简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-6-29 11:37:29

对于A+B=C+D类型的反应，如何寻找过渡态。目前反应物与生成物的结构都已经优化好了，问题如下：
（1）反应物A+B与生成物C+D之间的差别有点大，所以原子匹配后空间位移太大，请问能不能调整调整反应物与生成物之间位置（旋转），怎么精确调整，屏幕操作感觉不精确
（2）QST2搜索失败后，提示用QST3来搜索，我就在DMol3中跑了一个过渡态出来，确定原子是匹配的，放到Gaussian里面跑了很久后收敛了，得到的过渡态已经完全看不出反应物与生成物的样子了，结果我在进行IRC的时候果然得到的结果只是在过渡态周围的微小变化的结构
请问老师们，对于这种问题应该如何去处理

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-29 22:06:02

dark_cosmos 发表于 2016-6-29 11:37
对于A+B=C+D类型的反应，如何寻找过渡态。目前反应物与生成物的结构都已经优化好了，问题如下：
（1）反应 ...

这种情况只能凭化学直觉摆出一个TS初猜来，没具体情况没法说。如果看起来反应物和产物差异特别大，不是基元反应都有可能。
这种情况更别指望QST2了，还是自己给初猜位移。

zhanfei · 发表于 Post on 2016-6-30 11:25:06

请问如何算一个激发态的吸收谱，既如何设置一个指定激发态（非最低3重态的情形）的tddft计算？比如这种情况MLCT激发后原来的Mental原子上的HOMO变成LOMO，多了一些激发，而Ligand原来的一些基态空轨道被占据了，少了一些特定激发。十分感谢
此致

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-30 12:21:36

zhanfei 发表于 2016-6-30 11:25
请问如何算一个激发态的吸收谱，既如何设置一个指定激发态（非最低3重态的情形）的tddft计算？比如这种情况 ...

没听说过激发态的吸收谱，吸收都是从基态进行的，一次计算一批激发态

zhanfei · 发表于 Post on 2016-6-30 12:39:16

本帖最后由 zhanfei 于 2016-6-30 12:43 编辑

sobereva 发表于 2016-6-30 12:21
没听说过激发态的吸收谱，吸收都是从基态进行的，一次计算一批激发态

因为价层激发和1s 2p激发都是用的tddft，有人在MLCT的价层激发态上算2p激发的吸收谱，不过没写如何设置的DOI: 10.1021/ja5040733，如果只是自旋多重度设高，也不能保证是一个MLCT态。请问sob sennsei，有没有可以设置特定轨道空，特定虚轨道占据的方法？谢谢

diaolanxinyu · 发表于 Post on 2016-6-30 17:58:59

请教一下scan扫描的问题：如图所示分子结构，我想让苯环绕着C1-C12轴转动的scan扫描，我的设置如下，结果只有某个氢原子转动，请大家看一下，非常感谢！！

diaolanxinyu · 发表于 Post on 2016-6-30 18:04:55

这是从小木虫找到的一个例子，我也是做类似这种scan扫描，但是没有看明白为何输入文件这样设置就可以实现苯环旋转的scan扫描，麻烦大家看一下，谢谢！

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-6-30 18:27:33

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2016-6-30 18:30 编辑

内坐标相互联系你要仔细选择他的D25定义在c上的一个变了其它跟着变

不过感觉一般做柔性扫描更有用啊？

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-6-30 18:43:15

sobereva 发表于 2016-6-29 22:06
这种情况只能凭化学直觉摆出一个TS初猜来，没具体情况没法说。如果看起来反应物和产物差异特别大，不是基 ...

谢谢Sob老师，计算的是碳酸氢根分解的反应，听Sob老师这么说，也是恍然大悟，这不是个基元反应啊。
现在不清楚这种多级反应的活化能怎么计算，是不是分别计算几级然后看看反应物与最高点的能量差

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-6-30 19:13:59

现在看到小木虫三个字就浑身难受

melotus · 发表于 Post on 2016-6-30 19:54:23

我本是个娃娃发表于 2016-6-30 19:13
现在看到小木虫三个字就浑身难受

small wood bug

niubaotian85 · 发表于 Post on 2016-6-30 21:04:06

新手求助，我想算77k，2atm下的频率，从而看热力学的数据，按着高斯说明书，一直出不来，sob老师，麻烦问一下哪里出问题了呢？
%Chk=freq
%NoSave
# B3lyp/6-311+G(d) Geom=Check Guess=Read Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)
Frequencies at 77 K

0 2

77.0 2.0

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-30 21:40:35

Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l202.exe at Thu Jun 30 16:34:52 2016.
这个错误怎么解决？
这是输入及输出文件

管理员注：回复在1679L

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-6-30 21:50:33

本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-6-30 21:54 编辑

185号原子和153号原子重合了。
将结构调整合理（本例删掉一个即可）后重新计算。
另，虽然具体配置不知道，12核，187个原子，6-31g(d,p)，做好打持久战的准备。

diaolanxinyu · 发表于 Post on 2016-6-30 22:28:37

KiritsuguPapa 发表于 2016-6-30 18:27
内坐标相互联系你要仔细选择他的D25定义在c上的一个变了其它跟着变

不过感觉一般做柔性扫描更有用啊？ ...

尝试了好多次都不行，麻烦大家再帮忙看一下，谢谢！

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