简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-30 15:56:41

各位老师好，最近想计算团簇对氢气的物理吸附，想知道该团簇可以吸附多少个氢气分子，这种可以通过哪些建模软件进行设计呢？高斯可以吗（放在一个盒子里面）？如果高斯可以，怎么创建盒子？希望老师能帮我解答一下，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-31 06:46:09

wy标点人生发表于 2022-5-30 15:56
各位老师好，最近想计算团簇对氢气的物理吸附，想知道该团簇可以吸附多少个氢气分子，这种可以通过哪些建模 ...

把团簇结构图贴出来，没法盲猜着准确回答

你提供的信息越充分，就能得到越有针对性、准确的回复

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-31 08:23:27

请问各位老师，为何wsl2下的Gaussian软件使用核数只能设置为1？若超过1则会出现以下报错。若将核数-P-设置为1，则Gaussian进行计算的过程中CPU占用率较低。请问如何设置可以增大Gaussian对CPU的利用率？

StormSpirts · 发表于 Post on 2022-5-31 09:10:36

请教各位老师，优化主族有机反应过渡态，用r2SCAN-3c 和 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP(-f)优化，哪一个的结果更靠谱？哪一个更容易被审稿人接受呢？

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-31 13:39:24

请问各位老师，吸附完成之后，吸附剂与吸附质形成的complex在进行结构优化之前还需要进行构象搜索吗？我看到的文章中一般直接使用优化完成的吸附质结构和吸附剂结构进行计算，可是万一吸附过程形成了结构明显不同，能量却更低的complex结构，直接使用优化后结构组合成complex再进行优化是不是就不能正确计算出吸附能了？

ygao_ustc · 发表于 Post on 2022-5-31 14:21:21

问一个问题。最近看到两个概念，一个是Bader charge analysis，一个是partial atom charge。有点混淆，这两个概念有什么区别和联系吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-31 15:02:31

ygao_ustc 发表于 2022-5-31 07:21
问一个问题。最近看到两个概念，一个是Bader charge analysis，一个是partial atom charge。有点混淆，这两 ...

仔细看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-31 15:04:29

StormSpirts 发表于 2022-5-31 02:10
请教各位老师，优化主族有机反应过渡态，用r2SCAN-3c 和 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP(-f)优化，哪一个的结果 ...

两者差不多。对于弱相互作用很重要的体系，前者可能稍好（因为自带BSSE校正）；对于其他体系，后者可能稍好（因为有HF exchange，过渡态需要比较高的HF exchange才能描述得比较准）。两种情况之间没有明确的分界线

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-31 15:08:49

taotaoguo 发表于 2022-5-31 06:39
请问各位老师，吸附完成之后，吸附剂与吸附质形成的complex在进行结构优化之前还需要进行构象搜索吗？我看 ...

对，所以做构象搜索更严格。
如果不做构象搜索，固然被审稿人抓住的可能性并不大，但是客观上讲结果是不严谨的。

ygao_ustc · 发表于 Post on 2022-5-31 16:48:53

wzkchem5 发表于 2022-5-31 15:02
仔细看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

·棒呆！完美解决了我的疑问！非常感谢！

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-31 19:17:09

wzkchem5 发表于 2022-5-31 15:08
对，所以做构象搜索更严格。
如果不做构象搜索，固然被审稿人抓住的可能性并不大，但是客观上讲结果是不 ...

好的，非常感谢老师的解答

1550302169 · 发表于 Post on 2022-5-31 19:18:24

溴离子可以用6-311+G（2d,p）的基组么

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-31 19:49:22

本帖最后由 wy标点人生于 2022-5-31 20:04 编辑

sobereva 发表于 2022-5-31 06:46
把团簇结构图贴出来，没法盲猜着准确回答

你提供的信息越充分，就能得到越有针对性、准确的回复

好的，老师！如下图，P上分别还连有三个H（这个图里没画），我想探究两端的Ge9配体对H2的吸附，涉及到到底能吸附多少H2的问题，这个怎么研究比较好呢？目前我主要使用的是高斯。谢谢老师！C:\Users\14295\Desktop

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-31 21:32:50

wy标点人生发表于 2022-5-31 12:49
好的，老师！如下图，P上分别还连有三个H（这个图里没画），我想探究两端的Ge9配体对H2的吸附，涉及到到 ...

是物理吸附还是化学吸附？如果是化学吸附的话，是吸附在Pd上、氢原子再迁移到Ge9团簇上的，还是直接吸附在Ge9上的？

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-6-1 08:57:58

wzkchem5 发表于 2022-5-31 21:32
是物理吸附还是化学吸附？如果是化学吸附的话，是吸附在Pd上、氢原子再迁移到Ge9团簇上的，还是直接吸附 ...

老师，我想考虑的是物理吸附，直接吸附在Ge9上那种！

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