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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-2 16:55:18 | 只看该作者 Only view this author
萌兔子酱 发表于 2022-6-2 08:21
首先谢谢您的回复,确实符合实验的结果。我本身其实想通过Gaussian计算的方式,考虑对于同一种酸,不同的 ...

加快酸碱接触和作用能是两码事。一个酸和一个碱互相接触的速率,和接触以后的作用能之间没有任何必然联系,接触的速率应该用分子动力学等手段来探究
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-2 16:55:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:09
其实你算的结果还算正常吧,你为什么觉得离谱呢,是和实验比较过吗

谢谢老师回复  我认为他们之间dipole-dipole interaction 没有这么强  因为基本上DMS(ch3sch3)极性很小   

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发表于 Post on 2022-6-2 16:57:02 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 09:55
谢谢老师回复  我认为他们之间dipole-dipole interaction 没有这么强  因为基本上DMS(ch3sch3)极性很小 ...

dipole-dipole interaction确实不会有多强,但是色散作用还是有可能比较强的,因为硫的极化率大
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-2 17:44:26 | 只看该作者 Only view this author
好的  十分感谢老师您的回复  学习了

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发表于 Post on 2022-6-2 17:54:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-2 16:57
dipole-dipole interaction确实不会有多强,但是色散作用还是有可能比较强的,因为硫的极化率大

老师  我还想问一下   如果是考虑BSSE和零点能校正   其实最后还是看sum of electronic and zero-point Energies  的值吧  我把这些简单的加和算了一下  好像是符合的   

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发表于 Post on 2022-6-2 19:21:55 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 10:54
老师  我还想问一下   如果是考虑BSSE和零点能校正   其实最后还是看sum of electronic and zero-point E ...

不是,只有在不单独算单点能的时候,才能读sum of electronic and zero-point Energies,否则应该从频率计算的文件里读零点能,再手动加到单点能计算的文件的单点能上面
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-2 20:01:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-2 19:21
不是,只有在不单独算单点能的时候,才能读sum of electronic and zero-point Energies,否则应该从频率 ...

明白了  老师  就是如果关键词一起写了  opt  freq  就是可以在频率最后读这个sum of electronic and zero-point Energies

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发表于 Post on 2022-6-2 20:39:03 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 13:01
明白了  老师  就是如果关键词一起写了  opt  freq  就是可以在频率最后读这个sum of electronic and zer ...

不是,这个和opt是不是和freq一起写的没有关系。关键是你是不是加大了基组(或者换泛函,或者加counterpoise)算了单点能,如果是,就不能读

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cmd27 + 2 谢谢

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-2 22:31:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-2 20:39
不是,这个和opt是不是和freq一起写的没有关系。关键是你是不是加大了基组(或者换泛函,或者加counterpo ...

好的   太感谢老师您了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 03:52:46 | 只看该作者 Only view this author
47615182 发表于 2022-6-2 09:20
老师您好,我用高斯16版本进行金属有机物优化,正常结束后,在输出的log文件里,显示Normal termination of ...

结果正常就行,不用管那些
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 03:54:41 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 10:26
非常感谢老师回复我的帖子~  
不过我是加了色散矫正的   在输入文件中我写了这个关键词  empiricaldispe ...

不要带着counterpoise做opt freq,此文明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

仅对于算电子能量层面的相互作用能才适合用counterpoise

没理由不用BJ阻尼而用零阻尼的D3

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发表于 Post on 2022-6-3 11:55:48 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我用orca手册9.36.2的方法计算zfs,将高斯优化好的t1的结构放进orca里作为xyz坐标,用的基组和方法如图所示,金属原子用的基组为SARC-DKH-TZVP,输出结果D值异常,达到了四位数,请问是哪里设置不对,是否应该更换基组方法或是添加其他关键词?

202206031146298188..png (28.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2022-6-3 14:48:50 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-6-3 04:55
请教各位老师,我用orca手册9.36.2的方法计算zfs,将高斯优化好的t1的结构放进orca里作为xyz坐标,用的基组 ...

D值四位数不一定是错的,有的金属配合物的D值确实是上千个波数,如果平时做的都是纯有机体系的ZFS、偶尔算一个金属体系,就会误以为算出来的ZFS是错的。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-3 18:45:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-3 14:48
D值四位数不一定是错的,有的金属配合物的D值确实是上千个波数,如果平时做的都是纯有机体系的ZFS、偶尔 ...

由于我先前从未了解过磁场相关知识所以我阅读了几篇文献帮助学习,在DOI: 10.1021/jacs.5b06716这篇文献的第二页右下角: To the best of our knowledge, the D value
of complex 1 is the largest ever reported for a metal complex
based on studies,...这个D value不是我算的这个D 吗,那具体这两者的区别在哪?烦请老师耐心解答!

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发表于 Post on 2022-6-3 19:03:28 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-6-3 11:45
由于我先前从未了解过磁场相关知识所以我阅读了几篇文献帮助学习,在DOI: 10.1021/jacs.5b06716这篇文献 ...

... based on studies by FIRMS or by the recently developed analogous method frequency domain Fourier transform THz EPR spectroscopy.
看文献要看全。这个D值是用这两种表征方法测出来的最大D值,但是除此之外有很多其他配合物的D值比这个还大,只不过这两种方法测不出来而已,需要用其他的测试手段。
ZFS是相对论效应导致的,所以区区一个Ni、Se的化合物的ZFS肯定比不上更重的元素的ZFS,不可能说一个Ni配合物的D值是有史以来报道的最大的D值。比如Bi的配合物有的D值高达4000个波数。
Zikuan Wang
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