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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-4-21 19:18:18 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2022-4-21 11:28
谢谢您的回复,但我在之前都没考虑过这些,您知道怎么在gromacs设置这些吗?我其实是做实验的,做这部分 ...

这不是gromacs设置的问题。你应该按照现在的模拟结果,估算表面的平均电荷是不是0。如果是的话就回答审稿人说是,如果不是的话就回答不是,并且解释为什么你没有让体系处于PZC,是因为技术上无法做到这一点,还是因为你研究的问题不需要让体系处于PZC。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-21 20:02:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-21 19:18
这不是gromacs设置的问题。你应该按照现在的模拟结果,估算表面的平均电荷是不是0。如果是的话就回答审稿 ...

明白,再次感谢您

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发表于 Post on 2022-4-21 21:40:11 | 只看该作者 Only view this author

求助:计算荧光时301报错,出现Traceback not available的问题

麻烦大家帮忙看一下!

202204212138011904..jpg (52.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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RClCu3.gjf

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发表于 Post on 2022-4-21 21:48:54 | 只看该作者 Only view this author
注意识别哪句话才是真正的报错信息。这里真正的报错信息是EOF while reading ECP pointer card,报错原因已经写得很清楚了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-4-22 01:28:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Freeman 于 2022-4-22 01:32 编辑

# b3lyp em=gd3bj 6-311G**
另外,高斯如果不是从高斯公司或其代理商那里买到的,都算是盗版。可以偷偷自己用,但是千万别让他们发现了,也不能用来发表文章。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 01:51:46 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2022-4-21 17:14
老师好!想请教一个问题:在利用GMX计算Zn-electrolyte界面的工作中,审稿人问我是否考虑了point of zero c ...

本帖是回答量子化学问题的,动力学程序相关问题请发到分子模拟板块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 01:58:36 | 只看该作者 Only view this author
lisanoid 发表于 2022-4-21 15:30
安装得是gaussian09D.01版本,软件是在学校时推广企业做培训给的,是windows版本。
计算内容是两个有机小 ...

仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

另外,6-311G**仅对于几何优化够用,算电子能量太low
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 02:18:29 | 只看该作者 Only view this author
tingfengting 发表于 2022-4-21 10:17
磁跃迁偶极矩的那一行没有显示

给你个例子,H2CO用TD=triplet算三个三重态,磁偶极矩结果明显不都为0

H2CO.fch (138.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) H2CO.out (24.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)



对于操作无误的情况,全为0是巧合




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 02:50:03 | 只看该作者 Only view this author
xianz 发表于 2022-4-21 21:40
麻烦大家帮忙看一下!

99%的可能性你上传的输入文件和你截图里的任务的输入文件不是同一个
你上传的输入文件没任何问题

你截图里那种报错通常都是末尾没定义赝势,或者赝势信息之前有多余的空行导致的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 05:52:47 | 只看该作者 Only view this author
cdw32156 发表于 2022-4-21 10:26
高斯中自定义溶剂2-methyl-tetrahydrofuran,求助求助,找不到这个溶剂的介电常数,谢谢

http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm末尾的溶剂名列表,挨个仔细找,没有对应的就自定义溶剂,仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2022-4-22 08:04:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-22 01:51
本帖是回答量子化学问题的,动力学程序相关问题请发到分子模拟板块

抱歉老师,下次注意,谢谢提醒

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发表于 Post on 2022-4-22 08:31:07 | 只看该作者 Only view this author

想请教一下 在gview中如何画溴离子 和氮离子

想请教一下 在gview中如何画溴离子 和氮离子

202204220829561523..png (635.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202204220829561523..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 09:43:07 | 只看该作者 Only view this author
兰兰爱学习 发表于 2022-4-22 08:31
想请教一下 在gview中如何画溴离子 和氮离子

在N旁边不远不近的位置点上个Br就完了
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发表于 Post on 2022-4-22 09:46:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-22 09:43
在N旁边不远不近的位置点上个Br就完了

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-4-22 10:47:43 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,可否利用电子密度差图体现溶剂反应场对体系电子密度产生的影响?

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