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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-14 14:23:13 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian频率计算结果出现4个NO,已经看了社长关于此问题的帖子还是有些问题。

Gaussian计算时频率计算出现4个NO,看了社长的帖子《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法》后,使用opt=recalc=5结构优化,结果收敛,但频率计算不收敛。查看优化过程发现从第11步开始后结构变化就很小了,所以取得第11步优化后的结构(中间任务中断过,取最后的结构继续计算的实际上已经优化了100多步),加入了opt=calcall后计算,结果收敛,然后查看结果没有虚频(社长文中说“用calcall的时候,优化任务最后会自动做振动分析”)。但是取优化完成的结构单独做频率计算时又出现4个NO,并且又虚频,请问大家这是怎么回事?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 14:34:50 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2022-6-14 14:23
Gaussian计算时频率计算出现4个NO,看了社长的帖子《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和 ...

你优化时带了D3,振动分析时没带D3,显然不行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 14:36:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-13 22:08
失真不是distortion的唯一翻译,此处不能翻译成失真。只要知道distortion-interaction analysis的定义就知 ...

说来最近群里答疑时有人发了个基组介绍的图,polarization居然翻译成

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 14:37:31 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-14 09:14
请教下正确的翻译是什么?我都叫做 畸变相互作用

distorsion翻译成变形、畸变、扭曲,在此语境下都可以。Distorsion-interaction analysis翻译成“变形-相互作用分析”的话,知道这个方法的人都不会有误会。但仍然建议不要只给出中文,毕竟此方法还不算特别流行,并且有众所周知固定的中文翻译。
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发表于 Post on 2022-6-14 14:41:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-14 14:34
你优化时带了D3,振动分析时没带D3,显然不行

感谢社长指点

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发表于 Post on 2022-6-14 15:17:54 | 只看该作者 Only view this author

另存为mol2文件电荷问题

将一个带一个负电荷的分子优化后,通过out文件保存为mol2文件时,负电荷为什么就消失了?在mol2文件内修改后,再次点击保存,关闭后再次打开发现负电荷还是没有?不知道哪里出现了问题,请教各位老师,谢谢!!!!



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 18:42:54 | 只看该作者 Only view this author
y82200011 发表于 2022-6-14 15:17
将一个带一个负电荷的分子优化后,通过out文件保存为mol2文件时,负电荷为什么就消失了?在mol2文件内修改 ...

GaussView根本不从mol2里读净电荷信息
关注这个没任何意义,Gaussian计算时候该什么净电荷和自旋多重度自己在输入文件里设就完了
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发表于 Post on 2022-6-14 22:02:18 | 只看该作者 Only view this author

共沸体系涉及到氢键,团簇构型搜索和相互作用能计算基组的选择?

本帖最后由 忘不掉的回忆 于 2022-6-14 22:05 编辑

老师好,我想请教几个问题。

我在做DMF和H2O最稳定团簇构型搜索的时候用的是b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj;
我在算双分子构象能和单分子构象能的时候用的是b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj;
然后求DMF和H2O的相互作用能。
我这里计算的相互作用能应该是强键能,

共沸物共沸的原因应该是形成了氢键,那么我在使用molclus构型优化的时候是不是应该考虑一下氢,给氢加个极化?
我在算双分子构象能、单分子构象能及其相互作用能时用6-311g(d,p) 基组是不是相对于优化时提升了一个级别?

谢谢老师,谢谢老师。            

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发表于 Post on 2022-6-14 22:58:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-14 18:42
GaussView根本不从mol2里读净电荷信息
关注这个没任何意义,Gaussian计算时候该什么净电荷和自旋多重度 ...

好的谢谢老师解答,我这里是因为需要将优化后的out文件转成mol2或者pdb文件,然后需要将mol2文件拿到另外软件内进行计算,将mol2文件转成另外软件所需要的格式,但是我需要显示出这个分子式带负电的,那请问老师可以转化成什么类型的文件是带有静电荷信息的呢??
感谢老师的回答!!

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-15 00:15:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-6-15 00:18 编辑
忘不掉的回忆 发表于 2022-6-14 22:02
老师好,我想请教几个问题。

我在做DMF和H2O最稳定团簇构型搜索的时候用的是b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj ...

你的基组已经给氢加了极化啊,倒可以考虑给重原子加弥散,因为DMF和H2O有氢键。
你的团簇有多大?如果很小完全可以用更高的级别算单点能。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-15 01:28:51 | 只看该作者 Only view this author
y82200011 发表于 2022-6-14 08:17
将一个带一个负电荷的分子优化后,通过out文件保存为mol2文件时,负电荷为什么就消失了?在mol2文件内修改 ...

量化软件不需要坐标里的电荷信息,因此不仅打开文件的时候不读电荷,保存文件的时候也不会保存电荷。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-6-15 10:20:06 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-15 00:15
你的基组已经给氢加了极化啊,倒可以考虑给重原子加弥散,因为DMF和H2O有氢键。
你的团簇有多大?如果很 ...

谢谢老师
我想的是共沸物共沸的原因是因为形成了氢键,老师在这篇文章(http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html)的3.7中说计算氢键才很有必要给氢加极化函数,其它情况不给氢加极化也不会带来多大误差;
我这里没有计算氢键,只是因为共沸物共沸的原因是因为形成了氢键。
我没有加弥散是因为老师在这篇文章(http://sobereva.com/119)中说算键能不用加弥散,我这里计算的相互作用能应该是强键能。

所以我想的是我进行团簇构型优化的时候可不可以只用b3lyp/6-31g(d);
然后算能量时用b3lyp/6-311g(d) ,不给氢加极化了。用算能量时产生的文件去做波函数分析(比如AIM等等)
您看这样合理吗?

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发表于 Post on 2022-6-15 10:53:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yin 于 2022-6-15 10:58 编辑
wzkchem5 发表于 2022-6-10 14:45
可以试试计算振动分辨光谱。此外检查溶剂模型有没有加,加的方式是否正确(equilibrium还是non-equilibri ...

感谢老师的回复。根据您的建议我做了振动分辨光谱,计算得到的吸收光谱数据波数出现了负数的情况,而且强度很小,请问老师是为什么呢?计算得到的振动分辨发射光谱显示强度最大的峰位置在455nm,与我直接用TD-DFT算的最大吸收峰位置(457nm)基本一致,尽管455nm之后还有很多小的峰,但是好像不能用来解释我的荧光光谱与实验值(561nm)不一致。
另外回答老师的问题,我有加溶剂模型,我用的是Gassuian16,直接用了scrf(solvent=THF)的方式加了溶剂,对激发能计算默认应该是non-equilibrium。我有根据我的分子沿着可能旋转的轴做了构想搜索,构型没有问题,也没有虚频。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-15 12:34:21 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-6-15 10:20
谢谢老师
我想的是共沸物共沸的原因是因为形成了氢键,老师在这篇文章(http://bbs.keinsci.com/thread- ...

119文中说的键能是化学键,氢键根本不是化学键,算氢键键能当然得加弥散

涉及到弱相互作用,当然不能直接用B3LYP,显然得用B3LYP-D3(BJ)
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

算氢键作用能基组6-311+G(d,p)是最基本保底
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发表于 Post on 2022-6-15 14:47:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-15 12:34
119文中说的键能是化学键,氢键根本不是化学键,算氢键键能当然得加弥散

涉及到弱相互作用,当然不能 ...

谢谢老师指点,谢谢老师
我这里没有研究氢键键能,我想的是使用molclus把最稳定的构型找出来,计算最稳定构型的能量;然后利用计算能量的波函数文件做AIM等其他的分析

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