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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-18 17:46:05 | 只看该作者 Only view this author

gaussian批量运行gjf出错

在阅读完sob老师关于几个常见gaussian命令的博文之后,我尝试修改了脚本,批量运行gjf文件输出log文件,但是显示无法找到g16,想问下是怎么回事?我已附上脚本和错误提示的截图。

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发表于 Post on 2022-6-18 17:47:56 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-18 09:58
明白了,老师,就是说把KOAc优化计算单点能与单独优化K+和OAc-计算单点能做比较,是这个意思吗,老师

要用自由能,不能用能量
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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15693#
发表于 Post on 2022-6-18 21:05:57 | 只看该作者 Only view this author
for i in *.gjf
do
g16  ${i}
done

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15694#
发表于 Post on 2022-6-18 21:16:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-18 17:47
要用自由能,不能用能量

好的,谢谢老师

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15695#
发表于 Post on 2022-6-18 21:58:55 | 只看该作者 Only view this author
两个中间体的能量分别是-1981.643673hartree,-1981.643696hartree.结构差异对比如图所示,主要是左下侧苯环有差异,苯环旋转角度有10度的差距。请问这两个结构可以认为是同一个结构吗?从能量的数值来看,没有满足小数点后面五个数值一样。但是暂时没有找到这两个结构的过渡态。依据经验就算有过渡态结构虚频的绝对值也很小,irc计算很难进行(走几个点就不走了)。

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发表于 Post on 2022-6-19 00:09:25 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-6-18 14:58
两个中间体的能量分别是-1981.643673hartree,-1981.643696hartree.结构差异对比如图所示,主要是左下侧苯环 ...

可以用更严格的收敛限优化一下,看看两个结构的差别会不会变小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-19 10:05:23 | 只看该作者 Only view this author
王若曦 发表于 2022-6-18 17:46
在阅读完sob老师关于几个常见gaussian命令的博文之后,我尝试修改了脚本,批量运行gjf文件输出log文件,但 ...

明显Gaussian没装好,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-19 10:21:42 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-6-18 21:58
两个中间体的能量分别是-1981.643673hartree,-1981.643696hartree.结构差异对比如图所示,主要是左下侧苯环 ...

怀疑有过渡态的话,可以用QST2做一下。就算有过渡态,势垒也可以忽略不计,即实际研究中不需要明确区分这两种构象
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发表于 Post on 2022-6-19 13:17:14 | 只看该作者 Only view this author
请问,在寻找自旋极化单重态的稳定波函数时,能不能用计算速度较快的b3lyp以及玩具机组3-21g,找到后在用我的m062x/6-311g**算过渡态

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发表于 Post on 2022-6-19 15:46:40 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-19 06:17
请问,在寻找自旋极化单重态的稳定波函数时,能不能用计算速度较快的b3lyp以及玩具机组3-21g,找到后在用我 ...

可以,前提是必须检查m062x/6-311g**收敛的波函数是否正确。只要最后收敛对了,第一步不管用多差的泛函和基组都没关系,换句话说这个问题只有结果是重要的,结果正确的前提下过程不重要

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-19 15:49:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-19 03:21
怀疑有过渡态的话,可以用QST2做一下。就算有过渡态,势垒也可以忽略不计,即实际研究中不需要明确区分这 ...

如果只是为了找到最稳定的结构,那确实可以不用区分。但如果要做Boltzmann平均的话,这个影响还是比较可观的,因为如果有两个很相近的构象,相比只有一个构象而言,对配分函数的贡献要多一倍。
我最近也遇到了这种问题,我们一般是用RMSD自动判断两个结构是否一致,RMSD<0.125埃就认为是一致的。但是有的时候两个结构的RMSD会到0.11埃左右,所以我一直不放心会不会把两个本来独立的构象当成了一个来算
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发表于 Post on 2022-6-19 18:03:08 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师用DFT算氧气和其他单线态的物质的反应时  自旋多重度应该怎么考虑   是0 1   /  0   3 都算一次看哪个能量低或者势垒低   还是应该怎么做   ?在相同的初始结构,我用0  3 算的时候反应物有虚频,而用0 1 算就没有虚频   ?这又应该怎么办呢?

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发表于 Post on 2022-6-19 20:06:05 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-19 11:03
请问各位老师用DFT算氧气和其他单线态的物质的反应时  自旋多重度应该怎么考虑   是0 1   /  0   3 都算一 ...

用化学常识判断。
如果化学常识不能判断,那就查文献类似体系判断。
如果文献没做过类似体系,那就把所有可能的多重度都算一遍,取能量最低的,但是注意:(1)同一个基元反应的反应物、过渡态和产物的能量最低的自旋多重度可能是不同的,所以不能只挑一个分子算,反应物、过度态和产物都必须分别确定自旋多重度;(2)必须确保波函数是稳定的,尤其当计算单重态时更是如此。
此外,有虚频并不代表这个多重度不对,应该尝试通过扰动结构、把收敛限设严、加大格点等常规方法来消虚频。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-19 20:48:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-19 20:06
用化学常识判断。
如果化学常识不能判断,那就查文献类似体系判断。
如果文献没做过类似体系,那就把所 ...

老师  您的意思是反应物  过渡态  产物的自旋多重度可以不一样嘛?那不是自旋禁阻嘛?

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发表于 Post on 2022-6-19 22:37:57 | 只看该作者 Only view this author

求助:关于带有自由基的分子和非中性分子的分子轨道如何用高斯画出

本帖最后由 chennanjie 于 2022-6-19 22:39 编辑

是这样的,我会用高斯软件包画中性分子的分子轨道,也就是HOMO和LUMO图。但是我想要画出带有自由基的分子的分子轨道图,却不知从何下手。


在文献中我有见过别人画出类似的图片。我的是中性分子A,发生了两次单电子的氧化反应,分别氧化为+1价的自由基阳离子A·+,和+2价的阳离子A2+

因此我想请教一下大家怎么画,我真的是没有人可以问,本人在一个普通211里面读硕士,反向是做有机液流电池活性材料的,材料计算这块可以说是一窍不通,

希望大家多多帮助,谢谢!
以下是我研究的分子四硫富瓦烯(TTF):



202206192229494651..png (14.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

TTF的得失电子反应图

TTF的得失电子反应图

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