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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-24 16:25:27 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-24 16:02
老师,我计算金属有机体系,设计有机反应物先被OAc-夺氢,然后生成负离子和HOAc,下一步是三氟乙醇将自己的 ...

我不是你这个方向的,我先问你一个问题,你的溶液是什么,在水中HOAc酸性比三氟乙醇强多了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-24 18:04:12 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-24 09:02
老师,我计算金属有机体系,设计有机反应物先被OAc-夺氢,然后生成负离子和HOAc,下一步是三氟乙醇将自己的 ...

先做柔性扫描,确认是不是无垒反应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-6-24 20:22:35 | 只看该作者 Only view this author

计算出现了报错框,但是读取out文件,是正常的,结果还能用吗?

计算显示运行中,出现了报错框,确定后返回去看out文件,结尾是正常终止,这个结果还能用吗?检查chk文件打不开,这种情况应该怎么处理?

THE ONE-EYED VIEW OF OUR UNIVERSE SAYS YOU MUST NOT LOOK
FAR AFIELD FOR PROBLEMS.   SUCH PROBLEMS MAY NEVER ARRIVE.
INSTEAD, TEND TO THE WOLF WITHIN YOUR FENCES.
THE PACKS RANGING OUTSIDE MAY NOT EVEN EXIST.

-- THE AZHAR BOOK SHAMRA I:4
CHILDREN OF DUNE, BY FRANK HERBERT
Job cpu time:       1 days  1 hours 56 minutes 16.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    977 Int=      0 D2E=      0 Chk=    120 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Fri Jun 24 19:51:03 2022.


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发表于 Post on 2022-6-24 20:39:17 | 只看该作者 Only view this author
报错框的内容是什么?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-6-24 20:43:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-24 20:39
报错框的内容是什么?

不知道,但是我记得出错时候运行的最后一步显示I9999

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发表于 Post on 2022-6-24 20:45:28 | 只看该作者 Only view this author
菜还不想动 发表于 2022-6-24 13:43
不知道,但是我记得出错时候运行的最后一步显示I9999

那你这个信息给得不够,我们无法判断。如果不确定的话,重跑一遍(注意读取波函数、结构等等来尽量避免重复计算),记得把报错框截图
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-6-24 20:57:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-24 20:45
那你这个信息给得不够,我们无法判断。如果不确定的话,重跑一遍(注意读取波函数、结构等等来尽量避免重 ...

因为目前out可用,我拿最后结构优化?

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发表于 Post on 2022-6-24 21:31:06 | 只看该作者 Only view this author

Linux下计算Gaussian出核心已转储的错误,怎么改?

新手刚接触Linux系统,计算输入出现打不开文件,核心已转储,这种情况是什么意思?该怎么改?

[linux@fedora scratch]$ ../g09 C2vB58.gif
Unable to open input file "C2vB58.gif" or "C2vB58.gif".
段错误 (核心已转储)
[linux@fedora scratch]$ ^C



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发表于 Post on 2022-6-24 21:49:29 | 只看该作者 Only view this author
菜还不想动 发表于 2022-6-24 20:57
因为目前out可用,我拿最后结构优化?

最好上传out文件
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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MOKIT开发者

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发表于 Post on 2022-6-24 21:50:12 | 只看该作者 Only view this author
是gjf,不是gif

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自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-6-24 22:52:37 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问关于somo能量的问题,我的体系有一个单电子,b3lyp优化后有α和β两个轨道,我想看他的somo以及lumo轨道和能量,是看单电子占据的α轨道和α-lumo吗?还是需要我rob3lyp优化下看一下他的somo和lumo呢,我搞不清出这两种情况。

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发表于 Post on 2022-6-24 23:53:45 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-24 16:25
我不是你这个方向的,我先问你一个问题,你的溶液是什么,在水中HOAc酸性比三氟乙醇强多了。

老师,溶剂就是三氟乙醇

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发表于 Post on 2022-6-24 23:54:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-24 18:04
先做柔性扫描,确认是不是无垒反应

好的,老师

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发表于 Post on 2022-6-25 01:15:20 | 只看该作者 Only view this author
建议改成.com,就不会出现gjf写出gif的低级错误。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 02:52:22 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-6-24 22:52
各位老师好,请问关于somo能量的问题,我的体系有一个单电子,b3lyp优化后有α和β两个轨道,我想看他的som ...

非限制性计算时没有严格的SOMO概念,此时做双正交化才能基本重现出SOMO,仔细看
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448http://bbs.keinsci.com/thread-11377-1-1.html

RO计算才有严格的SOMO概念,但RO有耗时高、难收敛、自旋密度不理想等不少问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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