-28 15:38:49 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-4-28 17:26:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-28 05:45
上传压缩后的输出文件

cf3cohch3_M062X_SCAN_1.rar (326.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 压缩后文件已上传,麻烦啦!

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发表于 Post on 2022-4-28 20:08:12 | 只看该作者 Only view this author
请问社长,如何实现利用Multiwfn做ETS-NOCV时输出Pauli互斥能呢?是否可以从内存中把frozen state和promolecular的系数矩阵拿到,然后交给Gaussian算个能量呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-29 08:08:20 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2022-4-28 14:44
老师好,我用pbe1pbe/TZVP 泛函计算了这个分子的吸收光谱,得到了HOMO,LUMO和NTO74,NTO75轨道如下。可 ...

更确切来说,是对于你当前考察的这个电子激发来说,羟基的电子更容易转移走。从被激发角度来说(空穴的分布程度),二者半斤八两,空穴具体在两个基团上的分布量可以用Multiwfn下文的功能精确计算
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-29 08:09:17 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2022-4-28 20:08
请问社长,如何实现利用Multiwfn做ETS-NOCV时输出Pauli互斥能呢?是否可以从内存中把frozen state和promole ...

看1L的红字,Multiwfn的问题发到专门的地方
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-29 08:14:34 | 只看该作者 Only view this author
dier 发表于 2022-4-28 17:26
压缩后文件已上传,麻烦啦!

gview的bug
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发表于 Post on 2022-4-29 09:55:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-28 05:46
Gaussian内置的def和def2基组涵盖的元素不全。自行去http://www.cosmologic-services.de/basis-sets/basi ...

小白还有几个问题想再请教一下Sob老师:
1. 在这个网站上下载定义的时候有个选项是:Basis, J-Basis, JK-Basis和C-Basis。能麻烦老师解释一下这几个的区别吗?
2. 下一步(get basis sets)之后,是基组定义和赝势定义在一起给出来的。我可以把这两部分放在同一个txt里引用吗?因为我看老师在这篇文章(http://sobereva.com/509)里是把基组和赝势分开引用的。
再次谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-4-29 10:28:14 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sobereva老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-30 07:23:51 | 只看该作者 Only view this author
本壁のペッチ 发表于 2022-4-29 09:55
小白还有几个问题想再请教一下Sob老师:
1. 在这个网站上下载定义的时候有个选项是:Basis, J-Basis, JK ...

Basis是一般意义的基组
J-Basis, JK-Basis和C-Basis是密度拟合基组,用RI的时候才会涉及到,跟Gaussian用户通常没关系
Gaussian最终看到的是被引用的所有文件被完全展开之后的输入文件,不管你原本具体把什么信息放在什么文件里
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发表于 Post on 2022-4-30 09:31:19 | 只看该作者 Only view this author
老师好,学生现在做C4H8N8O8大分子的热解势能面计算
采用B3LYP/6-311G**做结构优化,
单点能计算方法选择上出现了困惑(文献里普遍绘制该分子的势能面都是不做单点能计算)
目前尝试的单点能计算方法有
1.Gaussian做双杂化泛函B2PLYPD3/cc-pVQZ, 测试结果特别占磁盘空间,高达超过1.7T,直接报错磁盘不够
2.ORCA做B2PLYPD3/CBS verytight 特别难收敛..... 加入关键词能促使部分物种收敛  但是老板不认可... 没有接着尝试其他的
3.ORCA做B2PLYPD3/CBS tight 和我用小分子做CCSD(T)/CBS计算的BDE差大概5kcal/mol以上
4.ORCA做DLPNO-CCSD(T)/CBS normal PNO  tightscf但是个别物种出现莫名其妙的坏点 http://bbs.keinsci.com/thread-29187-1-1.html(老板也遇到过,让我舍弃这个方法) 感觉似乎是scf的收敛限不够tight 但是verytight又不收敛
上述方法都挺耗时,而且作业只能一次算一个....... orca 版本是 5.0.0
请问老师,是否有更加适合该体系的单点能计算呢


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发表于 Post on 2022-4-30 09:38:36 | 只看该作者 Only view this author
请问用MRCC软件,在MINP输入文件所在路径运行MRCC,显示minp not found该怎么办?

202204300938343599..png (40.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202204300938343599..png

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发表于 Post on 2022-4-30 13:05:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-30 07:23
Basis是一般意义的基组
J-Basis, JK-Basis和C-Basis是密度拟合基组,用RI的时候才会涉及到,跟Gaussian ...

谢谢老师解答

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发表于 Post on 2022-4-30 15:18:45 | 只看该作者 Only view this author
ghyang 发表于 2022-4-30 02:38
请问用MRCC软件,在MINP输入文件所在路径运行MRCC,显示minp not found该怎么办?

检查PATH变量有没有设置对
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-4-30 15:20:14 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2022-4-30 02:31
老师好,学生现在做C4H8N8O8大分子的热解势能面计算
采用B3LYP/6-311G**做结构优化,
单点能计算方法选择 ...

体系是否涉及完全断键、有多个自由基的物种?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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