计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

677

eV
积分
683

Level 4 (黑子)

15541#
发表于 Post on 2022-6-4 11:11:29 | 只看该作者 Only view this author

想再麻烦sob老师和各路大神帮我看一下柔性扫描遇到的问题

sob老师和各位神,大家好,想麻烦大家帮我帮我看看柔性扫描遇到的报错问题。
想做一下两个键长的扫描
输入文件参数如下

chk=scan2-3.chk
%mem=12GB
%nprocshared=12
#p opt=modredundant b3lyp em=gd3 6-31g*  scrf=(solvent=methanol) nosymm

5 3 S 15 -0.1
52 50 S 15 -0.1


电荷和自旋多重度是0和1

然后输出文件报错如下

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     8 -    95 -    50
Tors failed for dihedral     7 -     8 -    95 -    50
Tors failed for dihedral    91 -    50 -    95 -     8
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/hongyan/Soft/g09/l103.exe at Sat Jun  4 00:24:49 2022.


麻烦sob老师和各位大神帮小白指点迷津一下,非常感谢!

log.png (971.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

log.png

scan2-3.com

5.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

15542#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 12:08:01 | 只看该作者 Only view this author
srz楠楠 发表于 2022-6-4 11:11
sob老师和各位神,大家好,想麻烦大家帮我帮我看看柔性扫描遇到的报错问题。
想做一下两个键 ...

我看不出做这个二维扫描有任何实际意义,无法得到什么有用的信息,耗时还极高,等于对体系做196次优化任务,跑完了可能半个月都过去了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

455

帖子

1

威望

2933

eV
积分
3408

Level 5 (御坂)

15543#
发表于 Post on 2022-6-4 12:17:40 | 只看该作者 Only view this author
srz楠楠 发表于 2022-6-4 11:11
sob老师和各位神,大家好,想麻烦大家帮我帮我看看柔性扫描遇到的报错问题。
想做一下两个键 ...

就报错本身而言,在论坛搜报错里这句话Tors failed for dihedral,有无数讨论了。

32

帖子

0

威望

193

eV
积分
225

Level 3 能力者

15544#
发表于 Post on 2022-6-4 13:21:47 | 只看该作者 Only view this author

求助,优化后环不在一个平面上

本帖最后由 XUETU 于 2022-6-4 13:21 编辑

在进行单分子构象后,用gaussion进行最后优化时,把原本在一个平面的环优化成了不在一个平面了,具体如图所示。好多天一直没明白为什么会出现这种情况,还请指点。具体文件我以压缩包的形式给出,如有时间麻烦给看下,十分感谢!

1.png (18.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

1.png

2.png (19.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

2.png

molclus3.zip

5.67 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

15545#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 13:43:52 | 只看该作者 Only view this author
XUETU 发表于 2022-6-4 13:21
在进行单分子构象后,用gaussion进行最后优化时,把原本在一个平面的环优化成了不在一个平面了,具体如图所 ...

把Gaussian一个字母一个字母手打20遍

稍有结构化学常识就知道不该是平的,氮又不牵扯pi共轭。想想氨气分子什么结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

677

eV
积分
683

Level 4 (黑子)

15546#
发表于 Post on 2022-6-4 14:10:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-4 12:08
我看不出做这个二维扫描有任何实际意义,无法得到什么有用的信息,耗时还极高,等于对体系做196次优化任 ...

sob老师,因为我之前一直在找两个甲醇的甲氧基自由基进攻5号及52号碳原子的一个过渡态,一直找不到,所以想通过柔性扫描看一下能量的变化,会不会是一个无能垒过程,或者能不能给出一个差不多的初猜结构,想要试一试,您有什么好的建议吗,谢谢老师。

6

帖子

0

威望

677

eV
积分
683

Level 4 (黑子)

15547#
发表于 Post on 2022-6-4 14:18:01 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-6-4 12:17
就报错本身而言,在论坛搜报错里这句话Tors failed for dihedral,有无数讨论了。

