简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:34:57

wanghaoyu 发表于 2022-9-19 08:38
尊敬的各位老师好，目前我在尝试重复别人的工作。大概是有人用GAMESS计算了一批小分子的几何优化，我后面计 ...

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:36:01

RES 发表于 2022-9-19 11:31
请问，我在做分子的优化振动分析，我先是将结构优化，优化过程没有问题，顺利得到结果，但是在我进行下一步 ...

没细节没法说
输入输出文件都得提供
opt=recalc=5时如果用guess=read，最起码不可能第一步时候SCF不收敛

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-19 23:43:31

各位老师我想问一下我想做离子在材料表面的扩散，但是我材料表面有一些对这种离子具有吸附作用的官能团，那这种情况我跑分子动力学能体现出因为配位作用这个官能团对离子扩散的影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:54:42

KCM@SHU 发表于 2022-9-19 23:43
各位老师我想问一下我想做离子在材料表面的扩散，但是我材料表面有一些对这种离子具有吸附作用的官能团，那 ...

只要用的势函数能描述这种作用，MD就能自然而然地体现这种效应

Karlsruhe · 发表于 Post on 2022-9-20 00:11:15

请问我Gaussian输出文件格式是.log 怎么转换成.out格式的文件啊？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-20 00:20:38

Karlsruhe 发表于 2022-9-20 00:11
请问我Gaussian输出文件格式是.log 怎么转换成.out格式的文件啊？

完全是一码事。自己改后缀就完了

wanghaoyu · 发表于 Post on 2022-9-20 08:47:29

本帖最后由 wanghaoyu 于 2022-9-20 08:53 编辑

老师好，我目前遇到了几个问题，想请教您：
我们组刚开始做量化对于量化不熟悉，我目前想要借助一个作者做的工作展开后续工作，该作者工作是花了几年优化了一大批小分子的结构，我希望拿出来其中一部分，大概10w个小分子做更多的分析，以NBO分析为例。
前人用的是GAMESS（B3LYP/6-31G系列Gaussian版），而我用的是ORCA。
我想请教3个问题：
1.老师比较担心我们不懂量化算的结果不对，希望我能确认一下我们计算的能量是接近的，我对于GAMESS完全不熟悉，很多设置细节如果不是看Sob老师的博文都不知道，感觉没办法做到完全精确的“控制变量”测试。Sob老师觉得这是必要的吗？不知道老师有何建议？
2.我个人感觉我直接全用ORCA的B3LYP+6-31G，无脑加色散矫正，计算出来的应该也没问题吧？无非是计算精度合不合适的问题会有算错的风险吗？（我问过作者，作者说除了charge和自旋多重度之外其他设置所有小分子的输入文件都是一样的，我看他也没设置什么特殊的操作，仅仅选定了基组和方法。）3.想请老师帮忙把把关目前作者的GAMESS输入都是
···
$CONTRL RUNTYP=ENERGY UNITS=ANGS DFTTYP=B3LYPV1R
TDDFT=EXCITE ICUT=12 QMTTOL=3.0E-6 MAXIT=60 $END
$SYSTEM TIMLIM=99999999999 MWORDS=200 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.F. DAMP=.T. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.T. $END
$TDDFT NSTATE=10 $END
···
我的ORCA都是
···
! B3LYP D3 def2-TZVP NBO
%pal nprocs 16
end
%maxcore 2000
* xyz 0 1
···

计算对象为小分子，请问老师能帮我把把关吗？有没有什么不合适的地方？（肯定不追求每个都算对，只求和作者软件设置的计算结果接近，或者说我的设置也没问题）

麻烦老师费心解答！感谢老师！！！

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-20 08:52:23

chands 发表于 2022-9-19 22:53
这个要看原文。可能是Gibbs自由能。你作优化+振动分析，或者优化过渡态+振动分析就得到。
反应物、过渡 ...

老师，①如果是自由能的话，指的就是图片2里面的G（T）吗？利用sob老师之前推荐的方法，在计算一个高精度的单点能，结合优化+振动分析的out文件，利用shermo计算G（T）；②如果是电子能量呢？就直接用单点能out文件的结果吗，比如CCSD（T）方法，电子能量是输出文件中CCSD(T)=后面的值，就用这个值即电子能量作图吗？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-20 08:54:33

sobereva 发表于 2022-9-19 23:33
没有特意交代的话，大多数情况是电子能量。具体仔细看原文，或者发邮件问作者
拿自由能绘制这种图比用电 ...

谢谢sob老师。老师，也就是说①如果是自由能的话，利用您之前推荐的方法，便宜但合适的优化+振动分析，在计算一个高精度的单点能，结合优化+振动分析的out文件，利用shermo计算G（T）；②如果是电子能量就直接用单点能out文件的结果吗，比如CCSD（T）方法，电子能量是输出文件中CCSD(T)=后面的值，就用这个值即电子能量作图。是这样理解吗？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-20 08:59:46

sobereva 发表于 2022-9-19 23:54
只要用的势函数能描述这种作用，MD就能自然而然地体现这种效应

好的，谢谢老师

chands · 发表于 Post on 2022-9-20 09:16:41

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-20 08:52
老师，①如果是自由能的话，指的就是图片2里面的G（T）吗？利用sob老师之前推荐的方法，在计算一个高精度 ...

（1）对，（2）电子能也叫单点能。

673010195 · 发表于 Post on 2022-9-20 09:51:35

各位老师好，在做qst2寻找过渡态的计算，输出文件报错L103错误。不知道如何解决输出文件已上传，恳请各位老师指正

LPY12345 · 发表于 Post on 2022-9-20 09:52:23

请问老师，我们有一个400个原子的体系，导师想算ECD光谱，但是用TDDFT下的PBE1PBE/6-31g* 算不动了。请问是否可以把基组降到3-21g*来计算？这样用Multiwfn输出的ECD的准确度是不是能达到定性正确？谢谢老师。

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-9-20 10:18:14

老师们好，高斯运算报错： Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.不知如何解决？我猜测是输入文件的问题，但不知道是哪里出问题了，望老师们帮忙指正。

chands · 发表于 Post on 2022-9-20 10:27:37

护卫天使发表于 2022-9-20 10:18
老师们好，高斯运算报错： Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.不知如何解决？我猜 ...

第二第三个任务有%chk=h2o.chk，写错文件了？
你用了guess=read chkbasis，建议写一个%oldchk=xxx.chk

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

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通过qst2方法寻找过渡态出现l103错误

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