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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-6 01:27:54 | 只看该作者 Only view this author
qq286792125 发表于 2022-10-5 15:34
谢谢老师,我再去理解下溶解自由能的概念,我看过类似的研究,这些溶质和乙醇水的相互作用主要是氢键范德 ...

范德华力肯定不算强的,但是氢键有强的有弱的。如果计算溶解自由能是唯一的目的(也就是不涉及算光谱一类的),一般来说如果溶质和溶剂之间的氢键远强于溶剂和溶剂之间的相互作用强度,就要考虑加显式溶剂分子了,其余情况不用加。举例:磷酸在水里需要加,磷酸根在水里需要加,乙醇在水里不用加。也有模糊地带,比如吡啶要不要加,我估计说需要的和说不需要的都有。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-10-6 10:49:38 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师们,如何使用Gaussian计算单个铂原子的能量
let's see who is real Evil Genius?

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16638#
发表于 Post on 2022-10-6 18:53:43 | 只看该作者 Only view this author

【求助】B3LYP/def2-SV(P)下CH4的优化,在g09下计算出错,烦请大神们指导。

请教一下各位前辈,我想尝试使用自定义基组进行甲烷优化,选择的是def2-SV(P)进行尝试,但是一直出错,无法得到chk文件。
这是我的输入文件

ch4 (1.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
ch4.com (1.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

计算提示


log文件截图和附件

ch4.log (8.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

感谢各位!!!

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发表于 Post on 2022-10-6 19:12:18 | 只看该作者 Only view this author
结尾少个空行。
另外,def2-SV(P)在g09里有内置的,写作def2SVPP。(尽管这个命名并不符合传统)

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发表于 Post on 2022-10-6 19:23:34 | 只看该作者 Only view this author
乱丶风华 发表于 2022-10-6 03:49
请教一下各位老师们,如何使用Gaussian计算单个铂原子的能量

发帖格式不符合论坛要求,仔细阅读http://sobereva.com/620了解需要额外提供哪些信息我们才能回答你的问题,然后修改帖子,否则我们拒绝回答
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-6 19:29:07 | 只看该作者 Only view this author
红烧肉盖饭 发表于 2022-10-6 18:53
请教一下各位前辈,我想尝试使用自定义基组进行甲烷优化,选择的是def2-SV(P)进行尝试,但是一直出错,无法 ...

G09 B.01及之后直接内置了def2系列,直接写def2SV就对应def2SV(P)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-6 19:29:22 | 只看该作者 Only view this author
乱丶风华 发表于 2022-10-6 10:49
请教一下各位老师们,如何使用Gaussian计算单个铂原子的能量

照常直接算
哪里有不懂的具体问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-6 22:12:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-6 01:27
范德华力肯定不算强的,但是氢键有强的有弱的。如果计算溶解自由能是唯一的目的(也就是不涉及算光谱一类 ...

谢谢老师耐心解答,我再查查相关文献

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发表于 Post on 2022-10-7 08:36:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-6 19:29
G09 B.01及之后直接内置了def2系列,直接写def2SV就对应def2SV(P)

谢谢社长回复!

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发表于 Post on 2022-10-7 08:36:49 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-10-6 19:12
结尾少个空行。
另外,def2-SV(P)在g09里有内置的,写作def2SVPP。(尽管这个命名并不符合传统)

谢谢指教!

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发表于 Post on 2022-10-7 14:20:18 | 只看该作者 Only view this author

带负电荷的分子结构用gaussview怎么画?

本帖最后由 大头攒毛 于 2022-10-7 14:22 编辑

大家好,我需要用sobtop算一个带负电荷的分子的top文件,fchk文件里需要确认它的键连关系,请问阴离子这种键连关系对吗?(如下图,charge=-1,然后两个C=O双键)




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发表于 Post on 2022-10-7 14:30:13 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-10-7 14:32:44 | 只看该作者 Only view this author
谢谢回复

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发表于 Post on 2022-10-8 15:46:13 | 只看该作者 Only view this author
请问各位大佬和老师们,我是刚接触计算化学不久的新人,之前刚用gaussian16做了关于某分子HOMO-LUMO gap以及单点能的计算,老师说希望我能够计算该分子二聚体或者三聚体的HOMO-LUMO gap和单点能,用以和单个分子进行对比。请问我应该如何操作呢,在网上搜索相关内容并没有找到对新手很友好的流程教学,麻烦各位赐教,非常感谢!(另外,我问询稍懂的同学怎么做,他虽然不会,但是对我说TDDFT做不了超过300个原子的计算,但是我单个分子使用TDDFT计算的,如果是这样那么我算二聚体或者三聚体难道可以换成与单体不同的方法吗?)

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发表于 Post on 2022-10-8 16:49:34 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-8 08:46
请问各位大佬和老师们,我是刚接触计算化学不久的新人,之前刚用gaussian16做了关于某分子HOMO-LUMO gap以 ...

计算多聚体的HOMO-LUMO gap、单点能的方法和计算单分子完全一致,如果要说有区别就是初始结构要做构象搜索,不能随便画个聚集体构象就算。参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
"TDDFT做不了超过300个原子的计算"早就过时了,如果要说成立也只有在两个条件下成立:(1)你用的是高斯;(2)你只用了一个节点做计算。可能是有的只会用高斯、又没用过超算的人总结出来的规律,在口耳相传的时候把前提条件弄丢了。如果你用orca的sTDDFT功能,算1000个原子的TDDFT都不是问题,只不过引入大概0.1~0.2eV的误差;用BDF的线性标度TDDFT功能,也能轻松算动500个以上原子的TDDFT,且基本不引入误差(<0.01eV)。如果更大的体系,还可以用REM方法做近似计算,算几千个原子的体系,比如光合系统II的吸收光谱都丝毫不成问题。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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