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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-5 00:39:36 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-6-4 16:59
老师们好,我在进行分子结构优化过程中发现频率计算步骤耗时非常长,同时内存会被完全占用,请问增加内存是 ...

用的是什么量化软件?分子多大?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-6-5 07:04:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-5 00:39
用的是什么量化软件?分子多大?

不好意思,没想到要说这个,用的是gaussian 09 linux,分子大约含有一百个原子

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发表于 Post on 2022-6-5 09:50:54 | 只看该作者 Only view this author
结构优化问题:使用gaussian 09对画的分子进行结构优化后,许多单键变成双键,请问这个怎么处理?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 10:10:12 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2022-6-5 09:50
结构优化问题:使用gaussian 09对画的分子进行结构优化后,许多单键变成双键,请问这个怎么处理?谢谢

不用管,不影响量化计算
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 10:10:42 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-6-4 23:59
老师们好,我在进行分子结构优化过程中发现频率计算步骤耗时非常长,同时内存会被完全占用,请问增加内存是 ...

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 10:12:12 | 只看该作者 Only view this author
srz楠楠 发表于 2022-6-4 14:10
sob老师,因为我之前一直在找两个甲醇的甲氧基自由基进攻5号及52号碳原子的一个过渡态,一直找不到,所以 ...

扫一个就完了,干嘛做二维扫描
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发表于 Post on 2022-6-5 10:27:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-5 10:10
不用管,不影响量化计算
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-6-5 11:50:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-3 03:54
不要带着counterpoise做opt freq,此文明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.co ...

首先 老师 您的意思是  我先用opt freq 求出零点能校正后的能量  然后用优化后的结构   就写#p 方法基组  counterpoise  直接去算这个BSSE  在加到之前的那个零点能校正后的能量  在减去单体能量 就是相互作用能   
其次用零阻尼是因为我用的是高斯09 D.01  版本 用BJ阻尼可能会有问题
最后谢谢老师您的回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 11:58:33 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-5 11:50
首先 老师 您的意思是  我先用opt freq 求出零点能校正后的能量  然后用优化后的结构   就写#p 方法基组  ...

正经做计算的人基本没有直接用opt freq得到的能量直接用的,普遍都会在更高级别下算单点得到电子能量,看下文
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html

对于计算相互作用能的情况,用counterpoise时一般也都是在优化后的复合物结构下结合比优化更高计算级别做

相互作用能通常用电子能量计算,不涉及单体的优化,也不涉及到热力学校正量
对于算结合能,才涉及单体的优化,至于是否考虑热力学校正量看目的和情况。
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发表于 Post on 2022-6-5 15:34:02 | 只看该作者 Only view this author

关于在GAUSSIAN中对结构进行优化的问题

几何优化设置时,一般都是直接设定整个结构的带电荷数和自选多重度。但是我已经知道一个结构A会分解成B和C片段,想分别给A结构中的B和C片段分别设定不同的自旋多重度和带电荷数后再对A进行几何优化和过渡态优化,这在高斯中是否可以实现呢,如何实现?

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发表于 Post on 2022-6-5 15:46:51 | 只看该作者 Only view this author
Zt2020666 发表于 2022-6-5 08:34
几何优化设置时,一般都是直接设定整个结构的带电荷数和自选多重度。但是我已经知道一个结构A会分解成B和C ...

仔细阅读http://sobereva.com/271
一个体系只有总电荷和总自旋多重度是可以唯一定义的,哪怕这个体系是由两个分子组成的也是如此(也就是说这一点不仅对于A可以分解成B和C的情形成立,也对A已经分解成了B和C的情形成立;只要分解完的B和C你仍然放在一起算,那就只能指定总电荷和总自旋多重度)。虽然通过以上博文提到的CDFT的方法,可以指定片段的电荷和自旋多重度,但是第一高斯做不到,第二得到的结果不一定是你想要的,必须充分理解CDFT的原理才能确定这样做的结果到底是不是你想要的。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-5 16:10:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-5 15:46
仔细阅读http://sobereva.com/271
一个体系只有总电荷和总自旋多重度是可以唯一定义的,哪怕这个体系是 ...

由于反应确实存在电子转移过程,而传统方法没法定义不同片段,所以计算出的结果没办法去说明电子转移前后的能量变化,就想试试这个方法,尤其是在反应过程中,总会发现涉及到一些电子转移过程。
分开计算B和C的结果也不可能正确,因为在动力学模拟中发现,A分解成的B和C貌似形成了一个短暂的离子对中间体,然后C会继续与B发生反应。如果分开算,就意味着B和C完全脱离了,导致计算出来其解离的能量非常大。但实际上在固相分解中几乎不可能,即使C脱离了这个B,周围依然分布着其他的B。所以C依然会与周围的B反应。按我的理解,A解离成B和C分开算时,更倾向于描述在气相各自分离而形成游离状态,互相没有相互作用,但是B和C单独存在可能性很低,单独的B和C不稳定,他们合在一起能量则相对稳定。但是目前来看很难算出A分解成B+C离子对中间体的能垒。只能算后续C与B的反应。

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发表于 Post on 2022-6-5 16:53:36 | 只看该作者 Only view this author
Zt2020666 发表于 2022-6-5 09:10
由于反应确实存在电子转移过程,而传统方法没法定义不同片段,所以计算出的结果没办法去说明电子转移前后 ...

那就用指定片段初猜的办法(http://sobereva.com/82)来得到电子转移前和转移后的态。
另外如果研究的是固相分解,那么只算一个B和一个C是不够的,必须把周围的A、B、C也描述出来,如果QM做不动,起码也得用MM描述。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-6 10:22:40 | 只看该作者 Only view this author
能量计算问题:请教一下各位老师,我需要算多加上的那个结构(用红线圈出部分)对反应活化能的影响,我在比较这两个反应的能量的时候是直接比较这两个反应的能量还是将红圈中的那个结构的能量删去再比较呢?

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发表于 Post on 2022-6-6 10:53:46 | 只看该作者 Only view this author

结构优化报错Error termination request processed by link 9999,但是又有wfn文件

各位老师,我算过渡态时,对IRC两端的反应物和生成物也进行了结构优化,优化的部分out文件如附件out(文件太大截取一部分),最后报错Error termination request processed by link 9999,但又算到了最后导出了wfn文件,请问这个计算结果哪里有问题呢?结果可以用吗?
21244是倒数第三行

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