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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-4 17:31:28 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-4 09:32
请教各位老师,IRC输入文件为“#p irc=(rcfc,LQA,maxpoints=100,stepsize=5) um062x/6-311g(d,p)”,输出文 ...

http://sobereva.com/61的方法依次尝试
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-10-4 18:07:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好 我在虚拟机中安装Gaussian时出现了这个问题 想请教一下如何解决

202210041807128833..png (8.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202210041807128833..png

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发表于 Post on 2022-10-4 19:14:52 | 只看该作者 Only view this author
勤无敌 发表于 2022-10-4 11:07
各位老师好 我在虚拟机中安装Gaussian时出现了这个问题 想请教一下如何解决

设置了$PATH变量了吗?如果设置了,怎么设置的?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-4 20:06:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-4 20:09 编辑

老师,看到其中一条建议 “做几何优化、振动分析的时候不建议降低默认的SCF收敛限,否则可能结果不准确,还可能阻碍几何优化的收敛。”请问IRC属于优化/振动分析吗,可不可以利用降低收敛限的方法促使IRC的SCF收敛呢?如果可以的话关键词写为SCF=(novaracc,conver=6)是不是就可以呢?

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发表于 Post on 2022-10-4 22:56:20 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-4 13:06
老师,看到其中一条建议 “做几何优化、振动分析的时候不建议降低默认的SCF收敛限,否则可能结果不准确, ...

IRC有校正步收敛的问题,原则上也会受SCF收敛限粗糙的影响。而且IRC里面也涉及频率计算,如果因为SCF收敛不完全导致这些频率计算出现虚频,也会对IRC有一些负面影响。
但至于这些影响是否大到让结果不能用或者明显阻碍收敛,我就不知道了。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-5 10:22:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jljl 于 2022-10-5 15:11 编辑

尝试在linux上安装gaussian,安装好后一直报错,请问是发生了什么问题
问题解决了,抱歉

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发表于 Post on 2022-10-5 12:57:20 | 只看该作者 Only view this author
老师好,对于过渡金属配合物(如gjf文件),金属的配位点除了与配体配位点,剩余配位点一定得用溶剂分子配位吗?由于单纯想探究配体与金属的配位能力,可不可以不加入溶剂分子使之金属配位饱和。

paa-cu.gjf

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-10-5 14:16:43 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-10-5 12:57
老师好,对于过渡金属配合物(如gjf文件),金属的配位点除了与配体配位点,剩余配位点一定得用溶剂分子配 ...

假如你研究的是溶液中的配位化合物,如果你用稳定常数衡量配位能力,我觉得要加溶剂分子配到饱和,而且溶剂中的配体与金属的结合事实上是配体交换,即用新配体换出与金属离子结合的溶剂分子,这样就更要考虑显式-隐式溶剂模型了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-5 18:22:03 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-4 20:06
老师,看到其中一条建议 “做几何优化、振动分析的时候不建议降低默认的SCF收敛限,否则可能结果不准确, ...

尽量在不放宽收敛限的前提下解决SCF不收敛。如果是IRC计算中途出现SCF不收敛,除了下文所述的做法外,还可以尝试减小IRC步长,使得IRC上一个点收敛的波函数是下一个点更好的初猜波函数
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

另外,如果非得放宽SCF收敛限,对于G16注意看下文
令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法
http://sobereva.com/625http://bbs.keinsci.com/thread-26427-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-5 18:24:35 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-10-4 15:31
想请教两个问题:1.之前我用廉价的方法和基组(B3LYP/6-31G*)进行了一些量化计算,现在想采用更高级别的方 ...

必须看具体什么波函数分析方法,没法一概而论
诸如ADCH电荷对基组很不敏感,6-31G*就够,而偶极矩/多极矩/表面静电势定量分析对于基组的要求明显更高。还有些分析方法若基组用太大了反倒不好,诸如Mayer键级、CDA分析
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sobereva 发表于 2022-10-5 18:22
尽量在不放宽收敛限的前提下解决SCF不收敛。如果是IRC计算中途出现SCF不收敛,除了下文所述的做法外,还 ...

老师,SCF(conver=6,novaracc) opt IOp(7/127=-99) 里面的opt如果做IRC是不是应该去掉呢?我设置的步长是20,我调整为5试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-5 20:06:33 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-5 19:41
老师,SCF(conver=6,novaracc) opt IOp(7/127=-99) 里面的opt如果做IRC是不是应该去掉呢?我设置的步长是 ...

IRC和opt是互斥的
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发表于 Post on 2022-10-5 21:50:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qq286792125 于 2022-10-5 21:52 编辑
chands 发表于 2022-10-4 08:45
如果你的A是一般的中性有机物,没有离子化、解离,没有强氢键、配位键之类,这时可以不用显式考虑溶剂分 ...

好的,谢谢老师。想做这方面的计算时因为有这样一个实验现象,化合物A(挥发性物质)在不同浓度的乙醇水溶液中,化合物A在溶液上方气相中的浓度会随着溶液中乙醇浓度增加而降低,我就想算一下化合物A与溶剂之间的结合能,看能否与实验现象相对应。

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发表于 Post on 2022-10-5 22:24:21 | 只看该作者 Only view this author
qq286792125 发表于 2022-10-5 14:50
好的,谢谢老师。想做这方面的计算时因为有这样一个实验现象,化合物A(挥发性物质)在不同浓度的乙醇水 ...

这个不如用隐式溶剂模型算溶解自由能,溶解自由能显然和平衡蒸汽压是直接挂钩的,相比之下结合能需要加热力学校正才能和平衡蒸汽压严格对应,而且做构型搜索很麻烦。
当然前提是溶质和溶剂之间没有强的相互作用,否则还是要加一些显式溶剂分子。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-5 22:34:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-5 22:24
这个不如用隐式溶剂模型算溶解自由能,溶解自由能显然和平衡蒸汽压是直接挂钩的,相比之下结合能需要加热 ...

谢谢老师,我再去理解下溶解自由能的概念,我看过类似的研究,这些溶质和乙醇水的相互作用主要是氢键范德华力,这些都不属于强相互作用吧

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