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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-19 12:29:43 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-8-18 21:39
请问MPW2PLYP-D3(BJ)在G16中使用时,输入文件应怎么写?曾尝试输入em=GD3BJ MPW2PLYP 会提示找不到s8参数

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-8-19 15:57:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-18 20:13
有的时候是必须先脱氢、得到孤对电子才能配位。还有的情形(比如我上个帖说的后一种情况),脱氢对于配位 ...

好的,学到了,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-19 16:03:52 | 只看该作者 Only view this author
请问利用guassian计算的时候,可以算出各个轨道的排布和能级吗?比如算乙醇分子的成键轨道或者反键轨道的形式和能量?

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发表于 Post on 2022-8-19 19:54:44 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下各位老师有没有算过La离子和Th离子的频率呢?我想算La离子的单点能先算频率的时候发现报错了下面是我的输入文件和报错信息,麻烦各位老师解答一下
输入文件:
%chk=C:\Users\sxs\Desktop\MCK\La\la.chk
# freq b3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(solvent=water) geom=connectivity

Title Card Required

3 1
La                -0.91304349    0.86956520    0.00000000

1

202208191954347833..png (15.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202208191954347833..png

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发表于 Post on 2022-8-19 20:26:49 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-19 12:54
我想请问一下各位老师有没有算过La离子和Th离子的频率呢?我想算La离子的单点能先算频率的时候发现报错了下 ...

报错信息已经写得很清楚了,6-31++g(d,p)不支持La、Th。
http://sobereva.com/336了解应该给La、Th选什么基组。此外必须对La、Th做显式溶剂化,你这样直接把裸的阳离子放进隐式溶剂水里面算是不行的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-8-19 20:28:17 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-19 09:03
请问利用guassian计算的时候,可以算出各个轨道的排布和能级吗?比如算乙醇分子的成键轨道或者反键轨道的形 ...

https://www.youtube.com/watch?v=t0kTVRXXi84
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-8-19 22:02:44 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian自由度差值问题

我用高斯计算
自由度能量差值是反应物减去生成物
我用低精度HF/3-21G基组方法计算后,△E<0,△H<0,△G<0,但是接下来分子构型没有变换的情况下,用高精度B3LYP/6-311+G(d)后,计算的△E,△H还是小于零,但是△G>0,请问怎么解决,我提高了温度还是一样的结果,请高手帮忙

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发表于 Post on 2022-8-19 22:30:43 | 只看该作者 Only view this author
自由度(degree of freedom)和自由能(free energy)是两码事,不要混淆。自由度是描述体系所需的独立变量的数量,自由能是体系能对外做的最大非体积功。
HF/3-21G根本不能用。

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-20 05:37:04 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-19 16:03
请问利用guassian计算的时候,可以算出各个轨道的排布和能级吗?比如算乙醇分子的成键轨道或者反键轨道的形 ...

没有叫guassian的程序

任何量子化学程序都可以
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发表于 Post on 2022-8-20 09:44:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AnnaFreeman 于 2022-8-20 09:45 编辑

我想请教一下关于用gaussian将chk文件转成fch时报错的问题。用的 gaussian版本为Gaussian 16 Revision A.03 Win64,default文件中mem开始设置为8GB,做td-dft计算后得到的chk文件为1.45GB
,拖入gaussian中马上就提示报错窗口”2059 can't allocate memory can’t malloc”. 后根据sob老师关于安装gaussian的文章中所说,我将default文件中mem设置分别改成了4GB和1300MB后重新计算,但在拖入chk文件转换时依然同样报错。想请问各位这种情况如何解决。另外还有一点疑惑,如果是default文件设置的问题,为何我在同样mem=8GB的设置下,计算出的其他分子的chk文件在转换时就没有报错呢?(没有报错的chk文件比较小,不到1GB)

A4138BFA-6BEF-41B6-A2FF-CD9896F69ACF.png (370.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2022-8-20 10:31:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-20 05:37
没有叫guassian的程序

任何量子化学程序都可以

好的,谢谢老师,输错了不好意思

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发表于 Post on 2022-8-20 15:48:39 | 只看该作者 Only view this author
the Lorentz–Lorenz equation方程中的摩尔体积如何得到呢Vm?并且为什么文献中给出的Vm/a.u.(单位为什么是这个呢?)
n^2-1/n^2+2=4PI*<alpha>/3Vmol

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发表于 Post on 2022-8-20 16:41:35 | 只看该作者 Only view this author

出现这个这是什么意思?

大家好 今天第一次在课题组的电脑上进行模拟计算?然后我把log文件传到自己的电脑上看计算结果,打不开,不太懂是什么原因导致的,版本不合适吗?需要怎么解决呢?

e81dacb48aca66e41f0848f0870626d.jpg (39.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

e81dacb48aca66e41f0848f0870626d.jpg

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发表于 Post on 2022-8-20 18:09:32 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-20 21:18:54 | 只看该作者 Only view this author
AnnaFreeman 发表于 2022-8-20 09:44
我想请教一下关于用gaussian将chk文件转成fch时报错的问题。用的 gaussian版本为Gaussian 16 Revision A.03 ...

formchk这样的Gaussian自带工具需要用GAUSS_MEMDEF环境变量指定可调用的内存上限,参看http://sobereva.com/435里关于GAUSS_MEMDEF的描述。default文件里-M-只管Gaussian自己,而不管Gaussian自带的工具。
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