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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-20 00:29:21 | 只看该作者 Only view this author
cmd27 发表于 2022-6-19 13:48
老师  您的意思是反应物  过渡态  产物的自旋多重度可以不一样嘛?那不是自旋禁阻嘛?

自旋禁阻说明反应慢,但不说明反应不可能发生。而且即使慢也没慢多少,比如磷光就是自旋禁阻过程,但是寿命其实也就在毫秒量级。
此外还有一种可能是这样的,比如单重态势能面1RC->1TS->1P,三重态势能面3RC->3TS->3P,其中3RC比1RC高,但是3TS比1TS低。所以反应物肯定取1RC,但是1RC和3RC有平衡,可以有很小平衡浓度的3RC存在,而3RC经过3TS反应非常快,拉动1RC和3RC的反应平衡向右进行。这时自由能垒就必须取作G(3TS)-G(1RC)。

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Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-6-20 10:03:31 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian提交opt任务后报错,需要大家帮忙!

我想算的是弱相互作用,用到的关键词是#p opt freq m062xd3/def2tzvp scrf=(solvent=water),提交任务后报错
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p opt freq m062xd3/def2tzvp scrf=(solve
             '
Last state= "GCL"
TCursr=      3918 LCursr=        12
Error termination via Lnk1e in /softwares/gaussian/g16/l1.exe at Sun Jun 19 21:52:51 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.8 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
应该是输入文件的错误,但是不知道怎么改才好,请大佬指教


jtyh-s-PE (4).log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 10:30:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-19 15:49
如果只是为了找到最稳定的结构,那确实可以不用区分。但如果要做Boltzmann平均的话,这个影响还是比较可 ...

所有情况如果都只用RMSD自动判断而不人工检查,对个别情况有点危险。由于RMSD本质上体现的是平均结构差异,倘若一个很大体系只有极小部分结构有差异,诸如C60连一个取代基时,仅取代基局部朝向有异导致不同的构象,二者间RMSD可能很小。如果再加个最大内坐标差异判断指标,会更可靠。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-6-20 10:36:39 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-6-20 10:40:44 | 只看该作者 Only view this author
请问,我在输入文件里加个stable老是报错,是什么原因?

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发表于 Post on 2022-6-20 10:44:36 | 只看该作者 Only view this author

修改后可以进行计算了,非常感谢您的帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 10:48:29 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-20 10:40
请问,我在输入文件里加个stable老是报错,是什么原因?

stable任务别和别的一起做,别图省事

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发表于 Post on 2022-6-20 11:09:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yin 于 2022-6-20 11:15 编辑
wzkchem5 发表于 2022-6-15 20:17
发射光谱应该用equilibrium solvation,参见http://sobereva.com/314。如果还是对不上的话,分析一下激发 ...

老师好,根据您的建议,我用了特定态溶剂模型计算了发射光谱,计算结果为522nm(实验值为561nm,),与之前用线性响应溶剂(计算为457nm)相比明显增大,而吸收光谱没有变化,还是400m。想请教老师,为什么特定态溶剂模型对于发射光谱的影响这么大,而对吸收光谱却几乎没有影响呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 11:20:12 | 只看该作者 Only view this author
chennanjie 发表于 2022-6-19 22:37
是这样的,我会用高斯软件包画中性分子的分子轨道,也就是HOMO和LUMO图。但是我想要画出带有自由基的分子的 ...

对这个体系恰当设电荷和自旋多重度,看轨道的操作和中性体系没区别

另外不要被错误的、根本没法正确描述体系实际电子结构的单一Lewis式所误导

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发表于 Post on 2022-6-20 14:51:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-20 11:20
对这个体系恰当设电荷和自旋多重度,看轨道的操作和中性体系没区别

另外不要被错误的、根本没法正确描 ...

根据你的回答,我去查了一下Lewis的意思,现在明白了,也就是说这个结构的表达方式可能和真实的TTF得失电子的情况并不一致。首先感谢你的指导和点明!
那么我的情况如下:已知我的物质TTF可以在电解液中氧化还原而自身不发生副反应,也就是在该体系中具有较好的电化学氧化还原稳定性。我想通过化学计算来支持我的这一结果,该做什么呢,有什么可以用到的工具吗,如果可以的话给个链接,我去学习一番。再次表达感激之情

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发表于 Post on 2022-6-20 15:44:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-20 03:30
所有情况如果都只用RMSD自动判断而不人工检查,对个别情况有点危险。由于RMSD本质上体现的是平均结构差异 ...

有道理。我们默认的workflow是用能量、距离矩阵和转动常数来判断,也就是CREST的做法,相比RMSD的好处是可以正确识别rotamer,并把所有等价的rotamer归为一类。后来我找到一个库可以在原子序号打乱的情况下仍然可以正确计算出RMSD,解决了RMSD会把不同rotamer当作不同分子的问题,所以我现在是用能量和RMSD判断的。但是确实,如果加上一个最大差异的指标,会更robust一点。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-20 15:46:49 | 只看该作者 Only view this author
chennanjie 发表于 2022-6-20 07:51
根据你的回答,我去查了一下Lewis的意思,现在明白了,也就是说这个结构的表达方式可能和真实的TTF得失电 ...

列举所有可能的副反应,逐一计算这些副反应的活化自由能(注意不是活化能),如果这些活化自由能都远高于室温下能观察到反应的范围,那就可以证明稳定性。
此外TTF属于极其成熟的体系了,有数不胜数的前人研究过,所以你要做的这个计算几乎肯定已经有人做过了,建议直接查文献来支持论点,不要做重复劳动。

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-20 15:48:37 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-20 03:40
请问,我在输入文件里加个stable老是报错,是什么原因?

freq拼错了。
以后遇到高斯报错问题,先自己一个词一个词检查拼写错误,确定没有拼写错误以后对着http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html检查,仍然找不到报错原因再来问。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-20 15:59:19 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2022-6-20 04:09
老师好,根据您的建议,我用了特定态溶剂模型计算了发射光谱,计算结果为522nm(实验值为561nm,),与之 ...

注意平衡/非平衡溶剂,和线性响应/态特定,是两个概念。我说的是发射计算的激发态改用平衡溶剂,这个会让发射更准(具体原因看http://sobereva.com/314),但是吸收计算的激发态不用平衡溶剂,所以对吸收毫无影响。我不知道你是不是既做到了我说的这些,又改用了态特定方法(当然这样做没有错,计算结果反倒比我说的方法更精确了,只是耗时多了而已),如果是的话,可能说明发射光谱主要是受溶剂是否平衡影响的,不太受是否用态特定方法影响。
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发表于 Post on 2022-6-20 16:03:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-20 15:46
列举所有可能的副反应,逐一计算这些副反应的活化自由能(注意不是活化能),如果这些活化自由能都远高于 ...

可能是我找文献的方法不对,但是我真的不怎么会这么精确的找到谁做过TTF或者衍生物的分子轨道这种。
我只能用web of science找到谁用TTF发过文章。。。谁用过分子计算不点进去看就真不知道,但是TTF文献也太多了呀......我不知道怎么精确的找到谁弄过这个

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