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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-28 14:00:38 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 02:56
我感觉我要算的体系也可能是二聚体催化,因为不涉及自由基的历程。
但是如果是二聚体,体系就太大了,算 ...

如果实际体系是二聚体,宁可降低理论级别算二聚体,也不要在高理论级别下算单体。聚合度远比理论级别更重要。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-28 15:44:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 14:00
如果实际体系是二聚体,宁可降低理论级别算二聚体,也不要在高理论级别下算单体。聚合度远比理论级别更重 ...

谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体,能不能把另一半简化成醋酸铜结构?因为单体就有接近200个原子,算完整的二聚体感觉太吃力。

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发表于 Post on 2022-6-28 16:14:46 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 15:44
谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体, ...

你都说二价铜了,Cu(OAc)2怎么会是自由基呢?你的单体是什么呀?
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发表于 Post on 2022-6-28 16:22:46 | 只看该作者 Only view this author

求助!混合基组做频率计算是否需要输入频率校正因子?

本人在用gaussian做TMGa计算时,分子中的C、H采用的是B3LYP/6-31G*,Ga采用的是LanL2DZ,为获得较准确的热力学数据,如:吉布斯能等,是否需要在做频率计算时加入频率校正因子?如果需要加入频率校正因子,应该如何操作?输出文件中的热力学数据应该如何处理?请论坛内的高手们指点一下,万分感谢!

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发表于 Post on 2022-6-28 16:37:33 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-28 16:14
你都说二价铜了,Cu(OAc)2怎么会是自由基呢?你的单体是什么呀?

醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程。
二价铜自旋多重度2,算出来不是双重态吗?

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发表于 Post on 2022-6-28 17:06:23 | 只看该作者 Only view this author
kenhe 发表于 2022-6-28 09:22
本人在用gaussian做TMGa计算时,分子中的C、H采用的是B3LYP/6-31G*,Ga采用的是LanL2DZ,为获得较准确的热 ...

参见http://sobereva.com/221
虽然加校正因子比不加更好,但是不加也不算错,因为校正因子的影响很可能小于计算方法本身的误差

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-28 17:09:16 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 09:37
醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程 ...

一般的过渡金属配合物,如果没有类似有机自由基的反应性(自由基加成反应、原子攫取反应)的话,即便有单电子也一般不叫自由基。所以Cu(OAc)2、FeCl3等等一般不认为是自由基,但个别过渡金属配合物,比如说卟啉铑(II),可以叫做(金属)自由基。
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发表于 Post on 2022-6-28 17:12:25 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 08:44
谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体, ...

看到你说了外加了配体,那Cu(OAc)2在催化条件下可能会因为和外来配体配位而解聚成单体。最好在实验上搞清楚Cu是单体还是二聚体,比如用EPR之类的手段。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-28 17:15:02 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 16:37
醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程 ...

呃。。。在醋酸铜二聚体中两个Cu(II)原子自旋相反,自旋多重度为1。至于你的体系要不同时考虑高自旋和低自旋情况,我不知也。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-6-28 20:51:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 17:12
看到你说了外加了配体,那Cu(OAc)2在催化条件下可能会因为和外来配体配位而解聚成单体。最好在实验上搞清 ...

实验现象是加入膦配体可以减慢反应速率,一定程度提高对映选择性,看来很有可能像您说的解聚
如果单体还可以尝试算一下,二聚体的话直接放弃了,算不动

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发表于 Post on 2022-6-28 20:55:34 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-28 17:15
呃。。。在醋酸铜二聚体中两个Cu(II)原子自旋相反,自旋多重度为1。至于你的体系要不同时考虑高自旋和低 ...

二聚体我知道啊,两个Cu未成对电子正好成对
前面不是说的单体嘛

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发表于 Post on 2022-6-28 22:06:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 17:06
参见http://sobereva.com/221
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感谢您的回复。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 01:52:48 | 只看该作者 Only view this author
小小小白 发表于 2022-6-28 12:03
请教各位大佬,表面吸附两个分子,现在想计算这两个分子之间的相互作用能,对于这个体系,能量应该怎么算? ...


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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 01:54:29 | 只看该作者 Only view this author
XYHhhh 发表于 2022-6-27 10:46
请问钙钛矿团簇可以用您提到的genmer/molclus方法构建嘛

不适合
应当在钙钛矿晶体足够大的超胞基础上进行切割产生,视实际环境而定,表面还可能需要一些处理。先多看看相关文献里的模型
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发表于 Post on 2022-6-29 10:17:02 | 只看该作者 Only view this author

结构优化l,输出log文件说明


想要明白结构优化输出文件各行都代表什么意思,请问各位老师可以去哪了解这些内容,网上搜索过了,能力有限没有搜索到详细的说明。

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