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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-17 11:02:17 | 只看该作者 Only view this author
想跟给老师请教一下,怎么从高斯优化结构的输出文件中,详细的查看优化信息,比如自洽收敛情况,结构收敛情况,以及如果在优化过程中出现收敛失败应该怎么分析,有相关的贴子可以推荐一下么

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-17 11:08:13 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-6-17 11:02
想跟给老师请教一下,怎么从高斯优化结构的输出文件中,详细的查看优化信息,比如自洽收敛情况,结构收敛情 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-17 13:42:51 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,m062x这个方法是不是有什么毛病,为什么它老是SCF不收敛呀。我用m062x搜索了过渡态,然后啥都没变做IRC死活不收敛,然后我读取了做TS的波函数,反应物那边一跑完立马FALL了,最后我把泛函换成b3lyp就可以,真不知道这m062x有什么毛病。①请问我读取TS的波函数做IRC这个方法对吗②我做IRC是为了找到反应物和生成物,用b3lyp算完后,还要读取它的波函数用m062x再算一次吗?

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发表于 Post on 2022-6-17 14:28:29 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-17 06:42
各位老师好,m062x这个方法是不是有什么毛病,为什么它老是SCF不收敛呀。我用m062x搜索了过渡态,然后啥都 ...

仔细看http://sobereva.com/61http://sobereva.com/400
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-17 15:51:47 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-6-17 11:02
想跟给老师请教一下,怎么从高斯优化结构的输出文件中,详细的查看优化信息,比如自洽收敛情况,结构收敛情 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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15681#
发表于 Post on 2022-6-18 10:47:07 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬请问基团离去这种反应有过渡态吗?反应如下,我已经做了41号原子和42号的柔性扫描,发现距离越大,能量越低,是不是这个过程没有过渡态?

反应机理.png (21.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

反应机理.png

反应物.png (118.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

反应物.png

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发表于 Post on 2022-6-18 11:42:22 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化大分子结构,200个以上的原子,优化结束后振动分析三天也没结束。

请老师帮我看一下log文件到底哪里出问题了。

hx_S0.zip

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发表于 Post on 2022-6-18 11:43:03 | 只看该作者 Only view this author
我是在超算平台上提交的作业

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发表于 Post on 2022-6-18 13:37:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下,在实验中KOAc作为添加剂是过量的,溶剂是DCE或者TFE,我在计算时认为OAc-参与反应,但是审稿人质疑在计算中多余的KOAc添加剂是否可以被视为游离K +和OAc-,把OAc-直接添加至能量曲线中不太好,建议提供一些额外的支持。老师,我想问一下,我该怎么证明是游离的离子呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-18 15:03:19 | 只看该作者 Only view this author
Steam0429 发表于 2022-6-18 11:42
请老师帮我看一下log文件到底哪里出问题了。

大体系振动分析极为耗时,老实等着
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-18 15:04:47 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-18 10:47
各位大佬请问基团离去这种反应有过渡态吗?反应如下,我已经做了41号原子和42号的柔性扫描,发现距离越大, ...

能量怎么可能越来越低,应当越来越高
要是越来越低,当前结构你根本都优化不出来

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WOOOOWOOOO + 1 谢谢

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发表于 Post on 2022-6-18 16:15:02 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-18 06:37
老师,我想问一下,在实验中KOAc作为添加剂是过量的,溶剂是DCE或者TFE,我在计算时认为OAc-参与反应,但是 ...

计算KOAc解离成自由离子的Gibbs自由能变化,靠Gibbs自由能变化大于0还是小于0来判断。注意做显式溶剂化、构象搜索和浓度校正。
此外有一定概率可能能查到实验文章研究KOAc在这些溶剂里的解离率,这样的话引实验文章就行了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-6-18 16:23:24 | 只看该作者 Only view this author
老师,想问一下,计算KOAc解离成自由离子的Gibbs自由能变化是找解离的过渡态对吗?老师做显示溶剂化,构象搜索,我再好好学学

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发表于 Post on 2022-6-18 16:32:57 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-18 09:23
老师,想问一下,计算KOAc解离成自由离子的Gibbs自由能变化是找解离的过渡态对吗?老师做显示溶剂化,构象 ...

不是,你这里要研究的是热力学,不是动力学。KOAc和K+ + OAc-的平衡显然是足够快的,你在配制KOAc溶液的时候(或者假如KOAc难溶的话,就是你加完KOAc、达到溶解平衡以后)就已经平衡好了,所以只算热力学就够了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-18 16:58:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-18 16:32
不是,你这里要研究的是热力学,不是动力学。KOAc和K+ + OAc-的平衡显然是足够快的,你在配制KOAc溶液的 ...

明白了,老师,就是说把KOAc优化计算单点能与单独优化K+和OAc-计算单点能做比较,是这个意思吗,老师

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