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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-22 10:23:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:05
按过渡态的自旋多重度跑。与此同时找到反应的MECP结构,一般来说MECP会在IRC上,然后从MECP开始按反应物 ...

大佬,我已经用过渡态的自旋多重度跑出来IRC了,然后要怎么判断哪个点是MECP呀,是哪个图中的最高点吗?(第二帧)

反应物那头IRC.png (67.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

反应物那头IRC.png

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发表于 Post on 2022-6-22 10:30:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-22 03:44
公社论坛首页全文搜索框搜,之前论坛里有使用ma-的时候辅助基组怎么考虑的讨论

如果不开RI算着不很费 ...

谢谢社长,ma-用autoaux的问题已解决。我还想问下ma-def2-TZVP耗时会比def2-TZVP高很多吗?体系里就出现了这样一个阴离子,是否有必要用弥散基组?

Snipaste_2022-06-22_10-28-34.png (6.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2022-6-22 14:02:49 | 只看该作者 Only view this author
weifujing 发表于 2022-6-22 09:39
您的意思是其实是在一直运行,没有出现问题,只是太慢了是吗?因为刚入门,所以不太了解,算了觉得有点久 ...

是这样的

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发表于 Post on 2022-6-22 14:47:39 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-22 03:23
大佬,我已经用过渡态的自旋多重度跑出来IRC了,然后要怎么判断哪个点是MECP呀,是哪个图中的最高点吗? ...

MECP要另外做MECP优化任务来找,具体怎么做看手册
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 15:51:24 | 只看该作者 Only view this author
Lucas_xin 发表于 2022-6-22 10:30
谢谢社长,ma-用autoaux的问题已解决。我还想问下ma-def2-TZVP耗时会比def2-TZVP高很多吗?体系里就出现 ...

耗时高的程度不可忽略。一方面本来ma-更贵,一方面用autoaux的时候,对同样基组构造的辅助基组比标配的辅助基组更大。

优化用def2-TZVP足矣,单点最好带上ma-,但只要给带负电荷的氧部分带弥散也就够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 15:52:46 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-22 10:23
大佬,我已经用过渡态的自旋多重度跑出来IRC了,然后要怎么判断哪个点是MECP呀,是哪个图中的最高点吗? ...

使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286http://bbs.keinsci.com/thread-865-1-1.html

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发表于 Post on 2022-6-22 17:22:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-22 15:51
耗时高的程度不可忽略。一方面本来ma-更贵,一方面用autoaux的时候,对同样基组构造的辅助基组比标配的辅 ...

谢谢sob老师,我去试试

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发表于 Post on 2022-6-22 17:30:25 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,高斯正常opt可以优化出来,但是加上去opt=tight就直接l502了,这种情况是不是要变动一下结构。谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-22 21:22:38 | 只看该作者 Only view this author
ML-catalyze 发表于 2022-6-22 10:30
请问老师,高斯正常opt可以优化出来,但是加上去opt=tight就直接l502了,这种情况是不是要变动一下结构。谢 ...

要按http://sobereva.com/61的方法解决
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-6-23 08:32:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-22 21:22
要按http://sobereva.com/61的方法解决

收的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-23 09:57:02 | 只看该作者 Only view this author
过渡金属Ti的d轨道电子显著影响了 DFT 的总能量和几何优化,请问各位老师,Guassian是如何处理过渡金属d轨道的呢,我在相关用高斯软件计算关于化学反应与计算过渡态文献里面也没看到这点

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发表于 Post on 2022-6-23 09:57:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,各位老师好,有一个电荷转移能量计算的问题,昨天单独发帖没有得到回复,所以今天再来这个答疑专贴询问一下,谢谢各位老师。


Sob老师好,各位老师好,最近在学习利用马库斯理论公式计算电荷转移的能量。这个公式里面最重要的就是重组能的计算。我学习了下Sob老师的两篇博文,根据自己目前的理解总结了如上图所示的一套计算流程,不知道理解是否正确,也不知其中写的计算关键词和步骤是否合理?希望各位老师帮忙批评指正一下。

同时还有许多不太理解的地方,也在这里一并提出,希望各位老师予以指导。谢谢各位老师。

首先第一个问题,想问下各位老师,这个内外重组能的计算,我看都可以分为两个部分,第一部分是从图片中的(1)态变为(3)态,这部分的重组能可以认为是λI=λextI+λintI。第二部分是从(3)态变回(1)态,这部分的重组能可以认为是λII=λextII+λintII。我想问一下,如果只是想算从(1)态变为(3)态的过程的能量,而不考虑回来的过程,因为(3)态直接在后面反应中又转化为了其他产物,不会回到(1)态,那么这种时候计算重组能是否只考虑λI就可以呢,还是仍然要λI和λII一起考虑呢?

第二个问题,就是在计算外重组能的时候,我理解这里面的scrf=read和noneq=read的关键词是指要读前一个noneq=write的chk文件中的溶剂设定和溶剂状态,不知道这样理解是否正确?同时想问下各位老师这种时候需要写guess=read吗,还是说只写scrf=read和noneq=read就可以实现这个功能?




第三个问题,就是我觉得像第一张图那样计算需要把内外重组能分开计算,不知道是否可以简化成上图也就是第二张图所示这样进行计算,也就是在像计算外重组能那样设定溶剂环境,而同时如计算内重组能时一样,对电荷转移后的稳定态(3)态进行结构优化。这样操作是否可以认为同时考虑了内外重组能呢?

第四个问题就是在咱们公社中搜素相关帖子,发现不少帖子里有另一个利用分子半径来计算外重组能的方法,想问下各位老师,这个方法和Sob老师的方法是否都可以用来计算外重组能,两种方法差别大不大,一般那种方法更容易被接受呢?

最后一个问题就是如果用Sob老师的计算方法需要引用那些参考文献来辅助说明这些计算流程呢?

刚刚入手这方面的计算,问题较多,期待Sob老师和各位老师的解答,谢谢Sob老师和各位老师。

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发表于 Post on 2022-6-23 11:55:40 | 只看该作者 Only view this author
请问,一个由两步组成的总反应的能垒应该怎么算?而且第一步的吉布斯自由能大于零,达到了30多kcal/mol,总反应的吉布斯自由能又小于零,请问这个总反应能够自发发生吗?这种现象能说明什么呢?

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发表于 Post on 2022-6-23 14:50:43 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-6-23 02:57
过渡金属Ti的d轨道电子显著影响了 DFT 的总能量和几何优化,请问各位老师,Guassian是如何处理过渡金属d轨 ...

和处理s轨道、p轨道是完全相同的方法,没有任何特殊的。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-23 14:51:40 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-23 04:55
请问,一个由两步组成的总反应的能垒应该怎么算?而且第一步的吉布斯自由能大于零,达到了30多kcal/mol,总 ...

http://sobereva.com/506的方法计算
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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