简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

chands · 发表于 Post on 2022-9-11 15:21:40

lm1997 发表于 2022-9-11 11:30
各位我想问一个可能很幼稚的问题 s-1和cm3molecule-1s-1如何转化，希望各位给予解答（同时我也在百毒查询中 ...

这个没法转化，一个是一级反应的速率常数，一个是二级反应的速率常数，除非某个反应物浓度基本不变，是准一级反应。

lm1997 · 发表于 Post on 2022-9-12 09:18:56

chands 发表于 2022-9-11 15:21
这个没法转化，一个是一级反应的速率常数，一个是二级反应的速率常数，除非某个反应物浓度基本不变，是准 ...

好的十分感谢

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-13 11:30:26

关于图片里的计算方法，我的理解不知道是否正确，另外也有一些问题想要请教各位老师。①如何理解“为了量化通过过渡态区域的最小反应通量，通常需要两部分之间的相互作用势。”？对于这个R+O2反应是沿着R--OO反应坐标扫描的意思吗？②使用CASSCF(7e,5o)/cc-pVDZ方法沿着R--OO扫描，并且计算扫描曲线上每个点的频率，在通过MRCI(7e,5o)方法在 cc-pVDZ、cc-pVTZ基组计算的能量外推到CBS，得到多参考方法计算的MRCI(7e,5o)/CBS多参考能量；③因为势能面上其他结构的能量都是单参考方法计算的。需要将MRCI多参考能量与QCISD(T）单参考能量进行修正，单、多参考计算能量的缩放因子如何得到呢？

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-9-13 11:49:30

用ccsd(t)算IRC,出现No analytic 2nd derivatives for this method.这一行报错，下面是输入的gjf文件和报错截图，求大家指正。所用基组是CC-PV(Q+d)Z;想测试一下ccsd(t)这个泛函的表现，所以大家尽量不要建议我换一个泛函~

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-13 12:51:17

Jennifer-J 发表于 2022-9-13 11:49
用ccsd(t)算IRC,出现No analytic 2nd derivatives for this method.这一行报错，下面是输入的gjf文件和报错 ...

不要在没有充分的理论知识下做测试。注意看下文。CCSD(T)不是ccsd(t)，而且也根本不是泛函
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554（http://bbs.keinsci.com/thread-17826-1-1.html）

CCSD(T)没有二阶解析导数，在Gaussian里极难跑出来IRC，更没法结合calcfc。别做这种无意义的测试了
当前体系又没什么复杂的，用个B2PLYP-D3(BJ)跑的IRC都妥妥的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-13 20:58:30

请问如何用molpro进行键长的柔性扫描呢？在高斯的关键词是opt=modredundant，molpro里如何设置呢，大家有没有模板输入文件参考一下，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-14 03:15:49

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-13 20:58
请问如何用molpro进行键长的柔性扫描呢？在高斯的关键词是opt=modredundant，molpro里如何设置呢，大家有没 ...

这种问题应当单独发主贴问

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-14 03:19:34

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-13 11:30
关于图片里的计算方法，我的理解不知道是否正确，另外也有一些问题想要请教各位老师。①如何理解“为了量化 ...

复杂且字多的问题应当单独发主贴问

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-14 09:43:25

sobereva 发表于 2022-9-14 03:19
复杂且字多的问题应当单独发主贴问

抱歉已发布，下次会注意

bxpu · 发表于 Post on 2022-9-14 15:48:42

各位老师好！我在用polyrate进行速率系数计算时遇到时，CVT的计算结果在400K-500K出现了突变，如图一，我查看了fu6输出文件，发现这部分比较奇怪，如图二，我想问一下我计算出现问题的原因可能是什么吗？

好兄弟 · 发表于 Post on 2022-9-14 17:34:31

sobereva 发表于 2022-9-10 20:55
是

老师，那我想进行文中的计算得到s1和t1能量应该在优化好的s0结构上直接做单点计算?s1态和t1态除了分别添加关键词td和td(triplets)外还需要添加哪些关键词呢？

0A0 · 发表于 Post on 2022-9-14 19:56:00

我用服务器下的g09D01进行MCPB.py产生的小模型的结构优化，过程中产生的.log文件从服务器上下载到个人电脑端，用win下的Gauss View 查看时总是报错，报错如图。尝试过gv版本5和6，均会报错。想请教各位大佬，可以怎样解决这个问题?

xiayu1985 · 发表于 Post on 2022-9-14 21:33:05

本帖最后由 xiayu1985 于 2022-9-15 09:04 编辑

各位老师，我在真空环境下找到了过渡态结构，当我在简单结构的基础上添加溶剂模型（scrf(PCM,solvent=anisole) ）该结构可以收敛（sample.log），但是当我在该结构上添加一个苯环后再优化后log文件（add ring.log）里面好多NaN（如图）,优化的各个点能量好像是一样的（如图），我强行结束了。简单结构和加苯环的结构（见压缩包，太大了）在真空条件下结构相似，容易收敛。如果把PCM换成SMD也是如此。不知道这是为什么？计算任务是：opt=(calcfc,noeigentest,ts,gdiis) freq scrf(PCM,solvent=anisole) pbe1pbe/GenEcp Temperature=323.15

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-9-14 22:43:22

文件压缩后上传

chands · 发表于 Post on 2022-9-15 00:21:52

xiayu1985 发表于 2022-9-14 21:33
各位老师，我在真空环境下找到了过渡态结构，当我在简单结构的基础上添加溶剂模型（scrf(PCM,solvent=aniso ...

你的sample.log这一步也没收敛啊，最后还再算。连振动分析都没有
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000941    0.000450    NO
RMS    Force          0.000221    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.454171    0.001800    NO
RMS    Displacement    0.106404    0.001200    NO
Predicted change in Energy=-4.642259D-04

你的Ni是Ni(III)吗？我感觉电荷1自旋多重度1不对劲。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

用ccsd(t)算IRC,出现No analytic 2nd derivatives for this method.这一行报错

请教用Gauss View无法打开优化过程中产生的log文件可能有什么原因

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