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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-26 17:45:29 | 只看该作者 Only view this author
请问透射系数计算时的正向势垒是指过渡态与反应物之间的之差吗(http://sobereva.com/soft/TSTcalculator.xlsx),是Shermo程序中的“Sum of electronic energy and thermal correction to U: -114.3040744 a.u.”这个值之差吗?

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发表于 Post on 2022-5-26 18:39:24 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-5-26 17:20
加入隐式溶剂模型试试,另外你确定晶体里长这个样子么,这个建模能否代表真实情况?

感谢老师的解答,他的晶体结构应该也是这样的,我找了一篇论文有图。doi:10.1002/prep.202000257老师这种情况的话优化应该怎么做呢?

tkx-50晶体.jpg (99.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

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发表于 Post on 2022-5-26 18:42:30 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-26 09:44
大佬们,请问根据TST法算出来的速率常数怎么进一步计算表观速率常数呀,看了一些文献还是没看明白,主要是 ...

参见https://en.wikipedia.org/wiki/Diffusion-controlled_reaction
溶质半径我记得应该是先算溶质分子的体积,再假设溶质分子是球形,按球体积公式反推出半径。起码用Marcus理论算电子转移速率的时候是这么做的,算扩散控制反应速率常数我手头暂时找不到相关文献
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-5-26 18:44:03 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-5-26 11:39
感谢老师的解答,他的晶体结构应该也是这样的,我找了一篇论文有图。doi:10.1002/prep.202000257老师这种 ...

算晶体不能简单地抠出一个重复单元来算,需要用QM/MM或ONIOM等方法描述晶体环境
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-5-26 19:37:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-26 18:44
算晶体不能简单地抠出一个重复单元来算,需要用QM/MM或ONIOM等方法描述晶体环境

感谢老师的解答,我研究一下相关的命令。请问老师,用http://sobereva.com/579这个教程的方法把晶体结构添加到背景电荷,再优化单体的结构可以这样操作吗

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15426#
发表于 Post on 2022-5-26 19:40:01 | 只看该作者 Only view this author
如图所示为乙基环己烷中对乙基、甲基分别进行柔性扫描得到的内转动势能面,文献中提到对于a而言:由于扭船形环己烷环具有D2对称性,peq位置和iso位置(图2所示)的乙基具有不对称的三重势能分布图。它导致在peq位置和iso位置分别形成三个不同的扭转构象(即peq位置的ETe、ETer1对映体和ETer2和iso位置的ETi、ETir1对映体和ETir2);当乙基位于扭传形环己烷的pax轴向位置时,只有两个扭转构象(ETa和ETar1的对映体)。  对于b而言:因为甲基的旋转势能面具有三重对称性,认为甲基的内部旋转对生成可区分的构象没有贡献。我的问题是:①文中提到的在乙基基团转动过程中判断有几个构象,是从峰数目判断吗?将这个峰理解为过渡态,越过过渡态可以到达另一个构象?②如何判断是否产生可区分的构象,是通过越过的峰高度,还是谷底的能量呢?对于对称的三重势能分布,表示改变前后势能不变,没有能量差异,构象不可分;不对称的情况则相反?③不同构象的能量是不是从谷底看呢?希望各位老师可以帮我一起看看,谢谢你们。

202205261918482516..png (570.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2022-5-26 19:55:35 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-5-26 12:37
感谢老师的解答,我研究一下相关的命令。请问老师,用http://sobereva.com/579这个教程的方法把晶体结构 ...

Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-26 19:56:41 | 只看该作者 Only view this author

好的!感谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 20:34:34 | 只看该作者 Only view this author
weifujing 发表于 2022-5-26 11:07
在文献 Structural Basis for Mechanical Anisotropy in Polymorphs of a Caffeine−Glutaric Acid Co ...

共晶的结构根本不是手动画出来的,你若要用量化程序研究,应当直接从晶体中抠出来二聚体或多聚体

gview里成键关系问题仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

如果连晶体结构都没有,顶多用molclus程序去搜索真空或溶剂下的二聚体或多聚体结构,但这和晶体整体必然存在一定差异
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-26 21:03:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,审稿人问我局域激发(local excitation, LE)是什么意思,我知道用中文表述出来是“电子被激发前后其分布区域没有明显变化”,我想引用一本比较专业的量化书籍里的原文来回答他,请问各位老师知道哪本书里定义了吗?
(另,我大致翻了一下sob老师在初级量子化学里提供的所有书籍,包括Quantum Chemistry (Levine,7ed,2014)等,好像都没有定义这个的)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 03:17:52 | 只看该作者 Only view this author
Altair 发表于 2022-5-26 21:03
各位老师好,审稿人问我局域激发(local excitation, LE)是什么意思,我知道用中文表述出来是“电子被激发前 ...

量化书里一般不讲这个
相关文献多了去了,google学术随便一搜一堆
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 03:22:29 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-26 19:40
如图所示为乙基环己烷中对乙基、甲基分别进行柔性扫描得到的内转动势能面,文献中提到对于a而言:由于扭船 ...

没必要做势能面扫描,用gentor+molclus做个构象搜索,所有极小点结构、能量全都出来了,看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

势能面扫描只能给你优化极小点、过渡态结构的初猜结构,没法直接得到准确结构和准确能量。
在使用molclus搜索出极小点结构后,如果想得到构象转变的过渡态,用Gaussian的opt=QST2通过基于两个相邻的极小点结构就能搜索出来,不了解的话看下文
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

PS:此文计算级别极为不恰当,MP2完全过时,极化函数太少,弥散函数又多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 03:25:27 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-5-26 19:37
感谢老师的解答,我研究一下相关的命令。请问老师,用http://sobereva.com/579这个教程的方法把晶体结构 ...

不能。背景电荷位置是固定的,优化中间分子的时候周围原子坐标也会变动。Gaussian用户应当用ONIOM(QM:MM),其它程序用户也可以用QM/MM

如果你不是非得优化出对应晶体状态的结构,当孤立体系算并带上隐式溶剂模型描述极性较大的溶剂也可以,此时H+也不至于转移过去。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 03:26:26 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-26 17:45
请问透射系数计算时的正向势垒是指过渡态与反应物之间的焓之差吗(http://sobereva.com/soft/TSTcalculator ...

我那个Excel表格的注释里写得明明白白
焓明明是H,内能才是U
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大佬们,请问根据TST法算出来的速率常数怎么进一步计算表观速率常数呀,看了一些文献还是没看明白,主要是 ...

半径可以用Multiwfn算
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190

D_AB就是当前溶剂下A和B各自的扩散系数的加和
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