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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-28 18:16:55 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-5-28 10:35
老师好,我还有个问题,我研究了一下molclus发现要先用构象生成软件生成一些xyz文件,我查了发现有挺多构 ...

Molclus、ABCluster或CREST都行。即使确定了用Molclus,gentor也不是唯一的生成构象的方法,Molclus里还有其他工具可以生成这种团簇的初始构象,这个你具体看一下Molclus原始博文就知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-28 22:00:55 | 只看该作者 Only view this author

QTS2过渡态搜索报错- Blank file name read

各位老师,我用QTS2搜索过渡态报错了,请问是啥原因呢?正常的TS-OPT也优化不出来。

报错.JPG (268.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

报错.JPG

QST2-1.gjf

2.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

QST2-2.gjf

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发表于 Post on 2022-5-28 22:13:11 | 只看该作者 Only view this author
贴完整输出文件上来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
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发表于 Post on 2022-5-28 22:44:58 | 只看该作者 Only view this author
QST2 不是 QTS2
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-29 01:08:44 | 只看该作者 Only view this author
落微 发表于 2022-5-28 22:00
各位老师,我用QTS2搜索过渡态报错了,请问是啥原因呢?正常的TS-OPT也优化不出来。

用了out=wfn而末尾没写wfn文件输出路径
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-29 01:09:32 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-5-28 17:35
老师好,我还有个问题,我研究了一下molclus发现要先用构象生成软件生成一些xyz文件,我查了发现有挺多构 ...

仔细看molclus主页上产生初始结构的方法说明
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

Molclus通常有以下使用方式:
•genmer结合molclus:用于团簇分子或原子团簇构型搜索。使用简便
•gentor结合molclus:用于分子构象搜索。使用简便,但不支持环状区域构象搜索
•Confab或Frog2构象生成程序结合molclus:用于分子构象搜索。使用最为傻瓜化,但不支持环状区域构象搜索、不支持普通有机分子以外的情况
•经典力场分子动力学程序结合molclus:用于分子团簇搜索和分子构象搜索。使用稍繁琐,被动力学模拟的体系必须有恰当的力场
•xtb程序跑动力学结合molclus:普适性极强,用于构象搜索、原子/分子团簇构型搜索皆可,使用容易(不受力场约束,不需要准备拓扑文件)


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-29 09:47:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-27 03:25
不能。背景电荷位置是固定的,优化中间分子的时候周围原子坐标也会变动。Gaussian用户应当用ONIOM(QM:MM) ...

感谢sob老师,我试一下加溶剂模型。

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发表于 Post on 2022-5-29 09:54:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-27 03:25
不能。背景电荷位置是固定的,优化中间分子的时候周围原子坐标也会变动。Gaussian用户应当用ONIOM(QM:MM) ...

sob老师,这里可以问,下一届的gromacs培训班预计是几月办吗?非常想去参加!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-29 11:19:00 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-5-29 09:54
sob老师,这里可以问,下一届的gromacs培训班预计是几月办吗?非常想去参加!

北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

不是量化的问题别发到这里
论坛专门有培训班的板块
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发表于 Post on 2022-5-29 22:07:46 | 只看该作者 Only view this author
请问v4p导入LOCPOT后local potential曲线中的average线,可以认为是静电势沿y方向的分布曲线吗?
谢谢老师~

202205292207032023..png (154.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202205292207032023..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-30 04:04:28 | 只看该作者 Only view this author
xiao1996 发表于 2022-5-29 22:07
请问v4p导入LOCPOT后local potential曲线中的average线,可以认为是静电势沿y方向的分布曲线吗?
谢谢老师 ...

第一性原理问题别发到本帖里

我不用p4v,这种问题用Multiwfn就可以考察,看http://bbs.keinsci.com/thread-29906-1-1.html
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发表于 Post on 2022-5-30 08:45:49 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian输出里面Thermal Correction是已经包括了零点振动能吗

可能问题有点基础,最近看到一个ppt,发现Thermal Correction是包括ZPE的,那比如说要计算Gibbs自由能,直接用电子能量加上Thermal Correction to Gibbs Free Energy就可以了?不用管Zero-point correction?

Picture1.png (127.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2022-5-30 09:05:52 | 只看该作者 Only view this author

含金属锌有机物,优化20天,不收敛,无报错。

老师们好,我对一个含金属Zn有机物进行结构优化20天后,取出结构发现不收敛,期间无报错提示。请问老师现在我该怎么做呢?

202a.png (49.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202a.png

202a.gjf

11.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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MOKIT开发者

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发表于 Post on 2022-5-30 09:51:22 | 只看该作者 Only view this author
常见问题,论坛上自已搜一下就有了


自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-5-30 09:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-30 04:04
第一性原理问题别发到本帖里

我不用p4v,这种问题用Multiwfn就可以考察,看http://bbs.keinsci.com/th ...

好的谢谢sob老师~

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