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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 12:56:24 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-9-10 11:48
请问离子的水合半径这个一般是要怎么计算的呢?有没有老师可以给点意见

无外乎要么用量子化学优化带水配体的配合物然后用Multiwfn计算分子半径(参考《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》http://sobereva.com/190),要么跑从头算动力学然后考察rdf之类结构参数指标
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 12:57:12 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-9-10 12:05
请问,我在用这个计算反应速率的表格时(http://sobereva.com/310),有的反应的过 ...

过渡态和反应物的电子能量各是多少?

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发表于 Post on 2022-9-10 15:18:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-10 12:57
过渡态和反应物的电子能量各是多少?

谢谢呢。反应物-1224.183386(-1148.441407-75.741979),过渡态-1224.186323。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 15:21:46 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-9-10 15:18
谢谢呢。反应物-1224.183386(-1148.441407-75.741979),过渡态-1224.186323。

明显过渡态算得有问题
要么数据弄错了,要么这个过渡态和这个反应物不直接相连(跑IRC判断),要么反应物收敛到了不稳定波函数
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发表于 Post on 2022-9-10 15:23:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-10 15:21
明显过渡态算得有问题
要么数据弄错了,要么这个过渡态和这个反应物不直接相连(跑IRC判断),要么反应 ...

好的,谢谢,我先排查下过渡态的问题

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发表于 Post on 2022-9-10 16:52:44 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问s1态和t1态之间的能量差是基于相同的初始结构进行单点计算再相减得到吗?我优化了结构相近的几个分子,s1和t1态的优化用的关键词分别是#p b3lyp/genecp td opt freq和#p b3lyp/genecp td(triplets) opt freq,s1和t1态的初始结构相同,但这些分子中有一半都出现了t1能量高于s1的情况,我看http://bbs.keinsci.com/thread-4648-1-1.html这篇帖子上sob老师说T1比S1能量低只对于结构相同的情况才总有这种关系,那我想要求s1和t1能量差应该不优化结构而只做单点计算?请各位老师解惑

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发表于 Post on 2022-9-10 18:41:28 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-9-10 09:52
各位老师好,请问s1态和t1态之间的能量差是基于相同的初始结构进行单点计算再相减得到吗?我优化了结构相近 ...

S1和T1作差,有时需要用同一个结构,有时需要用各自的平衡结构,有时需要用其他结构,具体用什么结构取决于你的研究目的,不能笼统说必须用同一个结构或者必须用不同的结构。参见https://gitlab.com/jxzou/qcinsta ... 9%97%AE%E9%A2%98.md
此外,即使在同一个结构下,T1的能量也有可能比S1高。但是这个不怪sob老师,因为他那个帖子是2016年的,而T1比S1高的分子基本都是近几年才发现的。参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.1c10492?ref=PDF
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-9-10 19:12:46 | 只看该作者 Only view this author
请问有没有老师做过离子在氧化石墨烯膜之前的扩散作用的相关模拟?这类计算是不是用分子动力学计算比较好呢?

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发表于 Post on 2022-9-10 19:34:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-10 18:41
S1和T1作差,有时需要用同一个结构,有时需要用各自的平衡结构,有时需要用其他结构,具体用什么结构取决 ...

那像DOI: 10.1021/acs.inorgchem.2c01063 的SI 第12页 表5等类似表格中S1态和T1态能量是如何得到的呢?只做单点计算不用优化结构?

202209101933348710..png (32.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2022-9-10 20:00:12 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-9-10 12:34
那像DOI: 10.1021/acs.inorgchem.2c01063 的SI 第12页 表5等类似表格中S1态和T1态能量是如何得到的呢?只 ...

这个看上下文决定,文章必然已经明确说清楚了
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发表于 Post on 2022-9-10 20:15:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-10 20:00
这个看上下文决定,文章必然已经明确说清楚了

好的,这篇原文computation detail中说 At the same level, the nature of excited singlet and triplet states, including the excitation energy and nature transition orbitals were evaluated using time-dependent density functional theory (TD-DFT). 这就是指没有进行结构优化吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 20:54:21 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-9-10 19:12
请问有没有老师做过离子在氧化石墨烯膜之前的扩散作用的相关模拟?这类计算是不是用分子动力学计算比较好呢 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 20:55:47 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-9-10 20:15
好的,这篇原文computation detail中说 At the same level, the nature of excited singlet and triplet  ...

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发表于 Post on 2022-9-11 11:30:01 | 只看该作者 Only view this author
各位我想问一个可能很幼稚的问题 s-1和cm3molecule-1s-1如何转化,希望各位给予解答(同时我也在百毒查询中)

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发表于 Post on 2022-9-11 13:14:28 | 只看该作者 Only view this author

依然感谢sob老师和wzk老师的指导

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