简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-5-24 11:16:31

请问老师，ts寻找出来的过渡态有一个虚频，但是一优化过渡态虚频就没了，这应该怎么处理呢

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 11:24:22

本帖最后由 snljty2 于 2022-5-24 11:27 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-24 09:37
想请教老师，①文献里的公式6是进行能量校正吗？如果是的话，校正的含义是什么呢？②黄色部分提到每个能量 ...

黄字就是B3LYP/6-31G(d,p)优化，然后剩下所有计算都是这个优化后结构下计算的。
你这个公式前三项是一个以较小耗时近似获得QCISD(T)/6-311G(3df,2p)级别单点能的方法。（p.s. 现在来看这个级别凑的热力学组合方法比较丑陋）这个方法的类似原理的简介可以看卢老师博文详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能，在里面搜“直接利用”然后往下读。

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 11:26:24

Lyy1 发表于 2022-5-24 11:16
请问老师，ts寻找出来的过渡态有一个虚频，但是一优化过渡态虚频就没了，这应该怎么处理呢

看不懂你的描述，你用什么软件，什么方法找的TS？如果是Opt=TS之类的方法，本来就是优化到过渡态了，为什么还要再优化？

王若曦 · 发表于 Post on 2022-5-24 11:26:26

请问用orca在进行激发态结构优化+频率分析时，out文件总是会报错，报错内容已附，请问这是什么原因呢？

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 11:28:43

王若曦发表于 2022-5-24 11:26
请问用orca在进行激发态结构优化+频率分析时，out文件总是会报错，报错内容已附，请问这是什么原因呢？

WARNING那行已经写的再清楚不过了。换泛函，或者换软件。

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-24 14:14:11

sobereva 发表于 2022-5-24 01:25
Gaussian根本没开始算，安装有问题
先确Gaussian能手动正常运行再用molclus

非常感谢，已经重装了！

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-5-24 14:29:27

snljty2 发表于 2022-5-24 11:26
看不懂你的描述，你用什么软件，什么方法找的TS？如果是Opt=TS之类的方法，本来就是优化到过渡态了，为什 ...

嗯嗯，是我理解有误，已明白，感谢。

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-24 14:46:12

sobereva 发表于 2022-5-24 01:25
Gaussian根本没开始算，安装有问题
先确Gaussian能手动正常运行再用molclus

老师，您好，在您的帮助下我终于把高斯软件正常跑起来了，但是在运行过程当中只有一半的核是完全占用的（这个情况同样发生在xtb软件的计算过程当中，我的电脑配置与“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”一文中的电脑配置基本一致，为双路E5-2696v3，内存128G，但计算时间大约是例题中的两倍），我的Linux系统运行在Windows系统中的wsl2环境下，请问这种情况发生的原因可能是什么呢？

xinyanli · 发表于 Post on 2022-5-24 15:43:01

对于大体系结构（300个原子左右，含大量苯环结构以及少量S、N、O等原子），用ORCA软件，B97-3c方法进行优化（输入文件是根据博文利用Multiwfn产生的），优化了两天还没算完。想问下老师该采用什么办法进行此类体系的计算比较好呢？我想进行优化得到平衡构象以进行后续的弱相互作用等分析，但是优化这类体系实在是太费时间了。
另外，之前ORCA有优化成功过，算了两天左右，最后显示MAX step没有满足，但是任务正常结束了，这种情况的构型算是优化成功了吗？图片是最后显示的收敛情况。

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 15:54:03

taotaoguo 发表于 2022-5-24 14:46
老师，您好，在您的帮助下我终于把高斯软件正常跑起来了，但是在运行过程当中只有一半的核是完全占用的（ ...

WSL只能识别到一块CPU。你lscpu就会发现。似乎目前无解。考虑用虚拟机试试。

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-24 17:00:37

snljty2 发表于 2022-5-24 15:54
WSL只能识别到一块CPU。你lscpu就会发现。似乎目前无解。考虑用虚拟机试试。

好的，谢谢回答

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-5-24 17:39:15

请问老师，像这样子的笼子里面包含着氮气，怎么样才能把外面的水笼虚化或者透明化，可以直接看到笼子里的分子是什么状态的呢？

CJW · 发表于 Post on 2022-5-24 19:47:25

老师们好，我想做通过势能面扫描拟合晶体里描述色散力的LJ力场，用于蒙特卡洛吸附模拟，请问应该用什么软件？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-25 04:06:01

xinyanli 发表于 2022-5-24 08:43
对于大体系结构（300个原子左右，含大量苯环结构以及少量S、N、O等原子），用ORCA软件，B97-3c方法进行优化 ...

你截图的最后三行已经明确说明了，这种情况可以算收敛。并不是必须全都是YES才算是收敛的，个别情况下即便有NO也算收敛，此时程序输出必然会写明为什么可以算收敛，并且明确告诉你确实算收敛，就像截图这种情况一样。
这种体系如果B97-3c优化不动，可以考虑HF-3c，如果HF-3c也不行的话可以考虑GFN2-xTB。不过如果B97-3c有时优化两天可以优化完的话，我个人建议是尽量用B97-3c优化，耐心一点就好

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 04:44:20

CJW 发表于 2022-5-24 19:47
老师们好，我想做通过势能面扫描拟合晶体里描述色散力的LJ力场，用于蒙特卡洛吸附模拟，请问应该用什么软件 ...

Gaussian、ORCA等可以用像样的计算级别做势能面扫描的量子化学程序都可以

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

浏览过的版块