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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-15 02:51:55 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-9-14 17:34
老师,那我想进行文中的计算得到s1和t1能量应该在优化好的s0结构上直接做单点计算?s1态和t1态除了分别添 ...

该说的这里都说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-15 05:07:00 | 只看该作者 Only view this author
0A0 发表于 2022-9-14 19:56
我用服务器下的g09D01进行MCPB.py产生的小模型的结构优化,过程中产生的.log文件从服务器上下载到个人电脑 ...

这种问题不上传文件根本没法说
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发表于 Post on 2022-9-15 09:05:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-9-15 10:42 编辑
chands 发表于 2022-9-15 00:21
你的sample.log这一步也没收敛啊,最后还再算。连振动分析都没有
         Item               Value    ...

尝试了好几种方式,搞乱了,上传错了,已经重新压缩上传。镍有两个电荷,还有一个负电荷的阴离子。老家各位大仙回头看一下!

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发表于 Post on 2022-9-15 11:06:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-15 05:07
这种问题不上传文件根本没法说

老师您好,附件是我的log文件,尝试用了g09A01和g09D01两种版本跑,得到的log日志都无法用gv5/6打开,提示报错位置基本都在CLR那行,我猜测是不是我优化提供的结构文件存在问题,但这个文件是MCPB.py生成的,不知道是哪个环节存在问题。还请老师指点,十分感谢! g09d01 (2).zip (94.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2022-9-15 15:41:29 | 只看该作者 Only view this author
老师好,
有多个构象的时候该怎么选取?
我计算了在meso位接四个苯环的卟啉,苯环和卟啉之间几何优化后可以相互垂直也可以呈大概70°,两个构象没有虚频,而且能量差距很小,只有0.0005hatree左右。
几何优化和频率计算用的都是# opt freq rb3lyp/def2TZVP em=GD3BJ;我不放心,而且之后还要用下面的泛函和基组算超极化率,我就顺便用#p cam-b3lyp/aug-cc-pvdz SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12 算了单点,确实差的很少。那么该怎么选呢?因为我看的很多非线性光学的文献都不会给两个构象,我一开始都没意识到还有构象的区别。这个也会影响我最终的结果吧,我要算非线性光学系数,感觉不能乱选。
还有就是,共轭环在计算中一定会保持平面吗?
这是一篇实验为主的文献给出的化合物,这个化合物是可以通过氧化在芳香性和反芳香性之间切换,上面我算的是反芳香性的,文章本身也做了一些计算,计算级别跟我一样,给出的是苯环和卟啉相互垂直,而且卟啉保持平面,但我计算的结果跟他不一样。
我的结果是:在苯环和卟啉相互垂直的情况下,苯环和卟啉保持了平面;但是在苯环和卟啉呈70°的时候,卟啉环被扭曲了,用guassview的工具随便测了几个卟啉上的点,最大的二面角大概有不到20°;我计算原理掌握不深,感觉在计算的时候不会专门考虑共轭环的平面,这个感觉是对的吗?跟他的结果不一样让我很纠结

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发表于 Post on 2022-9-15 21:17:30 | 只看该作者 Only view this author
星纹c 发表于 2022-9-15 08:41
老师好,
有多个构象的时候该怎么选取?
我计算了在meso位接四个苯环的卟啉,苯环和卟啉之间几何优化后可 ...

可以两个都算一下。我觉得大概率两个构象的超极化率不会有什么区别,即使有区别,也可以取两者的Boltzmann平均。
卟啉确实可能是非平面的,比如因为中心金属原子的dz2或dx2-y2轨道和卟啉pi轨道的相互作用,在卟啉完全平面的情况下两个轨道之间重叠是0,但是卟啉稍微弯一点可以使轨道重叠不是0,如果这个带来的能量降低超过了卟啉弯曲本身带来的能量升高,卟啉就弯了。我之前有一篇文章(DOI: 10.1039/c8sc01269e, Fig. 1)也涉及过这个效应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 03:59:13 | 只看该作者 Only view this author
星纹c 发表于 2022-9-15 15:41
老师好,
有多个构象的时候该怎么选取?
我计算了在meso位接四个苯环的卟啉,苯环和卟啉之间几何优化后可 ...

