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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-9-20 11:28:01 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-19 22:49
用什么级别优化什么体系?振动分析和优化在同一级别下吗?

老师你好,是在同一个体系下的,用的是b3lyp/6-31+g(d),我看看要怎么发log文件和gjf文件上来,待会将文件发上来

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发表于 Post on 2022-9-20 11:43:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-19 23:36
没细节没法说
输入输出文件都得提供
opt=recalc=5时如果用guess=read,最起码不可能第一步时候SCF不收 ...

卢老师你好,这个仅opt的附件就是刚开始进行了优化之后的结构,但是后续再这个基础上计算振动就是SCF不收敛


后续又进行了SCF=nonicfock 和 opt=recalc=5一起使用就是得不出结果,最后用calcall得出了结果,我昨天又试着缩小了分子半径,用calcall却还是SCF不收敛,log文件太大我传不上来也不知道为什么,1点多M的大小

calcall.gjf

2.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

SCF关键词.gjf

2.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

仅opt.gjf

2.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

仅opt.log

424.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2022-9-20 12:16:35 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我为了成功使用DM21泛函,重复了DM21中的计算CH4原子化能的例子,输入文件来自于(https://github.com/deepmind/deep ... tion_dm21/README.md),其中该网页给出的计算结果为:{'CH4': -40.51785372584538, 'C': -37.84542045526023, 'H': -0.5011533955627797}。我的计算结果为{'CH4': -40.51785372727111, 'C': -37.84541585423728, 'H': -0.5011533766869017}。大概在小数点第八位是不同的。按照以前判断我就忽略这个误差了,认为重复的结果是没问题的。但氢原子的结果并没有一模一样,请问下我重复的结果有问题吗?

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发表于 Post on 2022-9-20 14:27:44 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-20 09:16
(1)对,(2)电子能也叫单点能。

好的,谢谢老师回复

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发表于 Post on 2022-9-20 15:05:05 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-20 10:27
第二第三个任务有%chk=h2o.chk,写错文件了?
你用了guess=read chkbasis,建议写一个%oldchk=xxx.chk

您好,是写错了。那第二、三个任务都改成1.chk是不是就行了?或许都改成%oldchk=1.chk?

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发表于 Post on 2022-9-20 15:07:51 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-9-20 15:05
您好,是写错了。那第二、三个任务都改成1.chk是不是就行了?或许都改成%oldchk=1.chk?

改成%chk=1.chk可以。如果要保留原chk文件不更改,就写%oldchk=xxx.chk(你要读入数据的check), %chk=yyy.chk
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-9-20 19:00:54 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-20 15:07
改成%chk=1.chk可以。如果要保留原chk文件不更改,就写%oldchk=xxx.chk(你要读入数据的check), %chk=yy ...

感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 05:56:28 | 只看该作者 Only view this author
673010195 发表于 2022-9-20 09:51
各位老师好,在做qst2寻找过渡态的计算,输出文件报错L103错误。不知道如何解决输出文件已上传,恳请各位老 ...

老生常谈的问题,三个原子中途排成了直线。拿最后一帧用opt=TS方式继续优化过渡态
遇到问题以后先把报错在公社论坛首页google框搜
你这个体系模型莫名其妙,没什么实际意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-21 10:57:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 21:53
换G16再试
绝对不要做出分配144核却只给5GB内存这种事,不仅白白浪费CPU,而且还可能导致Hessian根本就 ...

是内存分配的问题,solved。并且还发现自己cpu的设置是按线程分配,这样浪费时间,涨知识了。谢谢老师。还有个问题咨询,就是opt优化的时候能不能认为设定计算多少步的数量。例如,我想设置计算150步如果没有收敛就不要再计算下去了。不知道有没有这种功能啊。

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发表于 Post on 2022-9-21 17:52:01 | 只看该作者 Only view this author

could not allocate memory

本帖最后由 woshiblake 于 2022-9-21 17:52 编辑

优化一个有机物分子,55个原子,170个电子。Gaussian16 ,Linux 系统。服务器内存2个 480GB,硬盘2个4TB
Gaussian目录下的Default.Route中设置为
-M- 250GB
-P- 100
输入文件:
%mem=150GB
%cpu=0-12
%chk=molybdenyl OPT FREQ
# opt freq=noraman b3lyp/genecp pop=nbo
....
问题:
一运行就报错  galloc:  could not allocate memory.如果 %mem=120GB及以下, 又不会报错
什么原因?



内存.jpg (860.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

服务器内存

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 17:57:53 | 只看该作者 Only view this author
woshiblake 发表于 2022-9-21 17:52
优化一个有机物分子,55个原子,170个电子。Gaussian16 ,Linux 系统。服务器内存2个 480GB,硬盘2个4TB
G ...

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

别乱写noraman,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 17:58:23 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-9-21 10:57
是内存分配的问题,solved。并且还发现自己cpu的设置是按线程分配,这样浪费时间,涨知识了。谢谢老师。 ...

opt=maxcyc=150
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发表于 Post on 2022-9-21 18:08:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-21 17:57
仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/thre ...

我是看了您那个帖子再来发帖的,因为还没弄明白
我设Gaussian内存使用量上限过大了,超过了实际可分配的内存量?
我机器内存蛮大的,没别的软件,就一个高斯,150GB就超过实际可分配的内存量?
是算的东西了,存了太多垃圾占了内存?

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发表于 Post on 2022-9-21 22:09:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qinghai7791 于 2022-9-22 10:16 编辑

各位老师好!
我通过优化分子构象;TS法找到了过渡态(1个虚频);再计算IRC,IRC中发现产物符合预想,但是反应物感觉出现了问题,具体是羟胺质子化过程中发现质子与苯环成键了。现将过渡态的gjf文件和IRC的gjf上传。请各位老师指正。由于无法上传ts法的out文件,这里只上传了gjf文件。麻烦各位老师了!!谢谢!

202209212208449495..png (8.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

图中的苯环上的一个C原子上出现了两个质子

图中的苯环上的一个C原子上出现了两个质子

202209212213045765..png (33.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202209212213045765..png

1f-2ts-2.gjf

3.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

过渡态输入文件

1f-2ts-2-IRC.gjf

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IRC输入文件

1f-2ts-2-TS&IRC.zip

741.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

过渡态和IRC的输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 22:19:25 | 只看该作者 Only view this author
woshiblake 发表于 2022-9-21 18:08
我是看了您那个帖子再来发帖的,因为还没弄明白
我设Gaussian内存使用量上限过大了,超过了实际可分配的 ...

分清楚内存和硬盘...
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