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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-25 23:30:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-25 21:35
扫的距离不够,至少要扫到O和H的范德华半径之和才行。
此外即便能量一直上升,也不代表不能夺走,而只是 ...

老师,如果扫描完整但是能量依旧升高,也是不能证明氢不容易被夺走吗?老师,那我该证明氢确实不容易被夺走?老师,逆反应在动力学上有利,是指在三氟乙醇溶剂中,HOAc的氢容易被三氟乙醇负离子夺走吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-26 00:03:44 | 只看该作者 Only view this author

%mem给得也太抠门了
仔细看下文了解该怎么设
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-6-26 03:34:42 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-25 16:30
老师,如果扫描完整但是能量依旧升高,也是不能证明氢不容易被夺走吗?老师,那我该证明氢确实不容易被夺 ...

首先你必须定义什么叫”容易“,把”容易“定义清楚了才能讨论怎么证明不容易被夺走。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-6-26 13:27:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,就说经过柔性扫描,在三氟乙醇溶剂中,OAc-夺氢的过程能量是升高的,夺氢反应是不利的,所以三氟乙醇不会被夺走氢,还是OAc-参与反应,而不是OAc-先夺走三氟乙醇的氢,三氟乙醇负离子参与反应,可以吗?

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发表于 Post on 2022-6-26 15:02:03 | 只看该作者 Only view this author
请问一下一般常见的团簇构建方法有哪些?

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发表于 Post on 2022-6-26 15:40:07 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-26 06:27
老师,就说经过柔性扫描,在三氟乙醇溶剂中,OAc-夺氢的过程能量是升高的,夺氢反应是不利的,所以三氟乙醇 ...

不行,因为不利的反应不是完全不能发生。
其实这个逻辑很简单,A直接夺B的氢,和A先夺C的氢、C再夺B的氢,两个过程在热力学上必然是同样有利的,而且一般来说质子转移在动力学上也很快,所以既然后者能走通,前者必然也能走通。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-26 15:57:01 | 只看该作者 Only view this author
请问,在优化由TS得到的产物时,①用TS结构里的Vibrations将其往产物方向拉一下②IRC产物方向,这两种方式哪一个作为计算的结构好?

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发表于 Post on 2022-6-26 16:33:51 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-26 08:57
请问,在优化由TS得到的产物时,①用TS结构里的Vibrations将其往产物方向拉一下②IRC产物方向,这两种方式 ...

计算时间方面(1)更快(因为不用算IRC),计算的可靠度(2)更好。对于足够简单的反应,两种做法等价。对于反应途径比较复杂的反应,比如有bifurcation的反应,从同一个过渡态可能得到两种产物的情形,两者的结果可能不一样。此时后者得到主产物的可能性大一点,但是这种情况下为了确定无误地确认主产物,必须做AIMD,光有IRC结果是不够的。

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-26 23:53:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-26 15:40
不行,因为不利的反应不是完全不能发生。
其实这个逻辑很简单,A直接夺B的氢,和A先夺C的氢、C再夺B的氢 ...

老师,我有算了一下三氟乙醇负离子直接夺有机物氢的过渡态,能垒为13.7kcal/mol,而OAc-先夺有机物氢的过渡态为7kcal/mol,有机物再夺三氟乙醇氢的过渡态能垒为13.9kcal/mol,由此我们可以证明三氟乙醇负离子直接夺有机物氢是可以发生的,并且能垒较低吗?但是没有办法让三氟乙醇变成三氟乙醇负离子,这个过程是不利的

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发表于 Post on 2022-6-27 03:00:03 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-26 16:53
老师,我有算了一下三氟乙醇负离子直接夺有机物氢的过渡态,能垒为13.7kcal/mol,而OAc-先夺有机物氢的过 ...

可以,但是这个和你要证明的问题没关系吧
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-27 05:02:52 | 只看该作者 Only view this author
XYHhhh 发表于 2022-6-26 15:02
请问一下一般常见的团簇构建方法有哪些?

看具体什么团簇,不同类型团簇构建方式截然不同
往往团簇要用构型搜索,例如下文所示的例子,而具体怎么搜索最恰当也看体系特征
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

也有的原子团簇是已知结构的,可以直接在超胞基础上切割得到,也有的类型团簇专门有现成的生成程序
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发表于 Post on 2022-6-27 09:14:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-27 03:00
可以,但是这个和你要证明的问题没关系吧

老师,我一开始设计OAc-先夺有机物的氢,然后有机物夺三氟乙醇的氢,变成三氟乙醇负离子参与反应,而审稿人问的就是为什么不直接让OAc-夺了三氟乙醇的氢,然后三氟乙醇负离子再参与反应。可是咱们算的结果是OAc-不容易夺三氟乙醇的氢,就很难产生三氟乙醇负离子,以至于无法发生后续反应

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发表于 Post on 2022-6-27 10:46:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-27 05:02
看具体什么团簇,不同类型团簇构建方式截然不同
往往团簇要用构型搜索,例如下文所示的例子,而具体怎么 ...

请问钙钛矿团簇可以用您提到的genmer/molclus方法构建嘛

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发表于 Post on 2022-6-27 15:12:40 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-6-27 02:14
老师,我一开始设计OAc-先夺有机物的氢,然后有机物夺三氟乙醇的氢,变成三氟乙醇负离子参与反应,而审稿 ...

还是那个问题:什么叫容易?
你把【OAc-先夺有机物的氢,然后有机物夺三氟乙醇的氢】的总自由能变算一下,再把【OAc-夺三氟乙醇的氢】的总自由能变算一下,你会发现两者是相等的。所以如果后者不容易,那么前者也同样不容易。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-27 18:18:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 taotaoguo 于 2022-6-27 18:37 编辑

各位老师好,我计划进行改性淀粉材料对有机染料分子的吸附过程计算,我现在使用的是Gaussian计算软件,将改性淀粉分子的片段与染料分子输入高斯进行结构优化。
但是今天有一名外校的老师来我们学校进行讲座,他是做矿物浮选的,使用的是MS计算软件。他说我做吸附使用MS更好,Gaussian算出来的结果不准,这是说我的吸附过程应该使用MS进行计算吗?使用Gaussian真的算不准吗?这是我第一次听到这个说法,请问各位老师们为我答疑解惑,非常感谢!补充:现有的天然高分子材料(纤维素,淀粉,壳聚糖)作为吸附剂的相关论文中,无论使用的是MS计算软件还是Gaussian计算软件,均是仅考虑高分子中2-4个重复单元来进行结构优化,我输入Gaussian的淀粉分子有4个重复单元(4个糖残基)

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羧甲基纤维素,2个重复单元(MS)

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纤维素-壳聚糖,2个重复单元(Gaussian)

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