简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

cmd27 · 发表于 Post on 2022-6-2 10:26:18

本帖最后由 cmd27 于 2022-6-2 10:42 编辑

sobereva 发表于 2022-6-2 01:21
不带色散校正算这个完全是搞笑
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”

非常感谢老师回复我的帖子~
不过我是加了色散矫正的在输入文件中我写了这个关键词  empiricaldispersion=gd3 那这是为什么呢？
老师难道是因为我用的零阻尼  而不是BJ阻尼嘛？

萌兔子酱 · 发表于 Post on 2022-6-2 10:46:40

您好，我有个简单的问题，我想计算酸碱之间的相互作用能，但是有个问题就是结构优化之后自动生成了一分子水和盐，这种情况怎么解决呢？

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-6-2 10:47:00

wzkchem5 发表于 2022-6-1 22:24
不一定能，需要观察实验的晶体结构，Ge9上有没有吸附位点是和其他Ge9分子离得很近的，如果没有的话可以只 ...

嗯嗯，老师，晶体结构他们俩离的较远，谢谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:08:20

萌兔子酱发表于 2022-6-2 03:46
您好，我有个简单的问题，我想计算酸碱之间的相互作用能，但是有个问题就是结构优化之后自动生成了一分子水 ...

说明这个酸和这个碱会自发中和，也就是不存在“酸碱之间的相互作用能”的概念了。
如果实验上观察到两者并不会自发中和，那么检查是不是溶剂没有描述好，是不是没加溶剂模型，如果加了的话是不是离酸碱足够近的溶剂分子没有显式描述。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:09:48

cmd27 发表于 2022-6-2 03:26
非常感谢老师回复我的帖子~
不过我是加了色散矫正的在输入文件中我写了这个关键词 empiricaldispe ...

其实你算的结果还算正常吧，你为什么觉得离谱呢，是和实验比较过吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:10:22

47615182 发表于 2022-6-2 02:20
老师您好，我用高斯16版本进行金属有机物优化，正常结束后，在输出的log文件里，显示Normal termination of ...

谷歌搜一下有一大堆结果

萌兔子酱 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:21:19

wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:08
说明这个酸和这个碱会自发中和，也就是不存在“酸碱之间的相互作用能”的概念了。
如果实验上观察到两者 ...

首先谢谢您的回复，确实符合实验的结果。我本身其实想通过Gaussian计算的方式，考虑对于同一种酸，不同的碱和这种酸之间的相互作用是否不同，从而能够加快酸碱在反应之前接触。在计算的过程中scrf=(solvent=water) 我加了溶剂这个关键词，实际在画结构式的时候没有加。如果只想表现它俩的相互作用，我不知道如果更换成有机溶剂或者不加溶剂的条件下，它俩还会不会自动生成水。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 16:55:18

萌兔子酱发表于 2022-6-2 08:21
首先谢谢您的回复，确实符合实验的结果。我本身其实想通过Gaussian计算的方式，考虑对于同一种酸，不同的 ...

加快酸碱接触和作用能是两码事。一个酸和一个碱互相接触的速率，和接触以后的作用能之间没有任何必然联系，接触的速率应该用分子动力学等手段来探究

cmd27 · 发表于 Post on 2022-6-2 16:55:33

wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:09
其实你算的结果还算正常吧，你为什么觉得离谱呢，是和实验比较过吗

谢谢老师回复我认为他们之间dipole-dipole interaction 没有这么强因为基本上DMS（ch3sch3）极性很小

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 16:57:02

cmd27 发表于 2022-6-2 09:55
谢谢老师回复我认为他们之间dipole-dipole interaction 没有这么强因为基本上DMS（ch3sch3）极性很小 ...

dipole-dipole interaction确实不会有多强，但是色散作用还是有可能比较强的，因为硫的极化率大

cmd27 · 发表于 Post on 2022-6-2 17:44:26

好的十分感谢老师您的回复学习了

cmd27 · 发表于 Post on 2022-6-2 17:54:45

wzkchem5 发表于 2022-6-2 16:57
dipole-dipole interaction确实不会有多强，但是色散作用还是有可能比较强的，因为硫的极化率大

老师我还想问一下如果是考虑BSSE和零点能校正其实最后还是看sum of electronic and zero-point Energies 的值吧我把这些简单的加和算了一下好像是符合的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 19:21:55

cmd27 发表于 2022-6-2 10:54
老师我还想问一下如果是考虑BSSE和零点能校正其实最后还是看sum of electronic and zero-point E ...

不是，只有在不单独算单点能的时候，才能读sum of electronic and zero-point Energies，否则应该从频率计算的文件里读零点能，再手动加到单点能计算的文件的单点能上面

cmd27 · 发表于 Post on 2022-6-2 20:01:12

wzkchem5 发表于 2022-6-2 19:21
不是，只有在不单独算单点能的时候，才能读sum of electronic and zero-point Energies，否则应该从频率 ...

明白了老师就是如果关键词一起写了 opt freq 就是可以在频率最后读这个sum of electronic and zero-point Energies

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 20:39:03

cmd27 发表于 2022-6-2 13:01
明白了老师就是如果关键词一起写了 opt freq 就是可以在频率最后读这个sum of electronic and zer ...

不是，这个和opt是不是和freq一起写的没有关系。关键是你是不是加大了基组（或者换泛函，或者加counterpoise）算了单点能，如果是，就不能读

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