简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

462855 · 发表于 Post on 2022-9-17 08:22:31

sobereva 发表于 2022-9-16 21:50
6-31G*对Ir没定义
仔细看
谈谈赝势基组的选用

好的，谢谢老师

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-9-17 11:13:28

#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water)这是我写的基组和泛函
算的是一个模型80个原子，有N、P、O、C、H这些元素
最后的报错信息Error termination via Lnk1e in F:\gaussian\G16W\l502.exe at Fri Sep 16 22:49:08 2022.
Job cpu time: 0 days 11 hours 1 minutes 6.0 seconds.
我看论坛里有的帖子说错误来源于色散矫正，希望大家帮我知道一下，和我模型有关系吗？应该怎么改正
拜谢

chands · 发表于 Post on 2022-9-17 11:28:09

如果色散校正的参数缺了，或者不对，马上就报错，不用等 0 days 11 hours 1 minutes 6.0 seconds

先看这个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-9-17 11:43:24

chands 发表于 2022-9-17 11:28
如果色散校正的参数缺了，或者不对，马上就报错，不用等 0 days 11 hours 1 minutes 6.0 seconds

先 ...

这。。。我去瞅瞅有没有能对上的，谢谢你，

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-9-17 11:55:15

看到了解决方法，在尝试

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-18 15:44:42

我想请问一下各位老师我们在用Multiwfn和VMD作图的时候静电势能和电子等值面有什么区别吗？，我想问一下我画下面的静电势能图的时候他的边界是不是就是我设置的电子密度等值面的边界？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 00:30:12

KCM@SHU 发表于 2022-9-18 15:44
我想请问一下各位老师我们在用Multiwfn和VMD作图的时候静电势能和电子等值面有什么区别吗？，我想问一下我 ...

Multiwfn和波函数分析相关的简单问题在1L提到的专门帖子里问

wanghaoyu · 发表于 Post on 2022-9-19 08:38:52

尊敬的各位老师好，目前我在尝试重复别人的工作。大概是有人用GAMESS计算了一批小分子的几何优化，我后面计划用ORCA重复一下是否能得到相同的波函数。
想请教的问题：
1.我了用不同的量化软件测试重复是否成功，这样的目的有哪些需要注意的问题？思路和出发点应该是怎样的？希望给一些建议。（因为两个软件的很多默认参数是很多的，我感觉只能控制输入文件中写出来的尽可能一样，其他的无法保证，我心里没底）
2.因为不管是做单点还是计算几何优化都有波函数的信息，如果只比较波函数是否只算个单点就行了（因为考虑到单点计算速度更快省时间）。
3.如果我直接无脑用他优化好的小分子构型批量用 B3LYP-D3 + def2-TZVP 计算单点获得波函数等信息，会有什么错误吗？会遇到不合适的体系吗？（目标都是小分子，来源于pubchem）。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-19 08:59:32

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2022-9-19 09:00 编辑

请问老师们，图片1的y轴energy指的是什么呢？或者说图片1 的图需要那些数据才可以绘制出来？图片2里包含吗？

RES · 发表于 Post on 2022-9-19 11:31:24

本帖最后由 RES 于 2022-9-20 11:07 编辑

老师们好，我在做分子的优化振动分析，我先是将结构优化，优化过程没有问题，顺利得到结果，但是在我进行下一步的振动计算就会出现大量虚频，并且按照sob老师博文给出的方法(opt=recalc=5)进行修正计算时会出现SCF不能收敛，而后按照方法来修改（SCF=noincfock）SCF仍然不收敛，后来我直接进行了opt=calcall计算，顺利得出结果，但是结构与一开始的优化结构全然不同。我不明白为什么结构会出现很大的变化，振动计算不是在优化的基础上进行计算，为什么calcall得出的结果会导致结构和仅优化的结构一样，不知道这样的结果是否正确？

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2022-9-19 22:20:06

卢老师您好，我在使用CBS-QB3方法计算28个原子体系时候，我发现系统进程一直卡在l913.exe这里，请问老师该如何处理？之前算过差不多原子数目的体系是成功的，然后这次这个体系一直2天都没有变化，也没有报错。out文件我截取了最后的部分，麻烦老师帮我看下。

chands · 发表于 Post on 2022-9-19 22:49:52

RES 发表于 2022-9-19 11:31
请问，我在做分子的优化振动分析，我先是将结构优化，优化过程没有问题，顺利得到结果，但是在我进行下一步 ...

用什么级别优化什么体系？振动分析和优化在同一级别下吗？

chands · 发表于 Post on 2022-9-19 22:53:08

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-19 08:59
请问老师们，图片1的y轴energy指的是什么呢？或者说图片1 的图需要那些数据才可以绘制出来？图片2里包含吗 ...

这个要看原文。可能是Gibbs自由能。你作优化+振动分析，或者优化过渡态+振动分析就得到。
反应物、过渡态、中间体、产物之间的连线是随便连上去的，没有特殊物理意义，有物理意义的是能量的相对值。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:30:47

Gzh_NJ 发表于 2022-9-19 22:20
卢老师您好，我在使用CBS-QB3方法计算28个原子体系时候，我发现系统进程一直卡在l913.exe这里，请问老师该 ...

CBS-QB3算这么大体系非常耗时（而且还全都是重原子，折合普通有机分子得40个原子左右了）
可以用更便宜的G3(MP2)//B3LYP热力学组合方法

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:33:04

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-19 08:59
请问老师们，图片1的y轴energy指的是什么呢？或者说图片1 的图需要那些数据才可以绘制出来？图片2里包含吗 ...

没有特意交代的话，大多数情况是电子能量。具体仔细看原文，或者发邮件问作者
拿自由能绘制这种图比用电子能量明显更有化学意义，怎么算看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

今天在做模型优化的时候算了很久报错了，Error termination via Lnk1e in F:\gauss...

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