计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

15571#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-6 11:08:02 | 只看该作者 Only view this author
落微 发表于 2022-6-6 10:53
各位老师,我算过渡态时,对IRC两端的反应物和生成物也进行了结构优化,优化的部分out文件如附件out(文件 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1064

eV
积分
1095

Level 4 (黑子)

15572#
发表于 Post on 2022-6-6 11:20:36 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师:
1. 我想从能量的角度比较两个结构哪个稳定,是用单点能+zpe好一些还是用单点能+thermo correction to energy好一些?该结构的物质一般在常温下使用。
2. 如果两个结构都是通过弱相互作用力结合在一起的,在用以上方法比较稳定性的时候是否需要加上BSSE校正?

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

15573#
发表于 Post on 2022-6-6 16:41:46 | 只看该作者 Only view this author
Dyyyzz 发表于 2022-6-6 11:20
请问各位老师:
1. 我想从能量的角度比较两个结构哪个稳定,是用单点能+zpe好一些还是用单点能+thermo cor ...

1. 用自由能较好。单点能+ZPE相当于U(0 K)或G(0 K)。前提是这两个结构是两个异构体,否则零点不同无法比较。
2. 这个问题相当于问何时需要BSSE,见
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理 http://sobereva.com/46
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的 http://sobereva.com/381
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

15574#
发表于 Post on 2022-6-6 16:47:04 | 只看该作者 Only view this author
aser 发表于 2022-6-6 03:22
能量计算问题:请教一下各位老师,我需要算多加上的那个结构(用红线圈出部分)对反应活化能的影响,我在比 ...

首先这个结构就不对,胆碱催化这个反应显然不可能是靠N和O结合,那样N就成5根键了,N又不像P那样可以形成超价化合物。估计是羟基的氢键作用。
右下角O-N键也显然画错了,N-N虚线键也错了。
先把结构搞对了,再谈别的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

45

帖子

0

威望

157

eV
积分
202

Level 3 能力者

15575#
发表于 Post on 2022-6-6 18:47:38 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师:我在使用gaussian计算短键所需能量的时候,短键后的自由基需要opt freq吗,还是直接计算能量,不需要进行结构优化?

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

15576#
发表于 Post on 2022-6-6 20:47:26 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2022-6-6 11:47
请问各位老师:我在使用gaussian计算短键所需能量的时候,短键后的自由基需要opt freq吗,还是直接计算能量 ...

取决于研究目的,如果为了和实验的解离能比较,就需要优化;如果为了做能量分解分析,那么视具体使用的能量分解分析方法而定,有可能需要优化,有可能不能优化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

45

帖子

0

威望

157

eV
积分
202

Level 3 能力者

15577#
发表于 Post on 2022-6-6 22:00:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-6 20:47
取决于研究目的,如果为了和实验的解离能比较,就需要优化;如果为了做能量分解分析,那么视具体使用的能 ...

好的,谢谢指点

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

15578#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-7 08:27:38 | 只看该作者 Only view this author
Dyyyzz 发表于 2022-6-6 11:20
请问各位老师:
1. 我想从能量的角度比较两个结构哪个稳定,是用单点能+zpe好一些还是用单点能+thermo cor ...

1 计算常温下吉布斯自由能进行对比
参考
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

2 看你用的什么基组,要求精度多高,以什么角度衡量稳定性
如果你从结合能角度对比,且基组的BSSE问题不可忽略,才需要明确考虑BSSE问题

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

139

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

15579#
发表于 Post on 2022-6-7 20:36:31 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我算的3MC态能量比3ES态能量要低是可能是哪里出了问题?两个态结构也极为近似。我用密度差图等方法验证过MC态,应该没找错。MC态由于优化不收敛用Opt=GDIIS关键词解决,这个应该没有影响?

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

15580#
发表于 Post on 2022-6-7 22:44:07 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-6-7 13:36
请问各位老师,我算的3MC态能量比3ES态能量要低是可能是哪里出了问题?两个态结构也极为近似。我用密度差图 ...

3MC本来就不是必然比3ES高。你是有实验证据证明对于你的体系3MC确实比3ES高吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

78

帖子

0

威望

257

eV
积分
335

Level 3 能力者

15581#
发表于 Post on 2022-6-8 12:57:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-6-8 13:01 编辑

发现这样一个问题,一个过渡态的irc跑完,我计算其中间体,但是发现如果在计算中间体的过程中不设置步长(默认),它会收敛到一个中间体结构A,但是如果我把步长设置小一点发现中间体会收敛到B。我在结构A和B之间找到一个过渡态结构从振动看是A和B的过渡态C,但是虚频的数值太小(绝对值啊)。我在对过渡态C进行irc计算时跑几个点就结束了。我对比了这个过渡态结构C和中间体B之间的能量值只存在小数点第六位有差异,也就是过渡态结构和中间体B其实能量差(能垒)很小,这样导致前面我说的默认步长下就直接越过过渡态C收敛到A了。这种情况可以忽略过渡态C吗?过程如图所示

1.jpg (21.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

1.jpg

134

帖子

0

威望

1446

eV
积分
1580

Level 5 (御坂)

15582#
发表于 Post on 2022-6-8 13:57:33 | 只看该作者 Only view this author
质谱实验发现CuCl2(C6H4FCO2)-会解离生成CuCl2-(丢失C6H4FCO2·)和CuCl2(C6H4F)-(脱羧),而其中脱羧产物CuCl2(C6H4F)-会进一步丢失C6H4F·产生CuCl2-,也就是说,针对生成CuCl2-,有两条通道,一是直接丢失C6H4FCO2·(33.5 kcal/mol),另一条是两步脱CO2/C6H4F·(总反应能是30.4 kcal/mol,其中脱羧步骤的能垒是32.1 kcal/mol,脱羧产物的能量是5.3 kcal/mol),那么我的观点是,在两条通道能量相差不大的条件下,母离子更倾向通过一步无势垒丢失C6H4FCO2·产生CuCl2-,请问这样下结论正确吗?
注:能量均为EE+ZPE。

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

15583#
发表于 Post on 2022-6-8 14:25:49 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2022-6-8 06:57
质谱实验发现CuCl2(C6H4FCO2)-会解离生成CuCl2-(丢失C6H4FCO2·)和CuCl2(C6H4F)-(脱羧),而其中脱羧产 ...

要看自由能垒,光看能量是不够的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

134

帖子

0

威望

1446

eV
积分
1580

Level 5 (御坂)

15584#
发表于 Post on 2022-6-8 15:21:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-8 14:25
要看自由能垒,光看能量是不够的

老师您好,我换成自由能了,直接丢失C6H4FCO2·(27.8 kcal/mol),两步脱CO2/C6H4F·(总反应能是14.7 kcal/mol,其中脱羧步骤的能垒是32.2 kcal/mol,脱羧产物的能量是-5.4 kcal/mol)。我在实验上观察到了大量的CuCl2-,而脱羧产物的信号与其相比非常弱,结合上面的自由能数据,是否说明这两条通道都对CuCl2-的形成具有贡献?其中两步通道在热力学上较为有利,一步通道在动力学上较为有利?

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

15585#
发表于 Post on 2022-6-8 15:29:21 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2022-6-8 08:21
老师您好,我换成自由能了,直接丢失C6H4FCO2·(27.8 kcal/mol),两步脱CO2/C6H4F·(总反应能是14.7 k ...

可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 10:10 , Processed in 0.207466 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list