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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-1 15:20:58 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-6-1 01:57
老师,我想考虑的是物理吸附,直接吸附在Ge9上那种 !

吸附的时候,这个含Ge9的分子是气相单分子、溶液还是晶体?如果是晶体,你们是否需要考虑同一个氢气分子和两个不同的Ge9分子都有作用的情况?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-1 16:36:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 15:20
吸附的时候,这个含Ge9的分子是气相单分子、溶液还是晶体?如果是晶体,你们是否需要考虑同一个氢气分子 ...

是呢,它是晶体。老师,我考虑的是两端都有作用,高斯已经算了它对1H2、2H2(两边分别一个)、4H2(两边分别两个)、6H2、8H2、10H2、12H2的物理吸附了,不知道要算多少H2才合适,所以想向老师请教!
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发表于 Post on 2022-6-1 17:18:44 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-6-1 09:36
是呢,它是晶体。老师,我考虑的是两端都有作用,高斯已经算了它对1H2、2H2(两边分别一个)、4H2(两边 ...

如果是晶体的话,那么你考虑一个配合物分子还不够(我之前说得有歧义,我的意思是两个配合物分子,不是两个Ge9团簇)。如果单独研究一个分子,有两个问题:(1)如果同一个H2分子实际上会同时和两个配合物分子有吸附作用,那么你只考虑一个分子会低估吸附能力;(2)如果晶体里面分子之间的缝隙其实不够H2钻进去,或者H2只是特别勉强能钻进去,那么你只考虑一个分子会高估吸附能力。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-1 21:54:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 17:18
如果是晶体的话,那么你考虑一个配合物分子还不够(我之前说得有歧义,我的意思是两个配合物分子,不是两 ...

是的,老师分析的确实很有道理。我确实只考虑了一个Ge9分子,那老师,如果说中间部分的P上面分别连了3个苯环,由于空间位阻过大,那我能否只考虑一个Ge9分子对氢气的吸附呢?
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发表于 Post on 2022-6-1 22:24:23 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-6-1 14:54
是的,老师分析的确实很有道理。我确实只考虑了一个Ge9分子,那老师,如果说中间部分的P上面分别连了3个 ...

不一定能,需要观察实验的晶体结构,Ge9上有没有吸附位点是和其他Ge9分子离得很近的,如果没有的话可以只考虑一个分子,否则不行
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-2 00:36:57 | 只看该作者 Only view this author

范德华吸引的BSSE校正以及势阱深度问题

老师们好   我用b3lyp/6-311+G*  去计算DMS和DMS 的范德华吸引作用  结果有3.64Kcal/mol的相互作用  这是不是太离谱了  我也校正了BSSE   真的非常希望各位老师指点一下问题所在

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 01:21:58 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 00:36
老师们好   我用b3lyp/6-311+G*  去计算DMS和DMS 的范德华吸引作用  结果有3.64Kcal/mol的相互作用  这是不 ...

不带色散校正算这个完全是搞笑
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-6-2 09:20:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 47615182 于 2022-6-2 09:39 编辑

老师您好,我用高斯16版本进行金属有机物优化,正常结束后,在输出的log文件里,显示Normal termination of Gaussian 16 之后,还有一些内容,看不明白,请老师指点,谢谢。

UUH$J0J10M%R8ZFYR493]20.png (51.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

UUH$J0J10M%R8ZFYR493]20.png

{_ZL)1V04_@NRKPEW811EG9.png (113.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2022-6-2 10:26:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cmd27 于 2022-6-2 10:42 编辑
sobereva 发表于 2022-6-2 01:21
不带色散校正算这个完全是搞笑
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”

非常感谢老师回复我的帖子~  
不过我是加了色散矫正的   在输入文件中我写了这个关键词  empiricaldispersion=gd3   那这是为什么呢?
老师 难道是因为我用的零阻尼  而不是BJ阻尼嘛?

197cad8e38d5a9dcce22d85cba197d5.png (1.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2022-6-2 10:46:40 | 只看该作者 Only view this author
您好,我有个简单的问题,我想计算酸碱之间的相互作用能,但是有个问题就是结构优化之后自动生成了一分子水和盐,这种情况怎么解决呢?

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发表于 Post on 2022-6-2 10:47:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 22:24
不一定能,需要观察实验的晶体结构,Ge9上有没有吸附位点是和其他Ge9分子离得很近的,如果没有的话可以只 ...

嗯嗯,老师,晶体结构他们俩离的较远,谢谢老师!
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发表于 Post on 2022-6-2 15:08:20 | 只看该作者 Only view this author
萌兔子酱 发表于 2022-6-2 03:46
您好,我有个简单的问题,我想计算酸碱之间的相互作用能,但是有个问题就是结构优化之后自动生成了一分子水 ...

说明这个酸和这个碱会自发中和,也就是不存在“酸碱之间的相互作用能”的概念了。
如果实验上观察到两者并不会自发中和,那么检查是不是溶剂没有描述好,是不是没加溶剂模型,如果加了的话是不是离酸碱足够近的溶剂分子没有显式描述。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-2 15:09:48 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-2 03:26
非常感谢老师回复我的帖子~  
不过我是加了色散矫正的   在输入文件中我写了这个关键词  empiricaldispe ...

其实你算的结果还算正常吧,你为什么觉得离谱呢,是和实验比较过吗
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发表于 Post on 2022-6-2 15:10:22 | 只看该作者 Only view this author
47615182 发表于 2022-6-2 02:20
老师您好,我用高斯16版本进行金属有机物优化,正常结束后,在输出的log文件里,显示Normal termination of ...

谷歌搜一下有一大堆结果
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发表于 Post on 2022-6-2 15:21:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:08
说明这个酸和这个碱会自发中和,也就是不存在“酸碱之间的相互作用能”的概念了。
如果实验上观察到两者 ...

首先谢谢您的回复,确实符合实验的结果。我本身其实想通过Gaussian计算的方式,考虑对于同一种酸,不同的碱和这种酸之间的相互作用是否不同,从而能够加快酸碱在反应之前接触。在计算的过程中scrf=(solvent=water) 我加了溶剂这个关键词,实际在画结构式的时候没有加。如果只想表现它俩的相互作用,我不知道如果更换成有机溶剂或者不加溶剂的条件下,它俩还会不会自动生成水。

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