我在论坛的报错的帖子里搜过,帖子里如下这么说的,但是没法加这个关键词,还请大神指导一下
opt=cartesian
      这一方法可从原理上彻底解决此问题,但 opt=cartesian 在多数情况下会增加优化至相应极小点所需的步数,如果体系不非常耗时可以直接用其至优化收敛。
      如果体系接近自己计算能力的极限,可以用 opt=cartesian 计算两三步之后终止计算,保存坐标后重新写一个输入文件,换回默认的opt方法。
      另外注意在使用modredundant冻结、扫描了坐标的时候,不能与opt=cartesian合用

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

15548#
发表于 Post on 2022-6-4 15:28:41 | 只看该作者 Only view this author
XUETU 发表于 2022-6-4 13:21
在进行单分子构象后,用gaussion进行最后优化时,把原本在一个平面的环优化成了不在一个平面了,具体如图所 ...

你的优化结构有4个虚频,显然不是稳定点。如社长所说,这个结构不应该是平的。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

1万

帖子

0

威望

9891

eV
积分
22137

Level 6 (一方通行)

15549#
发表于 Post on 2022-6-4 16:28:38 | 只看该作者 Only view this author
XUETU 发表于 2022-6-4 06:21
在进行单分子构象后,用gaussion进行最后优化时,把原本在一个平面的环优化成了不在一个平面了,具体如图所 ...

不要因为ChemDraw画出来是平的就以为这个分子本该是平的。如果确实觉得这个分子应该是平的,去找晶体结构来证明,不要靠想象。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

32

帖子

0

威望

193

eV
积分
225

Level 3 能力者

15550#
发表于 Post on 2022-6-4 17:54:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-4 13:43
把Gaussian一个字母一个字母手打20遍

稍有结构化学常识就知道不该是平的,氮又不牵扯pi共轭。想想氨气 ...

是我的失误,感谢您的解答,我还认为在一个平面会稳定一些,十分感谢您

32

帖子

0

威望

193

eV
积分
225

Level 3 能力者

15551#
发表于 Post on 2022-6-4 17:55:07 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-4 15:28
你的优化结构有4个虚频,显然不是稳定点。如社长所说,这个结构不应该是平的。

感谢您的指出,我会再看看您说的那几个虚频的

32

帖子

0

威望

193

eV
积分
225

Level 3 能力者

15552#
发表于 Post on 2022-6-4 17:56:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-4 16:28
不要因为ChemDraw画出来是平的就以为这个分子本该是平的。如果确实觉得这个分子应该是平的,去找晶体结构 ...

我当初只是因为感觉平的会能量低一些,感谢您给出的建议,我一定再去找找

1万

帖子

0

威望

9891

eV
积分
22137

Level 6 (一方通行)

15553#
发表于 Post on 2022-6-4 18:36:32 | 只看该作者 Only view this author
XUETU 发表于 2022-6-4 10:56
我当初只是因为感觉平的会能量低一些,感谢您给出的建议,我一定再去找找

sp3碳的最优键角是109.5度,如果强行让这个分子是平面的,就会要求sp3碳是120度,显然能量会变高。
建议找本有机化学教材,看看各种有机分子,尤其是带环的分子,到底什么构象能量最低。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

32

帖子

0

威望

193

eV
积分
225

Level 3 能力者

15554#
发表于 Post on 2022-6-4 19:14:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-4 18:36
sp3碳的最优键角是109.5度,如果强行让这个分子是平面的,就会要求sp3碳是120度,显然能量会变高。
建议 ...

好的好的,感谢指导,谢谢您的建议,我会在去看看的

26

帖子

0

威望

126

eV
积分
152

Level 3 能力者

15555#
发表于 Post on 2022-6-4 23:59:14 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我在进行分子结构优化过程中发现频率计算步骤耗时非常长,同时内存会被完全占用,请问增加内存是否可以减少频率计算的耗时?我的机子是e5-2696v3双路,内存128g,固态是一张SATA接口的1t固态

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 11:35 , Processed in 0.184766 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list