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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-25 20:29:24 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-5-25 13:22
论坛老师告诉我wsl环境下跑Gaussian无法使用双路处理器后,我直接在电脑中安装了Ubuntu系统,并且尝试进行 ...

提问报错问题的常识:必须上传完整的输入输出文件,不能只给报错信息
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-5-25 20:32:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-25 20:29
提问报错问题的常识:必须上传完整的输入输出文件,不能只给报错信息

抱歉,输入及输出文件如下:

test.gjf

1.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

test.out

169 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 03:36:59 | 只看该作者 Only view this author
齐齐吃烤鱼 发表于 2022-5-25 09:31
我用笔记本电脑运行Gaussian有点慢,我就想着找个台式(内核16,线程3471 )能运行的快一些,但是到% nproc ...

认真看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 05:29:55 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-5-25 20:22
论坛老师告诉我wsl环境下跑Gaussian无法使用双路处理器后,我直接在电脑中安装了Ubuntu系统,并且尝试进行 ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

检查安装方式的合理性,以及内存调用量是否合理。当前很可能是Default.Route默认内存分配量过大所致(如果你自己都没改过此文件,也可能操作系统有什么特殊限制。我建议用CentOS或者Rocky Linux作为做计算的系统)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 05:33:22 | 只看该作者 Only view this author
xinyanli 发表于 2022-5-25 08:40
好的,谢谢老师。就是我很纠结计算时间和准确性之间的关系。我看到我这类体系相关的文献,他们很多用Gaus ...

对不同类型体系、不同问题适合的计算级别截然不同
有些体系,比如18碳环,用B3LYP/6-311G**和B97-3c都明显不合理。对激发能计算,B97-3c这样基于纯泛函的方法基本都不合理。对于过渡金属配合物,B97-3c比B3LYP/6-311G**通常是更好的选择。等等等,都要分情况讨论。
所以问该用什么计算级别前必须把前提充分明确了。另外也不要盲目效仿文献,多半文章用的计算级别都不是很理想且划算
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发表于 Post on 2022-5-26 08:24:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-26 05:33
对不同类型体系、不同问题适合的计算级别截然不同
有些体系,比如18碳环,用B3LYP/6-311G**和B97-3c都明 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-5-26 11:07:10 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算多晶型分子的表面静电势时的结构输入

在文献 Structural Basis for Mechanical Anisotropy in Polymorphs of a Caffeine−Glutaric Acid Cocrystal(https://dx.doi.org/10.1021/acs.cgd.0c01033)中提到利用Gaussian计算CA-GA共晶的分子表面静电势。

学习了相关的Gaussian 计算分子表面静电势的教程,需要现在GaussView中将分子结构画出来,但是共晶的分子组成都是相同的,如果手动画,是否可以区别共晶,画出来的结构如何对应不同晶型的结构呢?
我想通过Materials studio软件将分子结构导出为.pdb格式的文件,直接导入到GaussView中,但是导入GaussView之后,结构发生了错误,请问是这种做法有什么错误吗?
那我们研究多晶型应该如何下手呢

捕获.GIF (110.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

文献多晶型分子静电势结果

文献多晶型分子静电势结果

MS.PNG (100.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

Materials Studio软件中对应的分子结构

Materials Studio软件中对应的分子结构

GaussView.PNG (87.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

导入GaussView软件后的分子结构图

导入GaussView软件后的分子结构图

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发表于 Post on 2022-5-26 11:49:07 | 只看该作者 Only view this author
文本打开gjf把原子键连关系删了

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发表于 Post on 2022-5-26 15:24:14 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,在使用传统过渡态理论计算高压极限速率常数的过程中,如何把一维受阻转子处理的内转动考虑在内呢?

202205261524129414..png (15.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2022-5-26 16:28:47 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,ORCA能实现刚性扫描吗,看手册里的scan是柔性的

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发表于 Post on 2022-5-26 16:34:37 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-5-26 09:28
请问各位老师,ORCA能实现刚性扫描吗,看手册里的scan是柔性的

可以,在orca手册里搜 %paras
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-5-26 16:38:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-26 16:34
可以,在orca手册里搜 %paras

好的,谢谢老师,我去学习一下

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发表于 Post on 2022-5-26 16:44:36 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,请问根据TST法算出来的速率常数怎么进一步计算表观速率常数呀,看了一些文献还是没看明白,主要是关于“溶质半径”这个概念没看明白,DAB计算也没看懂,求解。我举一个例子文章链接为https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2021.126930,下图中计算过程为文章的Supplementary material中截取。

表观速率常数计算.png (72.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

表观速率常数计算.png

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发表于 Post on 2022-5-26 17:13:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想用gaussian算一个含能分子体系的结构优化,但是优化后氢跑到另一个分子上了,这种情况想要保持结构式那种结构的话,该用什么优化方式呢?或者怎么优化结构合理?谢谢老师!

结构式.png (11.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

结构式

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初始.png (29.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

初始

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优化后

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发表于 Post on 2022-5-26 17:20:00 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-5-26 17:13
sob老师,我想用gaussian算一个含能分子体系的结构优化,但是优化后氢跑到另一个分子上了,这种情况想要保 ...

加入隐式溶剂模型试试,另外你确定晶体里长这个样子么,这个建模能否代表真实情况?

本版积分规则 Credits rule

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