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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 02:53:38 | 只看该作者 Only view this author
菜还不想动 发表于 2022-6-24 20:22
计算显示运行中,出现了报错框,确定后返回去看out文件,结尾是正常终止,这个结果还能用吗?检查chk文件打 ...

直接上传压缩后的输出文件,省得别人猜,白浪费时间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 02:57:59 | 只看该作者 Only view this author
菜还不想动 发表于 2022-6-24 21:31
新手刚接触Linux系统,计算输入出现打不开文件,核心已转储,这种情况是什么意思?该怎么改?

[linux@fe ...

分清楚gif和gjf(PS:邪门了,如今平均每个礼拜在网上答疑时都能见到至少一次提问时gif和gjf分不清的)
提示的很明白,打不开文件,自然考虑是不是输入文件名写错了
如果Gaussian正常安装了,根本不需要写../。自行把下文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-25 10:05:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1983984613 于 2022-6-25 17:06 编辑

各位老师好,我是刚刚接触有机机理计算的小白,计算一个无金属催化的反应时遇到一个问题,得到了过渡态,irc也是正常的,irc左端结构两个反应物有明显相互吸附,个人感觉两个反应物之间(单体时)应该先发生了一个吸附(碳氮双键与水有个吸附?),再通过过渡态到达产物,然后,我用irc左端的结构去opt+freq得到的不是一个吸附的结构(与左端IRC结构相差较大),想问下各位老师,是根本不存在吸附这个过程,还是计算吸附这个结构的方法错了?我计算另一个铜催化机理时,也有一个co(一氧化碳)吸附在铜催化剂类似的过程。谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2022-6-25 10:34:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1983984613 于 2022-6-25 14:52 编辑

下面两个图片是opt+freq的结构,和IRC左端结构

202206251450156622..png (32.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

irc左端opt+freq

irc左端opt+freq

202206251449041557..png (33.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

irc左端结构

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发表于 Post on 2022-6-25 15:39:06 | 只看该作者 Only view this author
1983984613 发表于 2022-6-25 03:05
各位老师好,我是刚刚接触有机机理计算的小白,遇到一个问题,得到了过渡态,irc也是正常的,irc左端结构两 ...

说明这个体系是物理吸附而不是化学吸附,所以两个反应物的距离比CO在Cu表面上化学吸附的距离远
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-6-25 15:53:15 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算报错

利用高斯计算显示这个报错软件,该怎么处理啊?

202206251552367215..png (47.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202206251552367215..png

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发表于 Post on 2022-6-25 15:59:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-25 15:39
说明这个体系是物理吸附而不是化学吸附,所以两个反应物的距离比CO在Cu表面上化学吸附的距离远

谢谢老师,那物理吸附的话,我的能量怎么算,我如果按照过渡态能量减去单体的能量,能量很高,反应条件下无法实现,过渡态的能量减去IRC左端opt+freq的能量也是很高,和单体(反应物)的差不多。

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发表于 Post on 2022-6-25 15:59:48 | 只看该作者 Only view this author

先在这里搜一下,看有没有类似的
又菜又爱玩

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MOKIT开发者

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发表于 Post on 2022-6-25 15:59:59 | 只看该作者 Only view this author
提问前应先搜索,这个新手问题已经有无数人问过。在此帖中搜2070《Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项》http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-6-25 16:11:13 | 只看该作者 Only view this author
手册都不会看的人,
基本不会主动搜索解决问题。

可能还会默默发问,你既然会,为何不直接告诉我,或者直接给我做了?


解决方案,
请转向Linux系统。

依据手册描述安装软件。

如果不会安装,可以使用我修改之后的下载即用的版本。

其他信息在签名链接中。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

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发表于 Post on 2022-6-25 16:26:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-25 15:39
说明这个体系是物理吸附而不是化学吸附,所以两个反应物的距离比CO在Cu表面上化学吸附的距离远

老师,可能我表述的不是很清楚,我的问题就是,能量计算过渡态减去单体的能量太大,走的IRC左端的结构有一个吸附,想问下这个吸附后的结构能量怎么计算?我直接opt+freq(IRC左端结构)得到的能量以及结构与过渡态减去单体的能量差不多,不知道这个问题咋解决,谢谢老师!

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-25 16:37:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-6-25 16:39 编辑
1983984613 发表于 2022-6-25 16:26
老师,可能我表述的不是很清楚,我的问题就是,能量计算过渡态减去单体的能量太大,走的IRC左端的结构有 ...

是表述不清楚。我看你贴出的结构,怎么像是酰胺水解的反应(???)是在水溶液中进行的吗?你想研究铜(铜离子?亚铜离子?铜金属?含铜的配合物?)对这个反应的催化,你说的CO是指羰基还是一氧化碳?你说的吸附是什么吸附什么?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-25 16:47:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1983984613 于 2022-6-25 16:53 编辑
chands 发表于 2022-6-25 16:37
是表述不清楚。我看你贴出的结构,怎么像是酰胺水解的反应(???)是在水溶液中进行的吗?你想研究铜( ...

不好意思啊,我问的是这个碳氮双键和水吸附的这个过程,反应在DMSO进行,温度为150度,我计算另一个铜催化体系的时候也有一个co(一氧化碳)与铜催化剂的吸附,就一并说了,不好意思啊,给大家造成误解

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 17:22:54 | 只看该作者 Only view this author
李叉号 发表于 2022-6-25 15:53
利用高斯计算显示这个报错软件,该怎么处理啊?

论坛首页明确说了,有什么问题先用首页全文搜索框搜索再问,诸如此类极为常见的问题100%论坛里早就回复过无数次,报错放搜索框一搜就有答案。并且把15816L提到的那个帖子仔细看了

另外,极度初级的问题不要发主贴,否则拉低本论坛平均讨论水准。

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发表于 Post on 2022-6-25 17:41:21 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,最近看了一篇文章,是关于FePO4计算的。使用的是crystal17,文中说用的基组是(VTZP),是ANO-RCC-VTZP吗?文中说用的Ahlrichs 3zeta基组,我只知道def2系列是Ahlrichs基组,但def2系列没有VTZP,倒是有def2-TZVP。
另外,我想用CASTEP来算一下FePO4的太赫兹谱(远红外),求推荐合适的泛函和基组?算力:双路20核

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泛函基组

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