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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-27 15:59:29 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2022-5-27 05:35
各位老师,我在计算时写的是20个核计算,在服务器上使用top查看任务时发现只用了1个cpu,使用率却是2000%。 ...

这是因为高斯是OpenMP并行的,凡是OpenMP并行的程序,都是显示一个进程,这个进程的CPU占用率最多N*100%。
其他一些程序(比如orca)是MPI并行的,凡是MPI并行的程序,都是显示N个进程,每个进程的CPU占用率最多100%。
此外也有一些程序是OpenMP、MPI混合并行的,此时就会看到若干个进程,每个进程都大于100%。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-5-27 16:01:12 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-5-27 04:12
老师好,我想用gaussview构建锆配位乐果的模型,但是我无法确定锆在空间上会在乐果的哪个地方,如果锆位置 ...

这种情况必须用molclus(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)等软件做构型搜索,自动确定最优构型。不能靠手动摆。
此外必须对Zr做显式溶剂化,直接在分子旁边摆一个Zr是不行的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-27 16:17:32 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想算:SiO2表面吸附pvdf分子后、对pvdf分子偶极矩/静电势变化的影响。
想用高斯# opt b3lyp/6-31G** em=gd3bj优化结构输出fch文件,结合multiwfn分析,但此结构难以收敛一直报错。
请教各位老师这个思路正确吗?
另:请问vasp输出的CHG/LOCPOT能结合multiwfn做上述两种分析吗,谢谢。

202205271609313334..png (30.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2022-5-27 16:19:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-27 15:59
这是因为高斯是OpenMP并行的,凡是OpenMP并行的程序,都是显示一个进程,这个进程的CPU占用率最多N*100% ...

明白了,谢谢老师的解答。

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发表于 Post on 2022-5-27 16:19:47 | 只看该作者 Only view this author
xiao1996 发表于 2022-5-27 09:17
老师好,我想算:SiO2表面吸附pvdf分子后、对pvdf分子偶极矩/静电势变化的影响。
想用高斯# opt b3lyp/6-3 ...

SiO2表面的断键必须用H饱和,否则第一难收敛,第二即使收敛了结果也不能用
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-27 16:23:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:19
SiO2表面的断键必须用H饱和,否则第一难收敛,第二即使收敛了结果也不能用

谢谢您回复,我去饱和再优化一下试试

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发表于 Post on 2022-5-27 16:52:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:01
这种情况必须用molclus(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)等软件做构型搜索,自动确定最优 ...

谢谢老师,豁然开朗了

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发表于 Post on 2022-5-27 21:21:59 | 只看该作者 Only view this author
请教一下sob老师,这种原子光谱态符号有没有哪些书里有讲解呀

微信图片_20220527211940.png (168.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 21:34:06 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2022-5-27 21:21
请教一下sob老师,这种原子光谱态符号有没有哪些书里有讲解呀

看Levine的Quantum Chemistry的双原子那一章
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 21:35:33 | 只看该作者 Only view this author
xiao1996 发表于 2022-5-27 16:17
老师好,我想算:SiO2表面吸附pvdf分子后、对pvdf分子偶极矩/静电势变化的影响。
想用高斯# opt b3lyp/6-3 ...

不能结合VASP的文件做
直接基于波函数做的分析都不支持VASP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 21:46:13 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-27 14:49
请教老师,一定温度范围内不同构象的玻尔兹曼分布是如何计算得到呢?谢谢

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

用Shermo可以对温度扫描,给你不同温度下的自由能。再按前面的人提到的我的博文,把相对能量差折算成Boltzmann分布比率即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 21:49:26 | 只看该作者 Only view this author
甭写SCF=MaxCycle=256垃圾关键词。几何优化岂能用SCF=Conver=5
一个字一个字认真看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

opt里甭写Cartesian,越写越难收敛
该怎么解决好好看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

当前体系有对称性,算之前记得做对称化

另外考虑清楚当前是否确实应当是0 2
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发表于 Post on 2022-5-28 00:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-27 21:34
看Levine的Quantum Chemistry的双原子那一章

已经找到,十分感谢Sob~

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发表于 Post on 2022-5-28 13:31:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-27 21:35
不能结合VASP的文件做
直接基于波函数做的分析都不支持VASP

谢sob老师~!

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发表于 Post on 2022-5-28 17:35:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:01
这种情况必须用molclus(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)等软件做构型搜索,自动确定最优 ...

老师好,我还有个问题,我研究了一下molclus发现要先用构象生成软件生成一些xyz文件,我查了发现有挺多构象软件的,我个人感觉文件里的gentor只是进行键旋转可能还是没法掌握Zr的空间位置,不知道您对于构象生成软件有什么建议吗

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