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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-29 14:18:49 | 只看该作者 Only view this author
不要纯靠搜索,要靠理解。把它当成英文阅读理解来看,如果看不懂就划词翻译,结合量化基本理论来理解,大部分你都是可以看懂的。而不要不经理解里面的英文就直接拿来搜。
此外有少部分内容本来就不是让一般用户看懂的,而是给高级用户看的额外信息,一般用户即使看不懂也没什么损失。但这种输出内容一般只是少数。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-29 14:32:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-29 14:18
不要纯靠搜索,要靠理解。把它当成英文阅读理解来看,如果看不懂就划词翻译,结合量化基本理论来理解,大部 ...

好的,谢谢老师提供思路

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发表于 Post on 2022-6-29 19:56:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 忘不掉的回忆 于 2022-6-29 20:08 编辑

请问老师,我做团簇构型搜索优化用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**,算弱相互作用能用M06-2X-D3/6-311+G**可以吗?
团簇构型是不同的萃取剂和共沸物做优化
算弱相互作用能时考虑了BSSE校正,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-29 20:26:40 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-6-29 12:56
请问老师,我做团簇构型搜索优化用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**,算弱相互作用能用M06-2X-D3/6-311+G**可以吗?
...

可以,但是因为单点能即便加大基组一般也比opt+freq快,所以不如用更高精度的方法算单点能,比如用双杂化泛函乃至DLPNO-CCSD(T)。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-30 08:37:49 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,在溶剂模型下考虑BSSE时,按照sob老师在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》中所说的方法,“在气相下做counterpoise计算得到E_BSSE”,此时是用溶剂模型下优化的结构在气相下计算BSSE还是在气相下优化之后的结构计算BSSE?

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发表于 Post on 2022-6-30 12:43:57 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,在算基态氧气与有机物自由基的加成反应过渡态,如图。已经分别在ub3lyp/sto-3g scrf(SMD,solvent=water)(附件1)以及 m062x/sto-3g(附件2)算出来了,但是换成m062x/6-311g**算不出来,做过扫描(附件3),但不知哪里不对,能量是一直降的,这种怎么处理呀。

@8L7}I]`]1L6N6HZ`VUI`R0.png (79.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

@8L7}I]`]1L6N6HZ`VUI`R0.png

加成过渡态.rar

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发表于 Post on 2022-6-30 14:35:47 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-30 05:43
大佬们,在算基态氧气与有机物自由基的加成反应过渡态,如图。已经分别在ub3lyp/sto-3g scrf(SMD,solvent=w ...

首先这个反应本来就未必有过渡态,所以找不到过渡态未必是错的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-30 14:48:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-30 14:35
首先这个反应本来就未必有过渡态,所以找不到过渡态未必是错的

但是我在低水平的机组下算出来的振动方向符合麻烦老师您给看下?以上是log文件

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发表于 Post on 2022-6-30 15:26:05 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-30 14:48
但是我在低水平的机组下算出来的振动方向符合麻烦老师您给看下?以上是log文件

STO-3G不保证定性正确,尤其是有孤对电子的时候,比如这里的N、O、F,不带极化函数的结果是没法用的,算出各种不靠谱的重原子迁移都不奇怪

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发表于 Post on 2022-6-30 15:33:54 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-6-30 15:26
STO-3G不保证定性正确,尤其是有孤对电子的时候,比如这里的N、O、F,不带极化函数的结果是没法用的,算 ...

好的,谢谢您,学到了,我一般都是自己手摆一下,用sto-3g算一下,然后再用高级的机组算,这次确实失灵了。。。。

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发表于 Post on 2022-6-30 16:34:31 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-30 07:48
但是我在低水平的机组下算出来的振动方向符合麻烦老师您给看下?以上是log文件

这个不说明任何问题。有可能这个反应在低理论级别下有能垒,但是高理论级别下无能垒,此时就会出现低级别不仅能优化出来、振动方向乃至IRC也符合直观预期,但是高级别优化不出来的情况。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-30 16:37:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-30 16:34
这个不说明任何问题。有可能这个反应在低理论级别下有能垒,但是高理论级别下无能垒,此时就会出现低级别 ...

好的,学习了,谢谢

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发表于 Post on 2022-7-1 10:49:14 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师的回复

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发表于 Post on 2022-7-1 18:31:41 | 只看该作者 Only view this author

请问6-311g**需要引用哪几篇文献

如题,小白我没找到引用的文献,求大家帮忙

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-1 20:12:51 | 只看该作者 Only view this author
Marucs 发表于 2022-7-1 18:31
如题,小白我没找到引用的文献,求大家帮忙

写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370http://bbs.keinsci.com/thread-5593-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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