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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-30 09:55:45 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-30 10:06:16 | 只看该作者 Only view this author
47615182 发表于 2022-5-30 09:05
老师们好,我对一个含金属Zn有机物进行结构优化20天后,取出结构发现不收敛,期间无报错提示。请问老师现在 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-30 10:08:07 | 只看该作者 Only view this author
收到,谢谢您老师

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Level 3 能力者

15484#
发表于 Post on 2022-5-30 10:10:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-30 10:06
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

收到,谢谢您老师。

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发表于 Post on 2022-5-30 10:53:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-29 11:19
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

好的sob老师,我一定注意,不好意思。

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发表于 Post on 2022-5-30 11:54:46 | 只看该作者 Only view this author
请问透射系数算出来是负的怎么处理呀,这个透射系数在进一步带到速率常数公式里边得到的速率常数也是负的,麻烦各位老师了。

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发表于 Post on 2022-5-30 12:01:46 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-30 11:54
请问透射系数算出来是负的怎么处理呀,这个透射系数在进一步带到速率常数公式里边得到的速率常数也是负的, ...

列出过程。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-5-30 12:18:34 | 只看该作者 Only view this author

用的是sob老师的excel表格,速率常数是双分子液相表算的。

计算过程.xlsx

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发表于 Post on 2022-5-30 12:20:25 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-30 12:18
用的是sob老师的excel表格,速率常数是双分子液相表算的。

势垒是正值。
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发表于 Post on 2022-5-30 12:38:26 | 只看该作者 Only view this author

大佬,什么意思,我算出来这个正向势垒是负的呀,就是用过渡态的U-反应物U

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发表于 Post on 2022-5-30 14:08:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-30 14:35 编辑
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-30 12:38
大佬,什么意思,我算出来这个正向势垒是负的呀,就是用过渡态的U-反应物U

你的体系过渡态的单点能减反应物的单点能是很小的正值吧?这样一来过渡态的U(0)减去反应物的U(0)有可能是负的,过渡态的G减去反应物的G有很大可能是负的,这样找到的就不是真正的过渡态,过渡态理论失效了。
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发表于 Post on 2022-5-30 14:25:04 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-30 14:08
你的体系过渡态的零点能减反应物的零点能是很小的正值吧?这样一来过渡态的U(0)减去反应物的U(0)有可能是 ...

您说的这个零点能是什么?现在的这个正向势垒我是用附件图中的值计算的(就是过渡态的U减去反应物的U)没问题吧,是不是您所说的这个U(0)呢?最后现在这个反应的自由能垒delt-G为34KJ/mol

U值出处.png (91.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2022-5-30 14:29:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-30 14:33 编辑
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-30 14:25
您说的这个零点能是什么?现在的这个正向势垒我是用附件图中的值计算的(就是过渡态的U减去反应物的U)没 ...

笔误,是单点能。已改。U(0)是U at 0 K,你图里的上一行数值。
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发表于 Post on 2022-5-30 15:12:29 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-30 14:29
笔误,是单点能。已改。U(0)是U at 0 K,你图里的上一行数值。

好的,谢谢您,我重新计算了正向垒势,发现是负的,其实这是一系列的抽氢以及加成反应,有三四个出现了负值,这几个我可能需要重新找一下过渡态?

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发表于 Post on 2022-5-30 15:17:09 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-30 15:12
好的,谢谢您,我重新计算了正向垒势,发现是负的,其实这是一系列的抽氢以及加成反应,有三四个出现了负 ...

先跑IRC确认一下过渡态,有可能有单点能势垒,但是没有自由能垒的情况,那找到的过渡态也不算过渡态了,这里有个老帖子http://bbs.keinsci.com/thread-21419-1-1.html

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