简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

din5g

wzkchem5 发表于 2022-6-23 14:50
和处理s轨道、p轨道是完全相同的方法，没有任何特殊的。

你好，wzkchem5老师，有相关的参考文献吗，审稿人问了我该问题，我一下回答不上来

wzkchem5

din5g 发表于 2022-6-23 08:01
你好，wzkchem5老师，有相关的参考文献吗，审稿人问了我该问题，我一下回答不上来

贴出审稿人意见全文

WOOOOWOOOO

wzkchem5 发表于 2022-6-23 14:51
按http://sobereva.com/506的方法计算

谢谢老师。请问这个帖子中I1到I2的反应吉布斯自由能大于零（I2的自由能-I1的自由能），那岂不是I1到I2的反应无法自发进行，那在不改变浓度、温度等因素的条件下在原理上发生不了，进而整个反应发生不了了？

din5g

wzkchem5 发表于 2022-6-23 15:39
贴出审稿人意见全文

多谢wzkchem5老师，我用Gaussian09以及M05-2X泛函计算了TiO2团簇上的甲苯光催化氧化反应。审稿人相关意见如下：
1.As a transition metal, the d electrons of Ti could influence the DFT final results significantly (both in terms of the total energy and the relaxed geometry). In this study, did the authors take this factor into consideration? If yes, could authors justify their method, for example, by providing references on why the d electrons won’t be a problem.2. When discussing the reaction mechanisms, authors may need to specify how the transition states was determined.
3. A major issue in the reaction mechanisms is how to treat the holes with positive charge. In this study, the authors simply removed an electron from Ti3O9H6, however, in reality, this hole is generated by a photoexcitation and the electron-hole pair is likely to locate in this inorganic cluster as a whole. So, rather than a ground state with positive charge, authors may need to consider a charge-neutral excited state of Ti3O9H6. I understand that treating the excited state is always a problem in DFT. So, I suggest the authors explicitly mention the difficulty and delete the corresponding part in the current manuscript which may be scientifically incorrect.

wzkchem5

din5g 发表于 2022-6-23 09:40
多谢wzkchem5老师，我用Gaussian09以及M05-2X泛函计算了TiO2团簇上的甲苯光催化氧化反应。审稿人相关意 ...

审稿人的意思是，有些DFT泛函对于有d电子的体系会算不准，问你有没有考虑这点，怎么证明你用的泛函对于有d电子的体系是准的。
但现在问题是M05-2X本来就不是为有d电子的体系设计的，所以搞不好真的不准。可以尝试找一些测试M05-2X对过渡金属体系（注意必须是d轨道既不空又不满占的体系。最好能找到3价Ti的测试文章）表现的benchmark文章，如果找不到的话，挑一个你工作里的代表性的基元反应（必须是涉及Ti(III)的，不能是反应物产物都是Ti(IV)的）用高精度方法算个单点，确认M05-2X的结果是否可靠

wzkchem5

WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-23 08:44
谢谢老师。请问这个帖子中I1到I2的反应吉布斯自由能大于零（I2的自由能-I1的自由能），那岂不是I1到I2的 ...

注意自由能和标准自由能的区别。只有自由能变>0才是无法进行，但计算出来的是标准自由能，只不过因为到处都带标准二字比较麻烦，所以一般简称自由能而已。

WOOOOWOOOO

嗯嗯好的，谢谢老师。在这个文章中http://sobereva.com/506  I2-I1的自由能变确实是大于零的，那是不是此反应无法自发进行，进而整个反应过程都无法进行呢？

din5g

wzkchem5 发表于 2022-6-23 16:51
审稿人的意思是，有些DFT泛函对于有d电子的体系会算不准，问你有没有考虑这点，怎么证明你用的泛函对于有 ...

好的，多谢wzkchem5老师

wzkchem5

WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-23 10:01
嗯嗯好的，谢谢老师。在这个文章中http://sobereva.com/506  I2-I1的自由能变确实是大于零的，那是不是此反 ...

这个图里画的是标准自由能，不是自由能。还是那句话，量化里面提到标准自由能常常不加标准两个字

WOOOOWOOOO

wzkchem5 发表于 2022-6-23 17:25
这个图里画的是标准自由能，不是自由能。还是那句话，量化里面提到标准自由能常常不加标准两个字

嗯嗯，明白了，谢谢老师！

无敌菠萝派

请教一下老师，为什么用molclus会出现这种提示：cannot find .xtboptok

wzkchem5

无敌菠萝派 发表于 2022-6-23 11:15
请教一下老师，为什么用molclus会出现这种提示：cannot find .xtboptok

检查xtb.out文件的输出

din5g

关于激发态下算过渡态有几个问题想请教各位老师，1，应该计算第一激发态（即使f小于0.01）还是应该研究振子强度大于0.01的激发态的过渡态；2，对于光催化剂体系和光催化剂吸附分子体系，如果他们的同一顺序激发态的振子强度不同，那该以哪个体系的激发态为研究对象呢？

wzkchem5

din5g 发表于 2022-6-23 15:01
关于激发态下算过渡态有几个问题想请教各位老师，1，应该计算第一激发态（即使f小于0.01）还是应该研究振子 ...

取决于你研究的实验过程是什么，没有一定的规则。如果你对你要研究的实验现象足够了解，必然知道你要计算的是第几激发态，如果不能确定的话，查文献类似体系或者从基本光化学原理确定

化小白

老师，我计算金属有机体系，设计有机反应物先被OAc-夺氢，然后生成负离子和HOAc,下一步是三氟乙醇将自己的氢给负离子，然后三氟乙醇负离子再攻击中这个有机反应物的过程。审稿人问我为什么不是OAc-先夺三氟乙醇的氢，然后三氟乙醇负离子直接攻击这个有机反应物。我就想先计算OAc-夺三氟乙醇氢的过渡态，只用隐式溶剂模型一直震荡，试了很多办法，氢一直再两个氧之间震荡，然后我就用杂化溶剂模型找，氢一直和三氟乙醇成键，发现OAc-根本夺不过来，老师，我现在都不知道什么才是真正的办法了，想问一下老师，我现在该怎么办？