构象差异显著时,应当考虑玻尔兹曼平均。用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)做构象搜索

给出构象相对能量时候要用kJ/mol或kcal/mol,不要用数量级很大的Hartree

大共轭体系的优化不建议用B3LYP,看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
一些文献如果不当地使用B3LYP也切勿效仿。wB97XD对这类体系稳得多

是Hartree不是Hatree。是GaussView不是guassview
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 04:03:09 | 只看该作者 Only view this author
0A0 发表于 2022-9-15 11:06
老师您好,附件是我的log文件,尝试用了g09A01和g09D01两种版本跑,得到的log日志都无法用gv5/6打开,提 ...

你机子上Gaussian运行状态完全不正常,自己一看输出文件便知。搞清楚你当前用的平台的任务提交方式,当前明显是同时运行一堆独立的Gaussian(而不是一个Gaussian在并行运算),输出信息全都搅合在一起去了。
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发表于 Post on 2022-9-16 09:57:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在真空环境下找到了过渡态结构,但是当我加上溶剂模型(scrf(PCM,solvent=anisole) )进行计算时整个反应机理中的过渡态结构要么过渡态发生明显改变,要么一直不收敛最后计算四百多个点就以错误结束。我删减了完整结构中的苯环,当我在简单结构(删减完苯环的结构)的基础上添加溶剂模型(scrf(PCM,solvent=anisole) )该结构可以收敛(sample.log),但是当我在该结构上添加一个苯环后再优化后log文件(add ring.log)里面好多NaN(如图),优化的各个点能量好像是一样的(如图),我强行结束了。简单结构和加苯环的结构(见压缩包,太大了)在真空条件下结构相似,容易收敛。如果把PCM换成SMD也是如此。不知道这是为什么?计算任务是:opt=(calcfc,noeigentest,ts,gdiis) freq scrf(PCM,solvent=anisole) pbe1pbe/GenEcp Temperature=323.15
之前发了,好像快要略过了再发一次。


1.JPG (73.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

1.JPG

2.JPG (95.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

2.JPG

log.rar

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发表于 Post on 2022-9-16 11:20:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 04:03
你机子上Gaussian运行状态完全不正常,自己一看输出文件便知。搞清楚你当前用的平台的任务提交方式,当前 ...

好的,我看一下,麻烦老师了!

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发表于 Post on 2022-9-16 12:05:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-15 21:17
可以两个都算一下。我觉得大概率两个构象的超极化率不会有什么区别,即使有区别,也可以取两者的Boltzman ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-16 12:06:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 03:59
构象差异显著时,应当考虑玻尔兹曼平均。用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)做 ...

谢谢sob老师,以后我会注意拼写和大小写错误

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发表于 Post on 2022-9-16 20:46:52 | 只看该作者 Only view this author

求助高斯计算NICS时报错

只有高斯计算NICS时报错,其他正常优化的时候可以计算,想请教一下老师,这个NICS考虑芳香性怎么计算,主要是因为虚原子的问题报错。附上报错和出入文件

微信图片_20220916204319.png (22.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

微信图片_20220916204319.png

微信图片_20220916204249.png (55.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

微信图片_20220916204249.png

微信图片_20220916204324.png (189.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

微信图片_20220916204324.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 21:50:25 | 只看该作者 Only view this author
462855 发表于 2022-9-16 20:46
只有高斯计算NICS时报错,其他正常优化的时候可以计算,想请教一下老师,这个NICS考虑芳香性怎么计算,主要 ...

6-31G*对Ir没定义
仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

图省事就用def2-SVP,省得自定义基组
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 21:53:59 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-9-16 09:57
各位老师,我在真空环境下找到了过渡态结构,但是当我加上溶剂模型(scrf(PCM,solvent=anisole ...

换G16再试
绝对不要做出分配144核却只给5GB内存这种事,不仅白白浪费CPU,而且还可能导致Hessian根本就计算不成功。仔细阅读
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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