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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-10 12:40:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-9 07:36
看优化轨迹判断当前情况,别光看能量曲线

好的 谢谢sob老师

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15602#
发表于 Post on 2022-6-10 14:42:42 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-6-10 04:27
老师我发现我优化的es结构正常结束了但最后没有完全收敛,那怎么样才能使结构能够被优化到最低能量呢

http://sobereva.com/278
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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15603#
发表于 Post on 2022-6-10 14:45:16 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2022-6-10 03:24
Sob老师好,我在算一个有36个原子的有机体系,只有C、H、O和N元素。用Gaussian计算吸收光谱用TD-DFT结合pbe ...

可以试试计算振动分辨光谱。此外检查溶剂模型有没有加,加的方式是否正确(equilibrium还是non-equilibrium),以及有没有做构象搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-6-10 14:48:13 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-6-10 02:59
老师好,请问我在用g09跑完过渡态后,想用更高级别的方法计算其过渡态能量,此时是不是只用写freq即可 不用 ...

连freq都不用写(不仅不用写,而且不能写)。分清楚单点能和自由能校正的区别
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-6-10 15:40:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-10 14:48
连freq都不用写(不仅不用写,而且不能写)。分清楚单点能和自由能校正的区别

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-10 15:43:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-10 14:42
http://sobereva.com/278

谢谢老师多次解答我的疑问!

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发表于 Post on 2022-6-10 16:26:03 | 只看该作者 Only view this author

求教pbe0D3在高斯16中怎么输入?

想计算若相互作用,用PBE0与CCSD(t)相比算出的弱相互作用能低一些。想请教各位,pbe0D3在高斯16中怎么输入?谢谢

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发表于 Post on 2022-6-10 16:43:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ChemG 于 2022-6-10 16:46 编辑

PBE1PBE em=gd3可以参考:DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210

我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-10 17:06:04 | 只看该作者 Only view this author
sxx123321 发表于 2022-6-10 16:26
想计算若相互作用,用PBE0与CCSD(t)相比算出的弱相互作用能低一些。想请教各位,pbe0D3在高斯16中怎么输入 ...

Gaussian的问题以后不要发到第一性原理板块,又不是第一性原理程序。这次给你合并了,以后注意


DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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15610#
发表于 Post on 2022-6-10 18:27:05 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我使用的是M062X,想问一下键解离能怎么计算,目前的是方法是:反应物优化得到SCF done E的值,与两个自由基优化后的SCF done E,两个差值是键解离能吗,万分感谢各位老师的赐教

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发表于 Post on 2022-6-11 07:46:50 | 只看该作者 Only view this author
多谢ChemG老师。多谢sobereva老师,下次记得了。

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发表于 Post on 2022-6-11 10:57:32 | 只看该作者 Only view this author
老师好,学生想请教一个问题。拜读过sob老师关于shermo的博文,里面用到的例子是用到opt+freq的输出文件,不知道TS任务的过渡态log文件是否可以用shermo。现在我有g09的ts跑的过渡态任务的log文件,然后有更高级别计算的过渡态的单点能,是跟博文例子改掉一些常数数据后直接把TS的log文件导入shermo就行了吗?

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发表于 Post on 2022-6-11 11:23:31 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-6-11 10:57
老师好,学生想请教一个问题。拜读过sob老师关于shermo的博文,里面用到的例子是用到opt+freq的输出文件, ...

是的,用法一样

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-11 15:22:04 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2022-6-10 18:27
各位老师,我使用的是M062X,想问一下键解离能怎么计算,目前的是方法是:反应物优化得到SCF done E的值, ...

一般说的BDE用焓来求差,作为近似可以用电子能量求差
通常优化完了应当用更高级别算单点
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-11 17:09:52 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-6-11 11:23
是的,用法一样

好的 谢谢

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