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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-8 16:32:18 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我这个算震荡吗,感觉和常见错误代码帖子里贴出来的震荡不一样

202206081630514847..png (24.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202206081630514847..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 07:36:17 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2022-6-8 16:32
请问各位老师,我这个算震荡吗,感觉和常见错误代码帖子里贴出来的震荡不一样

看优化轨迹判断当前情况,别光看能量曲线
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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15588#
发表于 Post on 2022-6-9 10:27:09 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在用g09跑IRC,输入文件命令行为

# irc=(maxpoints=60,calcfc,lqa,stepsize=15) b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=chloroform)

但是一开始算就报错,报错信息为:

******************************************

Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009

                09-Jun-2022

******************************************

%chk=C:\Users\lenovo\Desktop\1\ircccc.chk

----------------------------------------------------------------------

# irc=(maxpoints=60,calcfc,lqa,stepsize=15) b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(so

lvent=chloroform)

----------------------------------------------------------------------

QPErr --- A syntax error was detected in the input line.

axpoints=60,calcfc,lqa,stepsize=15) b3l

                       '

Last state="IRC2"

TCursr=54684 LCursr=   30

Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Thu Jun 09 10:20:30 2022.

Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
但是找不出命令行哪里有问题 谢谢老师

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15589#
发表于 Post on 2022-6-9 11:10:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Dyyyzz 于 2022-6-9 11:13 编辑

请问BSSE energy算出来是负值合理吗?用的方法是counterpoise,pbe0

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-9 11:28:16 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-6-9 10:27
各位老师,我在用g09跑IRC,输入文件命令行为

# irc=(maxpoints=60,calcfc,lqa,stepsize=15) b3lyp/6-3 ...

把irc括号里面的空格去掉试试。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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15591#
发表于 Post on 2022-6-9 11:33:12 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-9 11:28
把irc括号里面的空格去掉试试。

已解决 谢谢老师

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15592#
发表于 Post on 2022-6-9 20:30:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我用shermo软件来计算磷钨酸结构的热力学数值时,在不改变任何参数的情况下得到的自由能为何和高斯中的自由能有所差别呢?这个误差是怎么来的呢,只有自由能的结果差别比较大。
shermo软件得到的:
Electronic energy:      -4406.6223680 a.u.
Sum of electronic energy and ZPE, namely U/H/G at 0 K:      -4406.4634427 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to U:       -4406.3993623 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to H:       -4406.3984181 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to G:       -4406.5506119 a.u.
高斯默认的结果是:
Sum of electronic and zero-point Energies=          -4406.463443
Sum of electronic and thermal Energies=             -4406.399363
Sum of electronic and thermal Enthalpies=           -4406.398418
Sum of electronic and thermal Free Energies=        -4406.555514

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发表于 Post on 2022-6-9 21:19:57 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-6-9 13:30
sob老师您好,我用shermo软件来计算磷钨酸结构的热力学数值时,在不改变任何参数的情况下得到的自由能为何 ...

仔细阅读http://sobereva.com/552,了解Shermo的计算结果为什么和高斯有差别,以及为什么这个差别是有意为之
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-10 06:57:34 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-6-9 20:30
sob老师您好,我用shermo软件来计算磷钨酸结构的热力学数值时,在不改变任何参数的情况下得到的自由能为何 ...

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
上文专门说了

经常有Shermo的用户问为什么Shermo算的热力学校正量和Gaussian输出的不一致,在此专门说一下。要想Shermo输出的热力学校正量和Gaussian直接输出的严格一致,Shermo的settings.ini里的设定必须满足:
• T=和P=分别与Gaussian计算时设的温度和压力一致(Gaussian默认的情况相当于T= 298.15、P= 1.0)
• 频率校正因子和Gaussian设的一致(如果Gaussian计算时没用scale关键词指定,则sclZPE、sclheat、sclS都应当为1.0)
•热力学量计算模型和Gaussian一致。Gaussian用的是RRHO模型,对应于ilowfreq= 0
如果以上都满足,结果还不一致,且体系结构有对称性,大概率是Gaussian的振动分析部分的代码对体系的点群判断有误,导致转动对称数判断不对,进而导致算出的转动对热力学校正量的贡献错误。而Shermo判断点群的功能明显更稳健,不一致的情况一律以Shermo为准(有多次用户问我此问题的时候我最后都发现俩程序对点群判断不一致,每次都是Shermo是正确的而Gaussian是错误的。可能是Gaussian判断点群的阈值过于严格)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-10 06:59:45 | 只看该作者 Only view this author
Dyyyzz 发表于 2022-6-9 11:10
请问BSSE energy算出来是负值合理吗?用的方法是counterpoise,pbe0

正常情况不会如此。可能关键词不当,电荷和自旋多重度设置有误,其中有的计算收敛到不稳定波函数等原因所致。没具体输入文件没法说。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-10 07:01:14 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-6-9 10:27
各位老师,我在用g09跑IRC,输入文件命令行为

# irc=(maxpoints=60,calcfc,lqa,stepsize=15) b3lyp/6-3 ...

IRC里的逗号不能打成全角的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-6-10 09:59:40 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问我在用g09跑完过渡态后,想用更高级别的方法计算其过渡态能量,此时是不是只用写freq即可 不用opt+freq

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发表于 Post on 2022-6-10 10:24:35 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我在算一个有36个原子的有机体系,只有C、H、O和N元素。用Gaussian计算吸收光谱用TD-DFT结合pbe1pbe/TZVP方法,得到最大吸收峰在400nm的位置并且与实验值相一致,但是在计算荧光发射光谱的结果发现与实验值相差非常大,我计算得到的最大发射峰的位置在457nm,实验值在561nm左右,请问老师这可能是哪里有问题呢?

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发表于 Post on 2022-6-10 11:27:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-7 22:44
3MC本来就不是必然比3ES高。你是有实验证据证明对于你的体系3MC确实比3ES高吗?

老师我发现我优化的es结构正常结束了但最后没有完全收敛,那怎么样才能使结构能够被优化到最低能量呢

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发表于 Post on 2022-6-10 11:59:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 好兄弟 于 2022-6-10 21:15 编辑

请教各位老师,我用ezfcf绘制光谱 (Duschinsky rotations), 输出结果中fcfactor表示的物理意义是激发态和基态波函数之间的重叠程度吗?它的单位是什么?正负号区别在哪?不是一些系数的平方计算得来的吗,为什么能有负值?输出结果最后一列的transition中括号前的0和1是表示基态和激发态吗,手册中描述是electronic state number,如果我只给两个结构,那是不是只会有0->1?

本版积分规则 Credits rule

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