计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15751#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-21 17:49:38 | 只看该作者 Only view this author
Elden、Lord 发表于 2022-6-21 15:33
请问各位老师,有没有软件能做可旋转二面角的力场参数,而且能符合图中的QME曲线。

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15752#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-21 17:50:42 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-6-21 13:01
请问老师,使用molclus+Gaussian做构型搜索优化,得到的能量最低的构型,还有必要在同等基组的级别下单独使 ...

连计算级别都不换,显然优化完了和初始结构一样。搞清楚自己在做什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15753#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-21 17:51:35 | 只看该作者 Only view this author
yuyao_yang 发表于 2022-6-21 11:21
算Resp电荷时,用Gaussian优化时
B3LYP/def2SVP em=GD3BJ scrf(solvent=water) opt
这里的solvent=water  ...

分子实际在什么溶剂环境下做MD,用于给Multiwfn算RESP电荷的几何结构就在什么溶剂下优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15754#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-21 17:53:42 | 只看该作者 Only view this author
Lucas_xin 发表于 2022-6-21 11:08
是Pd,没有金属之间成键,就是做能垒计算,原子数的话因为配体比较大会有100多个原子

看具体什么反应
如果是金属-有机反应,PBE0-D3(BJ)本来就大概率比MN15好,单点换成后者完全说不通
如果是配体上的纯有机反应,MN15大概率比PBE0-D3(BJ)好,这么切换还说得过去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

284

eV
积分
304

Level 3 能力者

15755#
发表于 Post on 2022-6-21 19:22:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-21 17:53
看具体什么反应
如果是金属-有机反应,PBE0-D3(BJ)本来就大概率比MN15好,单点换成后者完全说不通
如果 ...

谢谢sob老师,整个反应路径里大部分是金属-有机反应,那么我就用wB97M-V来算单点吧。我用了Multiwfn生成的wB97M-V + def2-TZVP组合计算没问题。但是因为体系里有一步基元反应会涉及到阴离子,我就在Multiwfn里选择加了弥散,用ma-def2-TZVP,然后ORCA会报这个错。我尝试之后发现是加了弥散之后auxiliary basis set用了autoaux的关系,而把auxiliary basis set换成和不加弥散一样的def2/J是可以正常运算的。请问auxiliary basis set的选用是如何决定的呢,以及这个体系加弥散是否合适?

Snipaste_2022-06-21_19-04-57.png (77.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

Snipaste_2022-06-21_19-04-57.png

24

帖子

0

威望

79

eV
积分
103

Level 2 能力者

15756#
发表于 Post on 2022-6-21 20:31:34 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,VMD里怎么在显示的图形里调出对应的元素标签显示在上面,比如怎么让C、H、O这种符号显示在原子上

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

15757#
发表于 Post on 2022-6-21 21:15:25 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-21 10:19
谢谢大佬!我的反应物如下图,氧气为三重态,发生一个加成反应。请问这个过程从自旋多重度由4到2快吗?怎 ...

IRC跑出来两边一样一般不是因为自旋多重度设错了,应该用http://sobereva.com/400的方法解决
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15758#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 03:42:30 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-6-21 20:31
请教一下老师,VMD里怎么在显示的图形里调出对应的元素标签显示在上面,比如怎么让C、H、O这种符号显示在原 ...

在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
按照此文显示出来所有原子序号后,更改标签内容定义,使之显示元素

不过VMD在原子上显示文字的效果并不好,而且会被原子球遮挡,最好还是ps
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15759#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 03:44:08 | 只看该作者 Only view this author
Lucas_xin 发表于 2022-6-21 19:22
谢谢sob老师,整个反应路径里大部分是金属-有机反应,那么我就用wB97M-V来算单点吧。我用了Multiwfn生成 ...

公社论坛首页全文搜索框搜,之前论坛里有使用ma-的时候辅助基组怎么考虑的讨论

如果不开RI算着不很费劲,也可以干脆不用辅助基组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

91

eV
积分
125

Level 2 能力者

15760#
发表于 Post on 2022-6-22 09:39:36 | 只看该作者 Only view this author
coolrainbow 发表于 2022-6-21 17:23
4个核,115原子,311基祖,只能慢慢等着了

您的意思是其实是在一直运行,没有出现问题,只是太慢了是吗?因为刚入门,所以不太了解,算了觉得有点久,就以为有问题了

34

帖子

0

威望

91

eV
积分
125

Level 2 能力者

15761#
发表于 Post on 2022-6-22 09:45:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-21 17:48
CPU太烂,体系太大,而且还不用#P监控迭代过程,显然仿佛卡住似的

用#P监控迭代过程是在gjf文件的基组前面加上#P就可以了吗?用#P监控迭代过程对计算速度有帮助吗

24

帖子

0

威望

79

eV
积分
103

Level 2 能力者

15762#
发表于 Post on 2022-6-22 10:01:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-22 03:42
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
按照此文显示出来所有原子序号后,更改标签内容定 ...

好的,谢谢sob老师

61

帖子

0

威望

1031

eV
积分
1092

Level 4 (黑子)

15763#
发表于 Post on 2022-6-22 10:09:46 | 只看该作者 Only view this author

不同温度下自由能的计算

我想计算不同温度的自由能,但Ggas(H+)和Gsolv(H+)不同清楚是怎么计算的,会随温度不同而变吗

11.png (31.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

11.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15764#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 10:17:17 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2022-6-22 10:09
我想计算不同温度的自由能,但Ggas(H+)和Gsolv(H+)不同清楚是怎么计算的,会随温度不同而变吗





显然受温度影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

15765#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 10:17:34 | 只看该作者 Only view this author
weifujing 发表于 2022-6-22 09:45
用#P监控迭代过程是在gjf文件的基组前面加上#P就可以了吗?用#P监控迭代过程对计算速度有帮助吗



怎么可能有帮助
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:29 , Processed in 0.313936 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list