简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-24 22:10:31

Yin 发表于 2022-4-24 12:28
不好意思老师，写错了，应该是“实验是通过激发羰基而实现了质子转移的过程，而不是通过激发羟基。”

ALIE只适合判断什么地方容易电离，不能用来判断什么地方容易激发。
其实还是直接做个TDDFT计算最靠谱，不管看NTO也好，密度差图也好，都很容易看出来是哪里最容易激发。其他判据基本都是间接的，既不如TDDFT靠谱又不能提供比TDDFT更多的信息

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-25 01:28:56

Dolantin 发表于 2022-4-24 10:43
请教一下各位，我在用shermo程序计算自由能时，shermo程序内需设置ilowfreq，也就是需要在RRHO模型和准RRHO ...

懒得根据实际情况判断就始终用ilowfreq=2
这就跟计算带上DFT-D3似的，对当前问题不一定有改进，但总没坏处，而且很多情况有明显好处

本壁のペッチ · 发表于 Post on 2022-4-27 08:43:51

本帖最后由本壁のペッチ于 2022-4-27 12:23 编辑

小白求助，先谢谢大家。

问题描述：用高斯09计算一个十几个原子的体系，包含： C H O Co I元素。用B3lyp/deftzvp计算，高斯提示说语法错误。求问这个是怎么回事儿，是我的输入有问题吗？如果把deftzvp改为def2tzvp就能正常计算。小白想问一下，def和def2一样都是赝势基组，用法不是和def2一样吗？求大家指点。

我的输入如下：
%nprocshared=16
%mem=8GB
%chk=02-I.chk
# opt freq b3lyp/deftzvp em=gd3bj

Title

0 1
C                2.66912043 0.54939864 0.44655168
C                2.14796939 1.22243411 -0.66670788
Co                0.50867364 -0.02092231 0.31330617
C                2.59593180 -0.82707431 0.19379166
C                1.75269176 0.26191996 -1.60750017
C                2.02954808 -1.00474589 -1.07568234
C                0.19753397 -0.18332808 2.21112502
O                0.01771840 -0.27718661 3.30792680
I                -1.73676300 1.68732300 -0.00885800
I                -1.73924500 -1.67064800 -0.11029100
H                2.91625443 -1.60568478 0.85413937
H                3.05513555 1.00627469 1.33377013
H                1.84150282 -1.94282970 -1.55478328
H                1.31614593 0.46076263 -2.56394637
H                2.06621278 2.28340941 -0.77872244

chands · 发表于 Post on 2022-4-27 09:14:22

本壁のペッチ发表于 2022-4-27 08:43
小白求助，先谢谢大家。

问题描述：用高斯09计算一个十几个原子的体系，包含： C H O Co I元素。用B3lyp ...

我运行好好的，贴上输出文件看看。

RAL · 发表于 Post on 2022-4-27 09:20:43

本壁のペッチ发表于 2022-4-27 08:43
小白求助，先谢谢大家。

问题描述：用高斯09计算一个十几个原子的体系，包含： C H O Co I元素。用B3lyp ...

def-TZVP基组在Gaussian里写tzvp

sai77 · 发表于 Post on 2022-4-27 09:24:39

本帖最后由 sai77 于 2022-4-27 09:29 编辑

本壁のペッチ发表于 2022-4-27 08:43
小白求助，先谢谢大家。

问题描述：用高斯09计算一个十几个原子的体系，包含： C H O Co I元素。用B3lyp ...

defTZVP应该写为TZVP，而且好像TZVP对I元素没有定义
def2TZVP没问题的话直接用def2TZVP就好了啊

snljty · 发表于 Post on 2022-4-27 09:25:46

本壁のペッチ发表于 2022-4-27 08:43
小白求助，先谢谢大家。

问题描述：用高斯09计算一个十几个原子的体系，包含： C H O Co I元素。用B3lyp ...

在https://gaussian.com/basissets找你的基组名称应该怎么写
别再用Gaussian 09了，太老了，尤其D.01版本的Freq部分计算的BJ阻尼的D3的Hessian有问题。

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-4-27 11:21:38

做了一个过渡态，想走IRC来验证一下是否正确，输入文件关键词如下

按照此关键词计算，但是IRC的结果却出现后面很多点能量一样，用gview6打开也只有一个点

做了其他过渡态的IRC是正常的，这是G16 b01 的bug吗还是我的输入文件哪里有问题？有老师遇见过这种情况吗？

IRC-TS-DMSBH3-BH3K.log (459.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

IRC-TS-DMSBH3-BH3K.gjf (1.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 12:03:39

KangJiaxin 发表于 2022-4-27 11:21
做了一个过渡态，想走IRC来验证一下是否正确，输入文件关键词如下

按照此关键词计算，但是IRC的结果却出 ...

看输出文件末尾，根本都没正常结束

Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.

老生常谈的问题，仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

本壁のペッチ · 发表于 Post on 2022-4-27 12:09:47

本帖最后由本壁のペッチ于 2022-4-27 12:27 编辑

chands 发表于 2022-4-27 09:14
我运行好好的，贴上输出文件看看。

不好意思，我把输入贴错了。def2tzvp可以正常运算。看了楼下的解答明白自己写错了，应该是把deftzvp改为tzvp。谢谢。

本壁のペッチ · 发表于 Post on 2022-4-27 12:12:28

snljty 发表于 2022-4-27 09:25
在https://gaussian.com/basissets找你的基组名称应该怎么写
别再用Gaussian 09了，太老了，尤其D.01版 ...

多谢指点

本壁のペッチ · 发表于 Post on 2022-4-27 12:13:23

RAL 发表于 2022-4-27 09:20
def-TZVP基组在Gaussian里写tzvp

谢谢

本壁のペッチ · 发表于 Post on 2022-4-27 12:21:23

sai77 发表于 2022-4-27 09:24
defTZVP应该写为TZVP，而且好像TZVP对I元素没有定义
def2TZVP没问题的话直接用def2TZVP就好了啊

谢谢，改为TZVP之后没有语法报错了。但是出现了以下报错：Atomic number out of range in AhlTZV。好像就是您说的对I没有定义。但是我看社长的这篇文章中说def2系列基组一大优点是除了锕系以及最后一个周期外覆盖了周期表所有元素，而def系列比def2还多定义了锕系，那不是应该包含了I元素吗？（http://sobereva.com/373）

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-4-27 14:36:11

sobereva 发表于 2022-4-27 12:03
看输出文件末尾，根本都没正常结束

Delta-x Convergence NOT Met

大意了，谢谢社长

joeson · 发表于 Post on 2022-4-27 15:14:15

本帖最后由 joeson 于 2022-4-27 15:15 编辑

请问各位老师，我从表面上挖取了团簇，包含100个原子，由Si、H、Cl三种元素组成，想要用ORCA算下单点，这种大小的体系应该用什么计算级别？能支配的计算资源一般，96核500G左右。希望在有限的条件下得到尽可能精确的能垒。谢谢。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

G16 B01计算IRC时的问题