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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-25 04:45:15 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-5-24 17:39
请问老师,像这样子的笼子里面包含着氮气,怎么样才能把外面的水笼虚化或者透明化,可以直接看到笼子里的分 ...

GaussView没法实现
用VMD,对不同选区设置不同representation,水笼的材质用Transparent
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-5-25 08:35:58 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-5-24 11:24
黄字就是B3LYP/6-31G(d,p)优化,然后剩下所有计算都是这个优化后结构下计算的。
你这个公式前三项是一个 ...

好的,谢谢老师~

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发表于 Post on 2022-5-25 08:40:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-25 04:06
你截图的最后三行已经明确说明了,这种情况可以算收敛。并不是必须全都是YES才算是收敛的,个别情况下即 ...

好的,谢谢老师。就是我很纠结计算时间和准确性之间的关系。我看到我这类体系相关的文献,他们很多用Gaussian软件,B3LYP/6-311G**这类方法进行优化。我想着ORCA能不能加速一下,但是又不确定用B97-3c这样的方法和B3LYP/6-311G**是不是一样

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发表于 Post on 2022-5-25 09:31:52 | 只看该作者 Only view this author

笔记本电脑Gaussian可以运行,换成台式就卡住了,

本帖最后由 齐齐吃烤鱼 于 2022-5-25 11:56 编辑

我用笔记本电脑运行Gaussian有点慢,我就想着找个台式(内核16,线程3471 )能运行的快一些,但是到% nprocshared=12
will use up 12 processors via shared memeory就停住了,哪位朋友可以告诉我为什么呀,谢谢你们!

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发表于 Post on 2022-5-25 09:39:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-25 09:41 编辑
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-24 11:09
大佬,图来了,羟基加成的位置我画出来了

我用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)(这个基组稍耗时)算了一下OH自由基加到羧基的C=O上生成的自由基,查了波函数稳定性,是稳定的,查了自旋密度图,最大处在原来羧基的O原子附近,并没有跑到N原子的位置,我猜你的计算有什么地方错了,查一下输入文件,查一下波函数稳定性之类。严格来说-C(O)(OH)2基团要考虑几个构象,这里我只算了一个。

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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-5-25 10:39:38 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-25 09:39
我用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)(这个基组稍耗时)算了一下OH自由基加到羧基的C=O上生成的自由基,查了 ...

好的,谢谢您

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发表于 Post on 2022-5-25 11:40:27 | 只看该作者 Only view this author
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-5-25 12:03:17 | 只看该作者 Only view this author
会不会是输入文件的问题?
换个输入文件,试试

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发表于 Post on 2022-5-25 12:24:39 | 只看该作者 Only view this author
不要拍屏,还拍的这么歪这么小,正确使用截图键。
看卢老师博文Gaussian的安装方法及运行时的相关问题。你这个是32位版本的Gaussian,最多使用4核计算。建议换Linux系统和64位Gaussian。另外,那个线程数3471不属于你电脑配置的一部分,这是正在队列中的线程数。

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发表于 Post on 2022-5-25 14:56:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 溪临昭煌 于 2022-5-25 16:40 编辑

请问各位老师,如何练习摆合适的过渡态初猜能能力?或者有相关的文献吗,review之类的

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发表于 Post on 2022-5-25 15:58:48 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-5-25 07:56
请问各位老师,如何联系摆合适的过渡态初猜能能力?或者有相关的文献吗,review之类的

可以看一些现成的过渡态测试集,比如BH76(http://www.thch.uni-bonn.de/tc.o ... N/GMTKN55/BH76.html,点geometries链接下载),把这里面的过渡态的样子,以及大致的键长(精确到0.2埃就行了)都背下来,这样基本对常见有机反应的过渡态的初猜怎么摆就了如指掌了。金属有机反应比较麻烦一些,需要你多看类似体系的文献,针对性地了解,没有任何人能对所有金属有机反应都摆出合理的初猜

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-25 16:02:13 | 只看该作者 Only view this author
xinyanli 发表于 2022-5-25 01:40
好的,谢谢老师。就是我很纠结计算时间和准确性之间的关系。我看到我这类体系相关的文献,他们很多用Gaus ...

速度方面,对于几个原子以内的体系可能高斯更快,几个到几百个原子orca更快(因为orca可以用RI),到了几千个原子可能又是高斯更快(因为高斯可以用FMM)。
准确性的话,B97-3c对于非共价相互作用(也就是分子整体构象之类的)比B3LYP-D3/6-311G**靠谱,比不加D3的B3LYP/6-311G**更是好得多得多(后者根本没法用),对于键长键角来说B97-3c和B3LYP-D3/6-311G**精度差不多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-5-25 16:30:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-25 15:58
可以看一些现成的过渡态测试集,比如BH76(http://www.thch.uni-bonn.de/tc.old/downloads/GMTKN/GMTKN55 ...

谢谢老师,我去学习一下

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发表于 Post on 2022-5-25 17:23:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:02
速度方面,对于几个原子以内的体系可能高斯更快,几个到几百个原子orca更快(因为orca可以用RI),到了几 ...

明白啦,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-5-25 20:22:12 | 只看该作者 Only view this author
论坛老师告诉我wsl环境下跑Gaussian无法使用双路处理器后,我直接在电脑中安装了Ubuntu系统,并且尝试进行高斯计算,可是输入命令之后出现了如下问题,请问应该如何解决呢?

截图 2022-05-25 20-15-30.png (55.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

输入命令后出现如下错误

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