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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-25 18:29:04 | 只看该作者 Only view this author

Linux优化结构报错,什么原因?

本帖最后由 菜还不想动 于 2022-6-25 18:40 编辑

错误提示:


输入文件内容和输出文件: 新建 文本文档.txt (4.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) C1B62.log (121.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
看输出文件似乎是本身不收敛

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发表于 Post on 2022-6-25 18:35:59 | 只看该作者 Only view this author
请翻译一下 ‘Insufficient memory’

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发表于 Post on 2022-6-25 18:42:13 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2022-6-25 18:35
请翻译一下 ‘Insufficient memory’

谢谢,我下意识看link,太感谢

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发表于 Post on 2022-6-25 20:10:13 | 只看该作者 Only view this author
1983984613 发表于 2022-6-25 09:26
老师,可能我表述的不是很清楚,我的问题就是,能量计算过渡态减去单体的能量太大,走的IRC左端的结构有 ...

首先一个问题,这个反应实验上已知可以发生吗?我不是说总反应,是说这一步反应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-25 20:16:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-6-25 20:21 编辑
1983984613 发表于 2022-6-25 16:47
不好意思啊,我问的是这个碳氮双键和水吸附的这个过程,反应在DMSO进行,温度为150度,我计算另一个铜催 ...

不明白你为什么要算水和C=N双键的作用,这个作用会比水和DMSO的氢键弱。而且DMSO说不定跟C=N双键也有差不多大小的作用,你用隐式溶剂模型未必体现出来。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-6-25 20:38:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-25 20:10
首先一个问题,这个反应实验上已知可以发生吗?我不是说总反应,是说这一步反应

总反应是一个互逆反应,之前也有文章研究这个,不过是氨基化合物通过两步H转移得到产物,所以我这个想的是水通过两步H转移的过程,得到产物,实验上得到的是逆反应的产物,我想通过证明正反应能垒太高解释实验的现象。

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发表于 Post on 2022-6-25 20:45:34 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-25 20:16
不明白你为什么要算水和C=N双键的作用,这个作用会比水和DMSO的氢键弱。而且DMSO说不定跟C=N双键也有差不 ...

其实我也不是算二者的相互作用,只不过我的过渡态的前一步有这么一个过程,反应是一个互逆反应,这个过程是正反应其中的一步,实验上是逆反应为主导,我想算清楚正反应的能垒来解释,正反应难进行的原因。

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发表于 Post on 2022-6-25 21:23:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-24 18:04
先做柔性扫描,确认是不是无垒反应

老师,您好,我今天做了三氟乙醇和OAc-之间的柔性扫描,结果如图所示,想问一下老师,这可以证明是OAc-无法夺走三氟乙醇的氢吗?

图片2.jpg (174.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

图片2.jpg

图片2.tif

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发表于 Post on 2022-6-25 21:26:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-24 18:04
先做柔性扫描,确认是不是无垒反应

老师,您好,我今天做了三氟乙醇和OAc-之间的柔性扫描,结果如图所示,想问一下老师,这可以证明是OAc-无法夺走三氟乙醇的氢吗?

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发表于 Post on 2022-6-25 21:35:13 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-25 14:23
老师,您好,我今天做了三氟乙醇和OAc-之间的柔性扫描,结果如图所示,想问一下老师,这可以证明是OAc-无 ...

扫的距离不够,至少要扫到O和H的范德华半径之和才行。
此外即便能量一直上升,也不代表不能夺走,而只是说明夺走在热力学上是不利的,且逆反应在动力学上极其有利。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-25 21:39:18 | 只看该作者 Only view this author
1983984613 发表于 2022-6-25 13:38
总反应是一个互逆反应,之前也有文章研究这个,不过是氨基化合物通过两步H转移得到产物,所以我这个想的 ...

你要说明实验为什么得到逆反应产物而不是正反应产物是吗?那应该用热力学来说明,不能用能垒说明。因为根据微观可逆性原理,正反应能垒高,逆反应能垒必然也高出相同的大小。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 22:16:43 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2022-6-25 17:41
各位老师,最近看了一篇文章,是关于FePO4计算的。使用的是crystal17,文中说用的基组是(VTZP),是ANO-RCC-V ...

看引用的文献24就知道不是ANO-RCC-VTZP
此文对基组的命名不合适,容易造成混淆。文献24对应的是def-TZVP之前的更老的一篇主要提出def-SVP的文章
这篇文章的基组选用不要效仿
CASTEP基于平面波计算,没有基组选用的概念,只有平面波截断能的概念。泛函可以先尝试用使用得最广泛的PBE,如果能搜到有其它什么文章证明有某泛函比这个更合适可以再考虑其它的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-6-25 22:34:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-25 21:39
你要说明实验为什么得到逆反应产物而不是正反应产物是吗?那应该用热力学来说明,不能用能垒说明。因为根 ...

谢谢老师,我是在算这个反应的机理,它们实验上说是一个互逆反应,逆反应占主导,现在我是在算正反应的机理,irc左端有个水与碳氮双键有吸附,然后经过过渡态完成氢转移。现在就是这个irc左端的吸附的结构不知道怎么算能量。

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发表于 Post on 2022-6-25 22:43:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-6-25 22:47 编辑
1983984613 发表于 2022-6-25 20:45
其实我也不是算二者的相互作用,只不过我的过渡态的前一步有这么一个过程,反应是一个互逆反应,这个过程 ...

你确定是水与碳氮双键的作用吗(这种情况别用”吸附“)?水与氮、氧形成氢键的作用可强多了。你的反应是氢原子转移还是质子转移?是氢原子转移则生成OH自由基,能量高的去了。如果是质子转移,则生成OH-阴离子,你用隐式溶剂模型也算不准。最后的最后,要确定的猜想是合理,否则算了半天算了个寂寞鸭。
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发表于 Post on 2022-6-25 23:20:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1983984613 于 2022-6-25 23:32 编辑
chands 发表于 2022-6-25 22:43
你确定是水与碳氮双键的作用吗(这种情况别用”吸附“)?水与氮、氧形成氢键的作用可强多了。你的反应是 ...

这是我的IRC右端的图

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